Ekologiyada uning predmetlarini obektini oʻrganishning quyidagi 5 ta prinsipi ishlatiladi:
1. Ekosistemani oʻrganish. Bu usul bilan ekosistemaning shakllanishini, tizimini, ekosistema komponentlarining (abiotik, biotik) oʻzaro munosabatlarini, ular oʻrtasidagi moddalar va energiya almashinish jarayonlarini oʻrganiladi.
2. Jamoani oʻrganish. Bu usul jamoaning biologik komponentlarini oʻrganishga katta eʼtibor beradi. Jamoa ekologiyasi boshqacha qilib aytganda sinekologiya deyiladi. Jamoani oʻrganishda avvalambor, har xil biologik birliklar (oʻrmon, choʻl, dasht) tarkibida uchraydigan oʻsimliklar, hayvonlar va mikroorganizmlarni oʻrganiladi. Ularni oʻrganishda cheklovchi omillarga alohida eʼtibor qilinadi.
3. Populyasiyani oʻrganish. Populyasion ekologiya — autekologiya muammolarini oʻrganish bilan shugʻullanadi. Hozirgi zamonda populyatsiyani tahlil qilishda populyatsiya oʻsishining matematik modulini tuzish mumkin. Bundan tashqari populyatsiyadagi u yoki bu tur sonining saqlanib qolishi yoki kamayib ketishi hodisalari oʻrganiladi. Tur va uning saqlanib qolish modullarini tuzishda uning tugʻilishi, hayotchanligi va oʻlimi katta ahamiyatga ega. Shu sababli populyasion ekologiya qishloq xoʻjaligi va meditsina sohasida uchraydigan zararkunandalar va parazitlarning koʻpayib ketish holatlarini tushuntirib berishda muhim nazariy asos boʻlib xizmat qiladi va bu sohada olingan maʼlumotlarga asoslanib, zararkunandalar va parazitlarga qarshi biologik kurash choralarini ishlab chiqilishi mumkin.
4. Yashash sharoitini oʻrganish. Yashash sharoiti — bu muayyan bir tur individ yashaydigan joydir. Masalan, chuchuk suv koʻllari, dub oʻrmonzori yoki choʻl zonasini olib qarasak, bu yerlarda shu sharoitlarga moslashgan oʻsimlik va hayvon turlari yashaydi. Har bir tur oʻzining yashash sharoitida aniq bir ekologik burchakni egallaydi. Bir xil joyni egallagan ikki tur oʻrtasida yashash uchun kurash davom etib biri ikkinchisini siqib chiqarmaguncha bu kurash davom etishi mumkin.
5. Evolyusion va tarixiy ekologik prinsiplari. Evolyusion ekologiya planetamizda hayotning rivojlanishiga bogʻliq boʻlgan oʻzgarishlarni oʻrganadi. Yaʼni odamning paydo boʻlib, atmosferaga taʼsiri kuchayganga qadar mavjud boʻlgan ekologik omillarning taʼsiri toʻgʻrisida tushunchalar beradi.
Tarixiy ekologiya esa, kishilik jamiyatining rivojlanishi va texnologiyaning joriy qilinishi natijasida ularning tabiatda koʻrsatgan taʼsirini taʼminlovchi oʻzgarishlarni oʻrganadi.
Ekologik obektlar quyidagi usullar yordamida kuzatiladi:
1. Muhitning holatini baholash va uni roʻyxatga olish usullari. Bu usullarga meteorologik kuzatishlar, haroratni oʻlchash, suvning tiniqligini, shoʻrligini va kimyoviy tarkibini aniqlash; Tuproq muhitini aniqlash, yorugʻlik tushishini, radiatsion fonni, muhitning kimyoviy va bakterologik ifloslanishini aniqlash va shu kabilar kiradi.
Bundan tashqari ekolog ekologik obektlar va muhitning sifat holatlarini doimo kuzatib borishi lozim yoki monitoring boʻlishi kerak. Suv, havo, tuproq va oʻsimliklar tarkibidagi zararli aralashmalarning tarkibini doimo aniqlab kuzatib borish hozirgi zamon ekologiyasining muhim vazifalaridandir.
2. Tabiiy jamoalardagi oʻsimliklar va hayvonlar mahsuldorligi va biomassasini aniqlash va uni baholash usullari. Buning uchun nazorat maydonchalarda individlarni hisoblash, tuproq yoki suv massasida (hajmida) organizmlarni aniqlash, marshrutni hisoblash, hayvonlarni ovlash va ularni belgilab keyin ular orqali kuzatishlar olib borish, hattoki hayvonlar, baliqlar sonini, daraxtlar qalinligini, ekinlar holati va hosildorligini kosmik kuzatishlar yordamida aniqlash kabi usullar qoʻllaniladi.
3. Tashqi muhit omillarining tirik organizmlar faoliyatiga taʼsirini oʻrganish. Bu usul turli xillarda amalga oshiriladi. Chunonchi, u yoki bu obekt yuzasidan uzoq vaqt va murakkab kuzatishlar olib boriladi. Bunda koʻpincha ekspremental kuzatishlar oʻtkaziladi. Bu usullar bilan ekosistemani doimiyligini va uning tarkibidagi oʻsimliklar, hayvonlar va odamlarning har xil sharoitga moslashish belgilarini aniqlash mumkin.
4. Koʻp turli jamoalardagi organizmlarning oʻzaro munosabatlarini oʻrganish usullari. Bu usullar ekosistemaning muhim qismi hisoblanadi. Ular yordamida tabiatda yoki laboratoriyada organizmlarning trofik munosabatlarini aniqlash mumkin. Masalan, radioaktiv izotoplar yordamida bir organizmdan ikkinchi organizmga qancha miqdorda organik moddalar va energiya (yaʼni oʻsimliklardan oʻtxoʻr hayvonlarga, oʻtxoʻr hayvonlardan yirtqichlarga) oʻtganligini aniqlash mumkin.
5. Matematik modellashtirish usullari. Bu usul bilan atmosferaning ifloslanishi, daryolarning oʻz-oʻzini tozalash holatlarini aniqlash oson, biroq ekologik sistemalarni modellashtirish biroz qiyinroqdir.