H. F. Əliyeva 1, Ə.Ü. Abduləzimova

Compara – Ensembl  məlumat bazasının bir 

hissəsidir, dəqiq analiz mexanizminə malikdir, lakin 

interfeysi çətindir (http://www.ensembl.org/info/ 

genome/compara/index.html);  KEGG – bu məlumat 

bazasında hüceyrə, orqanizm və ekosistem ilə bağlı 

metabolizm, molekulyar və digər yönümlü 

məlumatlar vardır, lakin həmin resurslardan tam 

məlumatları  əldə etmək üçün ödənişli lisenziya tələb 

olunur (http://www.genome.jp/kegg/).  

Genlərin kodlaşdırdıqları zülalların funksiyala-

rının, həmçinin ortoloji genlərin müəyyənləşdiril-

məsində ortaya çıxan  əsas problemlərdən biri hə-

min zülalların hüceyrə daxilində və xaricində loka-

lizasiyasının (“təyinat yerinin”) müəyyənləşdiril-

məsidir.     

Ədəbiyyatda  A.thaliana hüceyrələrində sintez 

olunan zülalların subhüceyrə lokalizasiyasının mass-

spektrometriya (tandem  mass-spektrometriya data 

analysis, MS/MS), biokimyəvi təhlil və intakt hücey-

rələrdə lüminessent zülal ximerlərinin analizi (chi-

meric fusion studies, GFP) metodları vasitəsi ilə 

müəyyənləşdirilməsi üzrə  təcrübələrin nəticələri 

əsasında hüceyrənin müxtəlif tərkib hissələrinin 

(plastid, mitoxondri, peroksisoma, nüvə, plazmatik 

membran, endoplazmatik retikulum, vakuol) müva-

fiq surətdə 

∼2500, ∼1800 və ∼900 zülalı əhatə edən 

proteomaları üzrə məlumatlar mövcuddur. Zülalların 

daşınma yerlərinin, təcrübi araşdırmalarla yanaşı,  

bioinformatik üsullarla analizi sitoplazmada sintez 

olunan zülallarını son təyinat ünvanları üzrə 

biliklərimizin dəqiqləşdirilməsi və genişləndirilməsi 

üçün  ən səmərəli yol hesab olunur (Heazlewood et 

al., 2005). Zülalların subhüceyrə lokalizasiyasının 

məhz qeyd olunan inteqrativ şəkildə  təhlili nəticə-

sində kəsəkotu zülallarının hüceyrədaxili təyinat yer-

ləri üzrə SUBA məlumat bazası yaradılmışdır 

(Heazlewood et al., 2007; Tanz et al., 2013); 

http://suba3.plantenergy.uwa.edu.au/). Bu bazanın 

2014-cü il versiyası subhüceyrə lokalizasiyası GFP 

və MS/MS metodları vasitəsi ilə müəyyənləşdirilmiş 

və 1415 elmi məqalədə  təqdim olunmuş 10305 

müxtəlif zülalı əhatə edir.

   

Bryant və  həmkarları (Bryant et al., 2011) 

kəsəkotu (Arabidopsis thaliana) bitkisi üzrə RIKEN 

xloroplast funksiyaları 

məlumat bazasında 

(http://rarge.psc.riken.jp/chloroplast/) və SeedGenes 

database məlumat bazasında (www.seedgenes.org) 

toplanmış mutant variantların və ədəbiyyat məlumat-

larının təhlili əsasında xloroplast funksiyalar ilə bağlı 

381 nüvə genindən ibarət kolleksiya yaratmışlar: em-

brion qüsurları  (embryo-defective emb) törədən119 

gen, bitki piqmentləri ilə bağlı 121 gen, 3 qametofit 

geni və alternativ fenotiplər ilə bağlı 138 gen  aşkar 

olmuşdur ki, embrionların inkişafı amin turşuları, 

vitaminlər və nukleotidlərin biosintezi pozulanda çox 

vaxt dayanır, fotosintez prosesində problem yaranan-

da, xlorofil, karatenoidlərin və ya terpenoidlərin 

sintez səviyyəsi aşağı düşəndə isə davam edir.   

Dinq və həmkarları (Ding et al., 2013) Markov 

zəncirlərinin interpolyasiyası əsasında nüvədə kod-

laşan xloroplast genlərini proqnozlaşdırmaq üçün 

yeni NIM kompüter metodu işləyib hazırlamışdır. 

Təcrübi məlumatlar əsasında sınaqlar  göstərmişdir 

ki, NIM metodunun orta həssaslığı 92%-dən yuxarı, 

orta spesifikliyi isə 97%-dən yuxarıdır (bu göstəri-

cilərə görə NIM metodu bu sahədəki  ən yaxşı 

kompüter proqramları sırasındadır).   

Qara qovaq (Populus trichocarpa) bitkisində 

fotosintezin tənzimlənməsində  iştirak edən genləri 

bütöv genom miqyasında aşkar etmək və  səciyyə-

ləndirmək üçün, mikroarrey və BSA (bulked segre-

gant analysis) strategiyaları  əsasında fotosintez 

prosesi ilə bağlı ekspressiya olunan 515 nüvə geni 

(163 up-requlyasiya və 352 down-requlyasiya) mü-

əyyən edilmişdir (Wang et al., 2014). 

  

Fotosintetik və bir sıra digər mühüm funksi-

yaları yerinə yetirən, xloroplast, leykoplast, amilo-

plast və digər formaları olan plastidlər bitkilərin 

spesifik və mühüm orqanellalarından biridir. Onla-

rın biogenezi və fəaliyyəti plastid və nüvə genomla-

rının birgə genetik nəzarəti altında baş verir. Müasir 

ali bitkilərin plastid genomunda təxminən 75 müx-

təlif zülal kodlaşdıran gen aşkar edilmişdir (Mache, 

Lerbs-Mache, 2001).  Bu genləri şərti olaraq 4 qru-

pa daxil etmək olar (Gruissem, Tonkyn, 1993):