Pokiston Islom Respublikasi O’zbekiston Respublikasi mustaqilligini 1991-yil 20 dekabrda tan oldi. Ikki mamlakat o’rtasida diplomatik munosabatlar 1992-yil 10-mayda o’rnatilgan. Pokistonning Toshkentdagi Elchixonasi 1992-yilning iyun oyida ochildi. O’zbekistonning Islomoboddagi Elchixonasi 1994-yil iyul oyidan boshlab faoliyat ko’rsatmoqda.
1992-yil martidan 2001-yil oktyabriga qadar Karachi shahrida O’zbekistonning Bosh konsulxonasi faoliyat yuritdi.
O’zbekiston Respublikasining Birinchi Presidenti Islom Karimov Pokistonga 1992-yilning avgusti va 2006-yilning may oylarida tashrif buyurdi.
Hozirgi vaqtga qadar quidagi ikki mamlakatlar o’rtasida tashriflar bo’lib o’tdi; bosh vazir N.Sharif (1992-yil iyun), bosh vazir B.Bhutto (1995-yil may va noyabr), president F.Legari (1996-yil oktyabr), president P.Musharraf (2005 yil mart), bosh vazir Sh.Aziz (2007-yil mart), bosh vazir Y.Giloniy (2011-yil mart), bosh vazir N.Sharif (2015-yil noyabr).
2010-yil iyun oyida Pokiston Prezidenti A.Zardari Toshkentda bo’lib o’tgan ShHT sammitida ishtirok etdi. 2016-yil iyun oyida Pokiston Prezidenti M.Husayn Toshkentda o’tkazilgan ShHT sammitida qatnashdi.
2017-yil 8-iyunda Ostona shahrida bo’lib o’tgan ShHT sammiti doirasida O’zbekiston Prezidenti Sh.M.Mirziyoyev Pokiston Bosh vaziri N.Sharif bilan uchrashdi.
2017-yil 17-sentyabrda Ostonada o’tkazilgan islom hamkorlik tashkilotining (IHT) Fan va texnologiyalar bo’yicha sammitida O’zbekiston Prezidenti Sh.M.Mirziyoyev Pokiston Prezidenti M.Husayn bilan uchrashuv o’tkazdi.
2018-yil iyun oyida ShHTning Sindao sammiti doirasida O’zbekiston Prezidenti Sh.M.Mirziyoyev va Pokiston Prezidenti M.Husaynning uchrashuvi bo’lib o’tdi.
Ikki tomonlama munosabatlarning shartnoma-huquqiy asosini 42 davlatlararo, hukumatlararo va idoralararo hujjatlar tashkil etib, ular ekstradisiya, jinoiy ishlarda o’zaro yordam, terrorizmga qarshi kurash, havo qatnovi, yuklarni transit tashish, savdo-iqtisodiy hamkorliq kichik va xususiy tadbirkorlikni qo’llab-quvvatlash, ikkiyoqlama soliqqa tortishdan voz kechish, giyohvand moddalar savdosiga qarshi kurash va boshqa sohalarni qamrab oladi.
O’zbekiston va Pokiston hukumatlararo savdo-iqtisodiy va ilmiy-texnikaviy hamkorlik bo’yicha qo’shma komissiyasi 1993-yilda tuzilgan bo’lib, uning so’nggi 5-yig’ilishi 2011-yil mart oyida Islomobadda bo’lib o’tgan.
Imzolangan Savdo-iqtisodiy hamkorlik to’g’risidagi bitimga ko’ra, ikki davlat o’rtasidagi o’zaro savdoda imtiyozlar berish joriy etilgan.
2018-yil yanvar-noyabr oylarida o’zaro savdo ko’rsankichi 92,4 mln.ga etdi, eksport 28,7 mln., import 63,7 mln.
2017-yil 5 apreldan boshlab “Toshkent-Lahor-Toshkent” yo’nalishi bo’yicha haftasiga ikki parvoz qayta tiklandi.
O’zbekistonda Pokiston kapitali ishtirokida tuzilgan 81 korxona ishlab turibdi. Ularning 4 tasi 100 foiz Pokiston sarmoyasi asosida faoliyat yuritmoqda. 23 qo’shma korxona 2018-yilda tashkil etilgan. Ular asosan savdo, to’qimachiliq qog’oz, charm, oziq-ovqat mahsulotlari ishlab chiqarish, transport va sayyohlik xizmatlari kabi sohalarda ishlaydi.