L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan



Yüklə 1,41 Mb.
səhifə51/95
tarix07.01.2024
ölçüsü1,41 Mb.
#211693
1   ...   47   48   49   50   51   52   53   54   ...   95
bioinfarmatika kitob o\'zbekcha0

Animatsiyani saqlash
Eski usul:
ray_trace_frames, 1 mpng mymovie-ni o'rnating
Videoni kerakli siqish (kodek) bilan yig'ish uchun avidemux, Virtual Dub, mencoder dasturlari kerak.
Yangi yo'l: Fayl->Filmni saqlash ; bir kamchilik bor, eski ofis faqat ma'lum bir kodek bilan avi tushunadi.

    1. PyMolda modellashtirish va tahrirlash

  • Ob'ektlarni ko'chirishingiz va ularning yangi koordinatalarini saqlashingiz mumkin

  • Ikkilamchi tuzilmani hisoblashingiz mumkin

  • Siz alohida atomlarning koordinatalarini o'zgartirishingiz mumkin

  • Siz oqsilda mutatsiyalar qilishingiz mumkin (lekin NK emas)

  • L->D aminokislotalarini aylantira oladi

  • Siz protonlarni qo'shishingiz mumkin

  • Kosmosda molekulalarni tekislash mumkin

  • Siz kutubxonadan va o'zingizdan ba'zi qismlarni qo'shishingiz mumkin

Harakatlanuvchi ob'ektlar
Tavsiya etilgan harakat kursi:

  • retain_order # atomlarning tartibini saqlang

  • newobj yaratish, sele # yangi ob'ekt yaratish, sug'urta

  • tarjima [0,10,0], newobj # harakat

  • aylantirish x,90,newobj # aylantirish

  • newfile.pdb, newobjni saqlang

Harakat qilish va aylantirish amallarini tahrirlash rejimida sichqoncha yordamida bajarish mumkin
Alohida atomlar va jismlarning koordinatalarini o'zgartirish
alter_state 1,(pdb1cse),x=x-10.0 Yoki tarjima qiling
[0,10,0], A/100/NZ
Bog'larni olib tashlash, lekin atomlarni emas

  • Birinchi atomni tanlang, ctrl + o'rta cl ^ k, ikkinchi atomni tanlang, ctrl + o'rta bosing

  • Va ajratish yoki ctrl+D

Diqqat! Atomlarning koordinatalari o'zgarmaydi, faqat bog'lanish tasviri yo'qoladi
aminokislota mutatsiyasi

  • Wizard->mutagenesis-ni ishga tushiring

  • Mutatsiya uchun aminokislotalarni tanlang

  • O'ng tomonda, nimaga mutatsiya qilish kerakligini tanlang

  • Film boshqaruvi yordamida rotamerni tanlang

  • Apply bilan protsedurani yakunlang


Yüklə 1,41 Mb.

Dostları ilə paylaş:
1   ...   47   48   49   50   51   52   53   54   ...   95




Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©azkurs.org 2024
rəhbərliyinə müraciət

gir | qeydiyyatdan keç
    Ana səhifə


yükləyin