Termiz davlat unversiteti tabiiy fanlar fakulteti

"Quruq" biologiya

"Biomolekula" kompyuterga juda katta e'tibor beradi yoki uni "quruq" biologiya - biologiya fanining zamonaviy tarmog'i bo'lib, unda tadqiqotchining asosiy quroli oddiy kompyuter hisoblanadi. (To'g'ri, tez-tez yordamga murojaat qilishingiz kerak, ammo oddiy emas - super Kompyuterlar.) Bizning veb-saytimizda ushbu fanga bag'ishlangan maxsus bo'lim - "Quruq" biologiya" mavjud bo'lib, u bilan tanishish uchun qiziqqan o'quvchini taklif qilamiz. Xususan, miqdoriy biologiya tushunchasi, biologik molekulalarning fazoviy tuzilishi va dinamikasini qanday hisoblash mumkinligi (biomembrana va membrana oqsillari va retseptorlariga alohida e'tibor qaratilgan), shuningdek, molekulyar grafiklarning paydo bo'lishi bilan shug'ullanadi. So'nggi maqolalarda evolyutsiyani molekulyar ma'lumotlardan o'rganish usullari, shuningdek yangi kontseptsiya"quruq" biologiya biologiyaning fan sifatida kelajagini bashorat qiladi.
Ushbu maqolada, yaqinda jurnaldagi inshoning tarjimasi asosida Tabiat biotexnologiyasi, biz klaviaturadan chiqmasdan hayotni o'rganishni rejalashtirgan yangi bioinformatika tadqiqotchilari uchun ba'zi maslahatlar beramiz.

Kompyuter atamalarining lug'ati

Buyruqlar qatori - bu sichqoncha va tugmalarsiz kompyuter bilan ishlash usuli, faqat terminal oynasida maxsus buyruqlarni kiritish va matnli fayllarda saqlangan ma'lumotlar bilan ishlash. Buyruqlar qatori ko'pincha UNIX/Linux kompyuterlari bilan bog'lanadi, garchi Windows TM va Mac OS TM da ular mavjud. Yagona yuqori tezlikdagi tarmoqqa birlashtirilgan va birgalikda ishlaydigan kompyuterlar klasteri resurs talab qiladigan vazifalarni hal qilish uchun ishlatilishi mumkin. Odatda vazifalarni rejalashtirish va resurslarni jo'natish tizimi bilan jihozlangan. Quvur liniyasi - bu bitta dastur tomonidan chiqarilgan ma'lumotlar keyingi dasturga kirishi uchun umumiy maqsadli dasturlarni zanjirga birlashtirish orqali ma'lumotlarni qayta ishlashning muayyan muammolarini hal qilish usuli. Dasturlash tillaridan biridagi dasturning manba kodi (manba) matni. Qachon talqin qilingan tillar matn o'z-o'zidan dasturdir, lekin unda yozilgan dastur kompilyatsiya qilingan til, birinchi navbatda ikkilik bajariladigan faylga tarjima qilishingiz kerak (kompilyatsiya). Dasturiy ta'minot (dasturiy ta'minot), tushunarli - biz shuni qo'shamizki, bu kompyuter uchun foydalanuvchi (yoki dasturchi) o'zi uchun zarur bo'lgan vazifalarni hal qilishga imkon beradigan ko'rsatmalar to'plami - Word-ni yozishdan genetik ketma-ketlikni tahlil qilish yoki molekulyar dinamikani hisoblash. Skript - bu tarjima qilingan tilda yozilgan (va shuning uchun maxsus kompilyatsiyani talab qilmaydigan) va bioinformatikachilar tomonidan o'z vazifalarini avtomatlashtirish, paradigmani amalga oshirish uchun ishlatiladigan dastur turi. konveyer. Versiyalarni boshqarish tizimi - bu bir necha yoki ko'plab dasturchilar tomonidan ishlab chiqilgan o'nlab yoki yuzlab manba fayllar, minglab va hatto millionlab qator kodlarni o'z ichiga olgan murakkab dasturlarni ishlab chiqishni boshqarish uchun kompyuter tizimi. Dasturning vaqt o'tishi bilan "tarqalmasligi" imkonini beradi va dasturchilarga turli versiyalar va rivojlanishning "tarmoqlari" o'rtasida osongina almashish imkonini beradi. UNIX/Linux mahalliy ko'p foydalanuvchili va ko'p vazifali oila operatsion tizimlar(OS). Ko'pincha serverlar va hisoblash klasterlarida qo'llaniladi, ammo u tijorat operatsion tizimlariga (masalan, Windows kabi) muqobil sifatida shaxsiy kompyuterlarga o'rnatilishi mumkin. Ushbu operatsion tizimlarning o'ziga xos xususiyati ishlab chiqish modelidir - OT ochiq kodli bo'lgani uchun ularni yaratishda butun dunyodan ko'ngilli dasturchilar ishtirok etadilar. Biroq, versiyalar soni shunchalik ko'pki, xususiy ("yopiq") filiallar ham mavjud - masalan, ma'lum vaqt davomida to'satdan UNIX tizimlarining "avlodiga" aylangan Mac OS kabi.