Ekzon va intronlar. Gen klasterlari, promotor

GENOMNING DNK DARAJASIDAGI TAHLILI; PZR, GELELEKTROFOREZ, RESTRIKSIYALASH, MOLEKULYAR KLONLASH VA SEKVENSLASH USULLARI.
Genomning DNK darajasidagi tahlili
DNK ajratish -Tadqiqotlarimizda ostertagiya avlodi nematodalari to‗qimasidan genom DNKsi ajratiladi. Bunda, oldindan 96% yoki 70 %li etil spirtga solingan nematodalar disterlangan suv bilan yaxshilab yuviladi va har birini alohida 100 mkl lizis bufferi solingan eppendorf probirkasiga solinadi. Nematatodalardan genom DNKsini ajratishda ularning bosh qismi ishlatilgani ma‘qul (tanani bosh qismidan qizilo‗ngach tugagan joyigacha) va bu binokulyar lupasi ostida, ko‗z skalpeli yoki britvani lezviyasi yordamida kesib olinadi (erkak nematodalarning dum tomoni esa morfologik va molekulyar taxlillar uchun qoldiriladi). Fenol – xloroformli uslubi yordamida DNK ajratish - bu – nuklein kislotalarni ajratishning klassik uslubidir. Bu uslub proteinaza K ishtirokida detergentlar tomonidan biologik materiallarning parchalanishi hamda fenol va xloroform yordamida nuklein kislotalarni ajratib olishni o‗z ichiga oladi Buning afzalligi shundaki, Diatom DNA Prep (Rossiya) va Dneasy Tissue Kit (Germaniya) reagentlar to‗plamiga qaraganda bu uslub bilan anchagina ko‗p miqdorda DNK ajratib olinadi. Uslubning kamchiliklariga esa uning davomiyligi, mashaqqatliligi, agressiv organik erituvchilarning ishlatilishi va DNKni oqsildan ham, RNKdan ham yetarli darajada tozalamasligini kiritish mumkin.
Diatom DNA Prep firmasi to„plami yordamida DNK ajratish - bu uslub reagentlari yoki to‗plamlari yordamida nukleotidlarni ekstraksiya qilish uslublaridan biri hisoblanadi. Bu to‗plam DNKni turli tabiiy materiallardan ajratish, shuningdek klinik namunalardan DNKsini tez tozalab olish imkonini beradi. Bu usul FX – uslubdan jadalligi (1 ta namunaga 30 min. – 1,5 vaqt sarflanadi), toksik (zaharli) reagentlarning ishlatilmasligi bilan ajralib turadi. Ta‘sir qilish mexanizimi guanidintiotsionatli lizis qiluvchi reagentning ishlatilishiga asoslangan bo‗lib, u hujayrani lizisiga, hujayra solyubilizatsiyasiga, shuningdek hujayra nukleazali denaturatsiyaga olib keladi. Lizis qiluvchi (parchalovchi) – reagant ishtirokida DNK NucleosTM – sorbent to‗plamida faol so‗riladi, so‗ngra spirtli eritmada oqsil va tuzlardan oson yuviladi. Sorbentdan ajratilgan DNKni PZR da ishlatish mumkin.