Pzr uchun ishchi aralashma (master mix ) tayyorlash va termotsikler (pzr) bilan ishlashni o'rganish. Reaksiya qo'yish

pH-metr va kalibrovka bilan ishlash. Genom DNK ajratish uchun eritmalar va asboblarni tayyorlash.
E.coli bakteriyasi hujayralaridan plazmid DNK sini va odam 
qonidan genom DNK sini hamda DNK namunalarini ajratish printsiplari va 
usullari bilan tanishish. 
Ishning vazifasi:E.coli bakteriyasi hujayralaridan plazmid DNK sini va odam 
qonidan genom DNK sini ajratib olish koʼnikmalarini shakllantirish. 
Nazariy qism. 
Plazmidalar - hujayraning avtonom ravishda replikatsiya boʼladigan genetik 
elementlari boʼlib, xalqasimon tuzilishiga ega DNK molekulasidan iborat.
Plazmid DNK sini ajratib olish usuli bakteriya plazmidalarining tuzilishi 
jihatidan genom DNK siga nisbatan kichik oʼlchamda boʼlishi va yopiq 
halqasimon koʼrinishga ega boʼlganligiga asoslanadi. Bunda dastlabki bosqich 
bakteriya hujayralariga EDTА va lizotsim (grammanfiy bakteriyalarda) bilan 
ishlov berib ularni sferoplastlarini hosil qilinadi. EDTА metall ionlari bilan xelat 
hosil qilib, DNK ni kationga bogʼliq nukleazalar taʼsiridan himoya qiladi. 
Olinadigan sferoplastlarning tezda lizis boʼlib ketishini oldini olish maqsadida 
reaktsiyani izotonik eritmalar (saxaroza yoki boshqa moddaning ancha yuqori 
kontsentratsiyasi) da olib boriladi. Soʼngra sferoplastlarni lizis qilinadi. Buning 
uchun, detergentlar qoʼshishni tavsiya qilingan. Hujayra qobigʼi bilan bogʼlangan 
qoldiqlar va bakteriya xromosomasining boʼlaklarini sentrifugalash yoki 
filьtrlash yoʼli bilan olib tashlash mumkin. 
Plazmid DNK sini ajratish usullari orasida bakteriyalar hujayralarini ishqor 
yordamida lizis qilish usuli ( Birnboym – Doli usuli ) va uning modifikatsiyalari 
koʼproq ishlatiladi. Bu usuldan mini-preparatlar olishda ham DNK ni yirik 
hajmda ajratib olishda ham keng qoʼllaniladi. Ushbu usul ishqoriy muhitda (~rN 
12,0–12,5) DNK molekulalarining chiziqli strukturasining denaturatsiyasi (qoʼsh 
xalqaning yozilishi), ayni vaqtda yopiq xalqali molekulalarni esa denaturatsiyaga 
uchramasligi yoki oz miqdorda va qaytar darajada denaturatsiyaga uchrashiga 
asoslangan.
Hujayra ekstraktini tuzlarning yuqori kontsentratsiyasida neytrallanganda, 
oqsillar, genom DNK si va hujayra RNK si choʼkmaga tushadi. Bunga tuzlarning 
yuqori kontsentratsiyasida bir zanjirli DNK va RNK molekulalarining 
denaturatsiyasidan keyin tasodifiy va tartibsiz ravishda reassotsiatsiyalanishi 
sabab boʼladi. Reaktsiyani natriy dodetsilsulьfat Na (SDS) ishtirokida olib 
borilganligi uchun hujayra RNK sining katta qismi oqsillar bilan birga choʼkmaga 
tushadi. Preparatdagi (ichki molekulyar qoʼsh zanjirli uchastkalari oson hosil 
boʼlganligi sababli, asosan, transport RNK si nisbatan oson renaturatsiyalanadi 

va tuzning yuqori kontsentratsiyasida erib ketadi) hujayra RNK si ning qolgan 

qismini RNKaza А bilan yoʼqotiladi.
Sentrifugalash yoʼli bilan choʼkmadan holi qilingan plazmid DNK sini 
tiniqlashgan hujayra lizatidan etanol yoki izopropanol yordamida choʼktiriladi. 
Bunday DNK preparatidan bir qancha maqsadlarda, masalan, restriktsion tahlillar 
uchun foydalanish mumkin. Koʼplab alohida tadqiqotlar uchun DNK ning bir 
muncha toza preparativ shakllari zarur boʼladi, masalan, klonlash chun 
fragmentlar tayyorlashda yoki transfektsiyani amalga oshirishda DNK keyingi 
tozalash boqichlari oʼtkaziladi.
Deyarli barcha molekulyar biologik tadqiqotlar uchun muvofiq keladigan kichik 
oʼlchamdagi DNK ning yuqori darajadagi toza preparatlarni olish uchun DNK ni 
shishadan tayyorlangan filьtrli kolonkalarda (glass), kvarts usulida tozalash 
(silicaslurries) yoki silikagelь (silica-gelmembrane) bilan tozalash usullari keng 
qoʼllaniladi. Bunda DNK xaotrop tuzining yuqori kontsentratsiyali eritmasida 
qaytar ravishda shisha membrana yuzasiga sorbtsiyalanadi va qolgan 
aralashmalarni xaotrop tuzi va 70% li etanol bilan yuviladi. Soʼngra tozalangan 
DNK kichik ionli kuchlanishga ega buferda ajratib olinadi (elyuirlanadi). Kam 
miqdordagi plazmid DNK sini yoki uning fragmentlarini xuddi shunday silikat 
filьtrli sentrifuga mini-kolonkalarida tozalash usuli ham koʼp qoʼllaniladi. 
Bunday toʼplamlarni koʼplab firmalar tomonidan ishlab chiqariladi.
Odam genom DNK sini ajratib olishda yadroga ega istalgan hujayradan 
foydalanish mumkin. Odam materiali sifatida koʼpincha leykotsitlar, bukkal 
hujayralar (yonoq epiteliysi hujayralari) qoʼllaniladi. Qanday hujayra 
ishlatilishiga koʼra, toza mahsulotning maksimal miqdorini olishga imkon 
yaratadigan DNK ajratishning optimal usullarini tanlash kerak boʼladi. 
Genom DNK sini ajratib olish uchun plazmatik va yadro membranalarini yorib, 
hujayra oqsillaridan holi qilinadi. Nuklein kislotalardan oqsillarni olib tashlash 
uchun ularni fenolom va (yoki) xloroform bilan eksraktsiya qilinadi. Hujayra 
lizatlaridan DNK ajratishda oqsillarni yoʼqotish uchun koʼpincha oqsillarning 
keng spektriga nisbatan faol boʼlgan proteolitik fermentlar, masalan, proteinaza 
K bilan gidroliz qilinadi.