Peroksisom lizasom kimi fermen daşıyan və membran ilə əhatə olunmuş kisələr şəklində olmalarına baxmayaraq lizasomdan fərqlənən bəzi vacib xüsusiyyətlərə malikdirlər:
Lizasomlar əsasən həzm fermentləri daşımaqlarına baxmayaraq, peroksisomlar oksidləşdirici fermentlər ilə birgə xüsusi olaraq katalaza fermentinidə daşıyırlar
Lizasomlar endoplazmatik şəbəkə ilə holci aparatından yaranmaqlarına baxmayaraq peroksisomlar sərbəst formalaşırlar və bölünərək çoxalırlar. Peroksisomlar bu əlamətləri ilə xloroplast və mitaxondrilərə bənzəyirlər lakin özlərinə xas DNT daşımazlar
Peroksisomların ölçüləri lizasomlar kimi heterogen olmaqlarına baxmayaraq əsasən lizasomlara nəzərən daha kiçikdirlər.
