L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan
Yüklə 1,41 Mb.
|
- Bu səhifədəki naviqasiya:
- Sichqonchadan foydalanish
- Ierarxik tanlama tarifi
|
PyMol
Asosiy ko'rinish Strukturani qanday yuklash kerak? Internetdan: menyudan tegishli plaginni tanlang yoki buyruq satrida: 1xxx ni oling mahalliy fayl: Fayl->Ochish Sichqonchadan foydalanish Chap tugmasini bosing + siljiting = molekulani aylantiring O'rta bosish + siljitish = molekulani siljitish. O'ng tugmasini bosing + yuqoriga/pastga siljiting = molekulani kattalashtirish/kichraytirish G'ildirak = molekulaning kesish darajasini o'zgartiring Barcha manipulyatsiyalar struktura koordinatalariga emas, balki kameraga nisbatan Obyekt tanlov menyusi A=Harakat Orientatsiya manipulyatsiyasi Tasvirni oldindan sozlash va boshqalar. Ob'ektni manipulyatsiya qilish Boshqa S = Ko'rsatish, H = Yashirish L = Yorliq C = Rang Namunalar SHIFT tugmachasini bosib turganda sichqonchani bosish orqali sozlash mumkin Buyruqlar satrida ifodalarni yozish qulayroq Masalan : Magistralni tanlang, ca+c+n deb nomlang Operatorlarni sozlash Mantiqiy operatorlar VA, OR, EMAS OR amalini “,” shaklida yozish mumkin. Mashq: PDB hujjatida oqsil, DNK fragmenti va suv molekulalaridan iborat strukturaning tavsifi mavjud. Nima muvaffaqiyatga erishing , agar _ so'rang quyidagi buyruqlar ? oqsilni tanlang yoki DNK oqsilni tanlang va DNK suvni emas ICHINDA (...) resi 20 dan 3,5 ichida hammasini tanlang s1 ni tanlang, (bayres n. ca) resn LIG dan 3,5 gacha Yordam tanlovlari Uzoq qisqa nomi
ichida kabi Namuna namunalari sel=tanlash sel s1, n. ca va c. Javob: A zanjiridagi barcha CA atomlari sel s2, n. ca va (c. A yoki c. B): atomlar SA zanjirlar LEKIN va DA sel s3, resn GLU va resi 100 : qolgan 100 agar u GLU sel s4, resi 100-120+130 : qoldiq atomlari 100-120 va 130 sel s5, byres (nomi CG): CG mavjud bo'lgan qoldiq atomlari Ierarxik tanlama ta'rifi Atom ustiga o'ng tugmasini bosish orqali ierarxiyani ko'rish oson sel s1, a/102/cz : qolgan 102 da atom cz sel s2, 100-120/N va c. A : a sel zanjirining 100-120 qoldiqlarida N atomlar s3, a/100+120/ : A zanjiridagi 100 va 120 qoldiqlarning barcha atomlari Nurni kuzatish, nurlanish buyrug'i Tafsilotlar: http://www.pymolwiki.org/index.php/Category:Sozlamalar PyMol 600 ga yaqin sozlamalarni o'z ichiga oladi Hammasi ham hujjatlashtirilmagan Ko'pchilik intuitiv Sozlamalar menyu orqali yoki buyruq satrida mavjud, quyidagilarni yozing: opsiya nomining birinchi harflarini va qurish uchun tab tugmachasini o'rnating Misollar #dastlabki sozlash iewport 600, 600 — grafik oyna oʻlchami auto_zoom, oʻchirilgan — yangi obyektlarni kattalashtirmang auto_show_lines oʻrnating, oʻchirib qoʻying — chiziqlarni koʻrsatmang avtomatik ravishda auto_show_selections oʻrnating, oʻchirilgan — tanlovni koʻrsatmang avtomatik ravishda #multfilm parametrlari cartoon_fancy_helices to'plami,1 --- spirallar ko'rinishini o'zgartirish cartoon_highlight_color, gray60 - spirallarning ichki tomonining rangi cartoon_dumbbell_length,1,0 - spiraldagi lentaning kengligi set cartoon_rect_length,1.40000 - beta to'plamidagi lentaning kengligi cartoon_loop_radius,0.3 - -- strukturaviy bo'lmagan qalinligi. cartoon_smooth_loops=0 o'rnating - silliqlash yo'q. PyMol-da animatsiya Agar strukturada bir nechta model mavjud bo'lsa, u holda PyMolda bir modeldan ikkinchisiga o'tish orqali molekula harakatini jonlantirish mumkin. Ob'ekt atrofida N soniya davomida aylantiring: Kino->Dastur->Kamera->X-Roll->N soniya Kino->Dastur->Kamera->Y-Roll->N soniyali aylanish : Film->Dastur->Kamera->X-Rock->N-soniyadagi X-darajali Misol Harakat->Preset->Texnik (tomoshabin gui) Scene->Store->F1 kattalashtirish i. 90 # balansni 90 ga oshiring Scene->Store->F2 Movie->Dastur->Scene Loop->Y-Rock->Har biriga 4 soniya Fayl->Filmni saqlash Animatsiya, terminologiya Ob'ekt va tanlov: yuqoriga qarang holatlar: konformatsiya yoki koordinatalar to'plami sahna: kamera holati va displey kadrlar: bu animatsiyadagi kadrlar bo'lib, ular holati va sahnani o'z ichiga oladi kino paneli: Animatsiya, jamoalar mset 1 -55 : 55 kvadrat (ramka) uchun 1 dan 55 holatgacha animatsiyani o‘rnatish mset 1 x90 : birinchi holat animatsiyasini 1 dan 90 kvadratgacha o‘rnatish mset 1 x30 1 -15 15 x30 15 -1 : 1 -holatning dastlabki 30 ta kadri , keyingi 15 kadr 1-15 holatlar, keyingi 30 kadr 15 holat, keyingi 15 kadr 15 dan 1 gacha holatlar Animatsiya, buyruqlar mview: asosiy nuqtalarni yaratish buyrug'i. Misol: • mset 1x100 frag leu # LEU yaratish orient # uni orient mview do'koni # asosiy nuqtani eslab qoling ramka 100 # 100-ramkaga o'ting masshtab identifikatori 10 # 10-sonli atomni kattalashtirish mview do'koni # asosiy nuqtani eslab qoling mview reinterpolate # interpolatsiya qiling Qo'shimcha buyruqlar mmatrix: birinchi kadr uchun ko'rinishni o'rnatadi util.mrock: sahnani ma'lum bir burchakka silkit util.mrock(boshlash, tugatish, burchak, bosqich, halqa-bayroq) util.mroll: y o'qi atrofida aylanish util.mroll (boshlash, tugatish, loop bayrog'i) mdo: (eskirgan) ma'lum bir ramkada ba'zi buyruqlarni bajaring Yüklə 1,41 Mb. Dostları ilə paylaş:
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||