ORF Investigator - bu nafaqat kodlash va kodlanmagan ketma-ketliklar haqida ma'lumot beradigan, balki gen/DNKning turli mintaqalarini juftlik global ketma-ketligini moslashtirishni amalga oshiradigan dastur. Asbob mos keladigan aminokislotalar ketma-ketligi uchun ORFlarni samarali tarzda topadi va ularni bitta harfli aminokislota kodlariga aylantiradi, shuningdek ularning ketma-ketlikdagi o'rnini ta'minlaydi. Ketma-ketliklar orasidagi juftlik global moslashuv turli mutatsiyalarni, shu jumladan bitta nukleotid polimorfizmlarini aniqlashni qulay qiladi. Genlarni tekislash uchun Needleman va Wunsch algoritmlari qo'llaniladi. ORF Investigator portativ Perl dasturlash tilida yozilgan va shuning uchun barcha umumiy operatsion tizim foydalanuvchilari uchun mavjud.
ORF bashoratchisi
OrfPredictor - bu ifodalangan ketma-ketlik yorlig'idan (EST) olingan ketma-ketlikda protein kodlash mintaqalarini aniqlash uchun mo'ljallangan veb-server. BLASTX zarbasi bilan so'ralgan ketma-ketliklar uchun dastur BLASTX hizalamasida aniqlangan tarjimani o'qish ramkalari asosida kodlash hududlarini bashorat qiladi, aks holda so'ralgan ketma-ketliklarning ichki belgilariga asoslanib, eng ko'p kodlash mintaqasini bashorat qiladi. Natijada FASTA formatidagi taxmin qilingan peptid ketma-ketliklari va so'rov identifikatori, tarjimani o'qish ramkasi va kodlash hududi boshlanadigan va tugaydigan nukleotid pozitsiyalarini o'z ichiga olgan ta'riflar qatori. OrfPredictor EST-dan olingan ketma-ketliklarga izoh berishni osonlashtiradi, xususan, yirik EST loyihalari uchun.
ORF Predictor yuqorida aytib o'tilgan ikki xil ORF ta'riflarining kombinatsiyasidan foydalanadi. U boshlang'ich kodondan to to'xtash kodonigacha bo'lgan hududlarni qidiradi. Qo'shimcha mezon sifatida u 5' tarjima qilinmagan mintaqada (UTR) to'xtash kodonini qidiradi.
ORFik
ORFik - bu ochiq o'qish ramkalarini topish va ORFni asoslash uchun keyingi avlod ketma-ketlik texnologiyalaridan foydalanish uchun Bioconductor-dagi R to'plami.
