L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Nazorat savollari va topshiriqlari

1. 
   PyMol dasturi nima uchun?
   
2. 
   PyMol-da qanday tanlash mumkin?
   
3. 
   PyMol-da o'rnatilgan operatorlarni sanab bering va tavsiflang?
   
4. 
   PyMol-da tanlov ierarxiyasini qanday ko'rish mumkin?
   
5. 
   PyMol da qanday animatsiya buyruqlarini bilasiz?
   
6. 
   PyMol-da qanday modellashtirish va tahrirlash xususiyatlarini bilasiz?
   
7. 
   Atomlardagi bog'lanishlar tasvirini qanday o'zgartirish mumkin?
   
8. 
   Haykaltaroshlik nima?
   

VII BOB. OQSILLARNING STRUKTURASI VA XUSUSIYATLARINI IN-SILICO SHAROITIDA O’RGANIS.

1. 
   Protein tuzilishini bashorat qilish va o'rganishga zamonaviy yondashuvlar.
   

Kompyuter dasturlari yordamida fazoviy tuzilmani bashorat qilish (silikatda) tuzilishi hali eksperimental ravishda aniqlanmagan oqsillarning modellarini yaratishga imkon beradi. Gomologik modellashtirish deb nomlanuvchi tuzilmani bashorat qilishning eng muvaffaqiyatli turi aminokislotalar ketma-ketligi bo'yicha modellashtirilgan oqsilga o'xshash mavjud "shablon" tuzilishiga tayanadi. Proteinlarning fazoviy tuzilishini bashorat qilish usullari oqsil genetik muhandisligining rivojlanayotgan sohasida qo'llaniladi, ularning yordami bilan oqsillarning yangi uchinchi darajali tuzilmalari allaqachon olingan. Murakkabroq hisoblash muammosi molekulyar docking va oqsil-oqsil o'zaro ta'sirini bashorat qilish kabi molekulalararo o'zaro ta'sirlarni bashorat qilishdir.²

1. 
   Ramachandran xaritalari: Protein konformatsiyasining tavsifi molekulalar³
   

Molekulalarning tuzilishini tavsiflashda "konfiguratsiya" va "konformatsiya" tushunchalari qo'llaniladi.
Konfiguratsiya atomlar to'plami va ularning ulanish tartibi bilan belgilanadi. Butan va izobutan turli xil konfiguratsiyalarga ega.