HARBIY HARAKATLARNING BOSHLANISHI 1866-yil 20-mayda general Romanovskiy 2000 kishilik otryad bilan Sirdaryoning chap qirgʻogʻidagi Irjar yaqinida buxoroliklarga qarshi jang boʻlib oʻtdi. Jangda buxoroliklar magʻlub boʻlishdi. Amir Muzaffarning oʻzi oʻzi ham katta qiyinchilik bilan Jizzaxga chekinishga majbur boʻldi. Irjardagi magʻlubiyat mullalar tomonidan amirga qarshi noroziliklarini uygʻotdi, ularning koʻpchiligi harbiy halokatni uning qochishi bilan bogʻladi va hatto amirni Rossiya bilan yashirin kelishuvda aybladi. Xalq bosimini anglagan amir ruslar bilan urushni oxirigi nuqtagacha davom ettirishga qaror qildi, bu esa Buxoro xonligi taqdirini hal qilishni tezlashtirdi. 1866-yil oktabrda ruslar Oʻratepa qalʼasini, koʻp oʻtmay Jizzaxni egallab oldilar. Shundan soʻng Turkiston general-gubernatori general Kaufman Buxoro amiriga tinchlik shartlarini taklif qildi, ammo amir bunga rozi boʻlmadi. Shahrisabzda Joʻrabek xalqni muqaddas urushga (gʻazavot) chorladi va katta qoʻshin toʻpladi. Ular ruslar tomonidan bosib olingan hududlarga tinimsiz hujum uyushtirishdi va hatto Jizzax yaqinidagi rus lageriga ham tunda hujum uyushtirdi[16]. Rus qoʻshinlarining Xivaga kirib kelishi SAMARQAND MUDOFAASI 1868-yil 2-iyunda Zirabuloq choʻqqisida hal qiluvchi jangda, ruslar Buxoro amirining asosiy kuchlarini tor-mor etdi. Jangda 100 ga yaqin rus askari va Buxoro qoʻshida esa 3,5 mingdan 10 ming kishigacha askar halok boʻldi. 1868-yil 5-iyulda tinchlik shartnomasi imzolandi. Buxoro amirligi Samarqandni boy berdi. 1868-yil 1-mayda rus podsho qoʻshinlari Samarqandni egallagach, general K. P. Kaufman shahar va uning atrofida joylashgan viloyatlardagi mahalliy amaldorlar oʻz oʻrinlarida qoldirilganini, xalq bungacha mavjud boʻlgan soliqlarni podsho Rossiyasi xazinasiga topshirmogi lozim ekanligini eʼlon qilgan. Oʻsha yilgi soliklar toʻla undirilganiga qaramay, podsho hukumati aholiga qayta soliq solishni talab qilgan. Samarqand viloyatida general N.N. Golovachyov boshliq harbiy byurokratik hokimiyat tashkil qilinib, mehnatkash aholi mahalliy amaldorlar va podsho maʼmuriyati tomonidan ezilishi Samarqand quzgʻoloniga sabab boʻlgan. 1-iyun kuni amir Muzaffarning toʻngʻich oʻgʻli Abdulmalik toʻra boshchiligidagi qoʻshinlar Shahrisabzdan Samarqandga yoʻl olishgan. Ularning yetib kelishi bilan ruslarga qarshi qoʻzgʻolon boshlangan. Qoʻzgʻolonda xitoy-qipchoqlar, naymanlar, urgutliklar, panjakentliklar, qoraqalpoqlar va shahriabzliklar qatnashgan. Qoʻzgolonchilar dastlab Choʻponota tepaligida yigʻilganlar. 2-iyun kuni qalʼaga hujum boshlangan.