Muammo ilmiy bilishning hali bilib olinmagan va hal qilinmagan, lekin bilinishi va hal qilinishi lozim bolgan bilim shaklidir. Muammo, odatda,tadqiqotchining biror bilish obektiga oid yangi dalillarni toplagan, lekin bu dalillarni mavjud bilimlari bilan izohlashi mumkin bolmaganda, bu dalillar eski bilimlar tizimiga sigmay, ozlarining yangicha bayonini talab qila boshlaganda tugiladi. Muammoning tugilishi va qoyilishi ilmiy bilish jarayonining eng muhim momentlaridan biridir. Muammoni aniqlash ilmiy bilishda ishning yarmini hal qilish demakdir. Kundalik hayotda muammoni, kopincha, savol yoki biror masala bilan aralashtirib qollashadi. Ilmiy bilishning shakli sifatida, muammo savol va masaladan farq qiiadi. Xususan, savolga javob berish yoki masalani yechish doimo oldingi bilim asosida amalga oshadi. Muammoni esa oldingi hosil qilingan bilimlar doirasida turib hal qilib bolmaydi. Buning uchun yangi dalillar, malumotlar toplash, ularni yangicha izohlash, shu paytgacha mavjud bolgan eski bilim doirasidan chiqish talab qilinadi. Muammolar ham goyalar kabi, haqiqiy va soxta (yolgon) muammolardan iborat boladi. Haqiqiy muammolar ilmiy dalil va fanlaming qonunlaridan kelib chiqsa, soxta muammolar ilmiy dalillar va fan qonunlariga zid keladi. Ilmiy bilish jarayonida muammolarni hal qilishda koplab gipoteza (faraz)laming paydo bo lishi mumkin. Gipoteza tekshirilayotgan predmet yoki hodisa togrisida ilgari surilgan, ilmiy jihatdan asoslangan, ilmiy dalil va malumotlarga zid boImagan, lekin haqiqatligi hali isbotlanmagan ilmiy bilish shaklidir. Ilmiy bilish jarayonida vujudga kelgan gipotezalar bir-birini toldiruvchi, bir-biriga zid, bir-biriga qarama-qarshi, bir-birini inkor qiluvchi gipotezalar bolishi mumkin. Umuman olganda, ilmiy bilishning rivojlanishi gipotezalarning paydo bolishi, ulaming isbotlanishi yoki rad qilinishi va yana yangi gipotezalarning paydo bolishi asosida sodir boladi. Nazariya ilmiy bilishning eng yuqori shaklidir. Nazariya deyilganda haqiqatligi amaliy yoki nazariy jihatdan isbotlangan, borliqning biror sohasiga oid goya!ar, qarashlar, qonunlar va prinsiplarning muayyan tizimi tushuniladi. Nazariya fan sohasiga oid bolib, malum bilimlarning umumlashtirilishi asosida paydo boladi. Ilmiy bilishda nazariyaning asosiy vazifasi amaliyot bergan yangi dalillarni izohlash, organilayotgan predmet yoki hodisalarning mohiyatiga chuqurroq kirish, roy beradigan voqea va hodisalarni oldindan kora olishdan iboratdir. Har qanday nazariya malum sohadagi ilmiy bilimlarning songgi natijasi, lekin uni hech qachon tugallangan, ozgarmas, absolut bilim, deb qaramaslik kerak. Chunki, har bir nazariya faqat u yoki bu gipotezaning akti asosidagi isboti boMmay, balki uzluksiz orin almashib, chinligi aniqlanib boruvchi juda kop va cheksiz gipotezalarning natijasidir. Shu sababli nazariya ham doimo rivojlanib borib, uning mazmuni mutlaq va nisbiy haqiqatlarning birligidan iborat boladi. Insonning kundalik amaliy faoliyati hamisha malum rejaga, moljalga asoslangani kabi,tadqiqotchining ilmiy izlanish va tadqiqotlari ham doimo ilmiy bashorat bilan bogliq boladi.