Metan və başqa aşağı molekullu karbohidrogenlər əsasən bataqlıqlarda su basmış torpaqlarda, göl yığınlarında metan bakteriyalarının və aşağı molekullu üzvi maddələrin reduksiyası yolu ilə emələ gəlirlər. Reaksiyanı sxematik olaraq belə təsvir etmək olar.
CO2 + 4H2 → CH4 + 2H2O
Metan əmələgətirən bakteriyalar, xüsusilə Methanosarcina bakteri, metan emal etmək üçün CO, CO2 metanol və sadə alifatik turşulardan da istifadə edirlər. Başqa mikroorqanizmlərdən fərqli olaraq bunlar aminturşuları və sulukarbonlardan istifadə etmirlər.
CH4əmələgəlməsi ancaq kəskin reduksiya şəraitində baş verir, yəni oksidləşmə-reduksiya potensialı bu zaman (-200) + (-250)mV olur.
Torpaqda oksidləşmə potensialının bu səviyəyə çatması anaerobiozis prosesndə yəni O2 tam istifadə olunub qurtardıqdan yəni O2 tam sonra baş verir, Fe+3 birləşmələri Fe+2 birləşmələrinə çevrilir. Bu zaman torpağın pH-ı adətən CO2 – nin hesabına yüksəlir.
Metanın suda həllolması çox böyük olmur, yəni adi tempraturda 100 ml suda 2-5 mq ancaq təşkil edir. Onun xeyli miqdarına yanlız bataqlaşmış torpaqların torpaq havasında rast gəlmək olar.
Bu cür bataqlaşmış və su basmış torpaqlarda (çəltik torpaqları) metan bitkiləri üçün təhlükəli hesab edilmir. Lakin kəskin reduksiya mühitində metanın iştirakı ilə yaranan birləşmələr, xüsusilə H2S və bəzi üzvi turşular bitkiləri zəhərləyə bilir.
Təbii şəraitdə metandan başqa torpaqda digər karbohidrogenlər də yarana bilir. Məsələn, etan C2H6 ,etilen CH2= CH2 və başqalarını göstərə bilərik. Etilen də metan kimi əsasən nəmlik çox olan torpaqlarda, xüsusilə də çəltik küləşi gübrə kimi tətbiq edilən subasmış torpaqlarda əmələ gəlir. Gün ərzində göstərilən şəraitdə 10q torpaqda 200-250 mkl etilen yarana bilir. Lakin küləş tətbiq edilmədikdə 10q torpaqda onun miqdarı 2-3 mkl-ə çatmır. Bu hadisə çox böyük praktiki əhəmiyyət daşıyır, belə ki, etilenin bitkilərin boy və inkişafı üçün yaxşı bir stimulyator olduğu artıq elmə çoxdan məlumdur. Təbii ki, artıq olması bitkiləri zəhərləyir.
Bu sadə karbohidrogenlərdən (qazlardan) başqa torpaqda uzunzəncirli C16 – C33 karbohidrogenlər və onların çoxlu miqdarda məhsulları (spirtlər, turşular, efirlər) əmələ gəlir. Yaranan bu karbohidrogenlər analiz zamanı lipidlər qrupuna daxil olaraq humus turşularının əmələ gəlməsində iştirak edirlər.