Shayboniylar davlat tizimi Xon Markaziy boshqaruv Harbiy boshqaruv Saroy amaldorlari Diniy boshqaruv Mahallaiy boshqaruv Viloyat hokimi Qo’shin boshlig’i Soliq yig’uvchi amaldor Tuman hokimi Diniy boshqaruv qozi, mufti, Rais Qishloq oqsoqoli, kasaba hokimi Abdullaxon II siyosiy tarqoqlikka qarshi uzoq yillar urush olib borib, 1573 yilda Farg’onani, 1574 yilda Shahrisabz, Qarshi, Hisor viloyatlarini, 1578 yilda Samarqandni, 1582 yilda Toshkent, Shohruhiya, Ohangaron va Sayramni, 1583 yilda Balxni, 1584 yilda Badaxshonni, 1588 yilda Hirotni, 1595 yilda Xorazmni zabt etib, mamlakatni birlashtirish ishini uddaladi, Buxoro xonligini kuchli va markazlashgan davlatga aylantirdi. Biroq ichki nizo, adovatni bartaraf etolmadi. G’animlar Abdullaxonga karshi uning o’g’li Abdulmuminni qayraydi, Abdullaxon II bilan uning o’g’li Abdulmo’min o’rtasida taxt masalasida kelishmovchilikdan foydalangan qozoq xonlaridan Tavakkalxon Toshkent viloyati erlariga bostirib kiradi. Unga qarshi safarga otlangan Abdullaxon II Samarqandga etganda vafot etadi. Abdullaxon II o’rniga taxtga ko’tarilgan Abdulmo’min 6 oycha hukmdor bo’ldi, u otasining amirlaridan biri- Abdulvose’ tomonidan otib o’ldirildi. Taxtga chiqqan so’nggi Shayboniy Pirmuhammad ham 1601 yilda Samarqandda Boqi Muhammad bilan bo’lgan jangda halok bo’ldi. Shayboniylar sulolasi barham topdi.
Shaybonilar Sulolasi (1500-1601)
Muhammad Shaybonixon - 1500-1510
Ko’chkunchixon - 1510-1530
Abu Saidxon - 1531-1533
Ubaydullaxon - 1533-1539
Abdullaxon I - 1539-1540
Abdulazizxon (Buxoroda) - 1540-1550
Abdulatifxon (Samarqandda) - 1540-1551
Navro’z Ahmadxon (Baroqxon) - 1551-1556
Pirmuhammadxon I - 1557-1561
Iskandarxon - 1561-1583
Abdullaxon II - 1583-1598
Abdulmo’minxon - 1598-1599 (6 oy)
Pirmuhammadxon II - 1599-1601
1601 yildan e’tiboran Buxoro xonligida hokimiyat ashtarxoniylar (Joniylar) sulolasi qo’liga o’tadi. 150 yilcha (1601-1753) hukmronlik qilgan Ashtarxoniylar sulolasi davrida Buxoro xonligida tinchlik, osoyishtalik bo’lmadi. Xonlik viloyatlarida hukmronlik qiluvchi amirlar va beklarning o’zboshimchaligi, markaziy hokimiyat amaldorlari o’rtasidagi o’zaro kelishmovchilik, ur-yiqit mamlakat tinkasini quritib borardi. Buni Ashtarxoniylar sulolasidan Buxoro taxtiga ko’tarilgan o’nta xondan ikkitasining taxtdan ag’darilgani, to’rttasining taxt ustida o’ldirilgani ham yaqqol ko’rsatadi.