Həzm və tənəffüs sistemi. Həzm sistemi bədənin ön hissəsində, aşağı tərəfdə yerləşən, 10-20 cüt lamisə çıxıntıları ilə əhatə olunmuş ağızönü dəliklə başlayır. Bağırsaq anal dəliyi ilə nəhayətlənən düz boru şəklindədir, şöbələrə bölünmür. Udlağın bağırsağa keçən hissəsində həzm fermentləri ifraz edən kor çıxıntı (qaraciyər) yerləşir. Neştərçənin tənəffüsü passivdir. Su udlaqdan qəlsəmə yarıqları ilə atrial boşluğuna daxil olur, oradan atriopor vasitəsilə xaric olunur. Udlaga daxil olan su qəlsəmə arakəsmələrini yuyur və oradakı qan damarlarını oksigenlə təchiz edir.
Sinir sistemi xordanın üstündə yerləşən sinir borusundan ibarətdir. Sinir borusunun boşluğu nevrosel adlanır. Onun ön tərəfindəki kiçik genişlənmə beyin mədəciyi adlanır. Sinir borusunun ön tərəfindən iki cüt baş sinirləri çıxır, bədənin ön tərəfini sinirləndirir (hissi sinir). Borunun qalan hissəsinin hər seqmentindən iki cüt bel və qarın sinirləri çıxır.
Hiss orqanları zəif inkişaf etmişdir. Bədən səthində epidermisdə hissi hüceyrələr səpələnmişdir. Kimyəvi qıcıqları Kelliker çuxuru vasitəsilə qəbul edir. Sinir borusu boyu nevroselin yan tərəflərində işığa həssas törəmələr – Hesse gözcükləri yerləşir.
Qan-damar sistemi. Neştərçənin həqiqi ürəyi yoxdur, onu qarın aortası əvəz edir. Qan-damar sistemi qapalıdır, qan damarlarla hərəkət edir. Qanı rəngsizdir və bir qan dövranına malikdir.
İfrazat sistemi udlağın ətrafında yerləşən 90 cütdən artıq nefrididən ibarətdir. Nefridi borularının bir ucu dəliklə atrial boşluğa, digər ucu bir neçə dəliklə bədən boşluğuna açılır. Bədən boşluğuna açılan dəliklər nefrostomlar adlanır.
