Tojikistonda 1992-1996 yillarda davom etgan birodarkushlik urushi Tojikistonning iqtisodiy taraqqiyotiga salbiy ta’sir etdi, uning qo’shni mamlakatlar, shu jumladan, O’zbekiston bilan hamkorligiga ham salbiy ta’sir etdi. O’zbekiston Respublikasi Birinchi Prezidenti I.A.Karimov taklifiga binoan 1998 yil 4-yanvar kuni Tojikiston Prezidenti Imomali Rahmonov O’zbekistonga amaliy tashrif bilan keldi. Ikki mamlakat rahbarlari tashrif yakunlari bo’yicha qo’shma axborot imzoladilar.Uchrashuv paytida ikki davlat o’rtasida ijtimoiy-iqtisodiy sohalarda hamkorlik bo’yicha bitimlar imzolandi. O’zbekiston va Tojikiston munosabatlari o’zining yangi mustahkamlanish va taraqqiyot davriga o’tdi. O’zbekiston bilan Tojikiston o’rtasidagi tovar ayirboshlash hajmi 1997 yilda 50 million AQSh dollaridan oshdi. 2000 yilda O’zbekistonda 15 ta o’zbek-tojik qo’shma korxonasi, Tojikistonda 3 ta o’zbek-tojik qo’shma korxonasi faoliyat ko’rsatdi.
Mustaqillik yillarida O’zbekiston va Turkmaniston Respublikalari o’rtasida ham do’stlik va ikki tomonlama hamkorlik aloqalari yo’lga qo’yildi va hozirgi davrda bu hamkorlik rivojlanib bormoqda.
2017 yil 23-24 aprel kunlari Turkmaniston Prezidenti Gurbanguli Berdimuhammedov davlat tashrifi bilan O’zbekistonda bo’ldi. Uchrashuvda ikki mamalakat o’rtasida savdo uylari ochish, ishbilarmonlar kengashi tashkil etish, transport, tranzit, qishloq xo’jaligi, fan texnika, sport va boshqa sohalarga doir 17 ta hujjat imzolandi. Oliy o’quv yurtlari o’rtasida, axboroyt komunikatsiyta sohasida 15 ta hujjat imzolandi. Toshkent shahrida turkman shoiri Maftunquliga atab ko’cha va unga me’moriy yodgorlik ochildi. Toshkent shahrida 10 gektar maydonni egallagan Ashqabot saylgohi ochilib, unda Turkmaniston ramzi bo’lgan ahalteki otlarining haykallari o’rnatildi.
Mustaqil O’zbekiston birinchi navbatda Yaqin va O’rta Sharq hamda arab mamlakatlari bilan davlatlararo munosabatlar o’rnatish va rivojlantirishga kirishdi.
