L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Clustal (inglizcha Cluster al ignment ) nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta tekislash uchun eng keng tarqalgan kompyuter dasturlaridan biridir .
Dastur uchta versiyada taqdim etilgan:

• 
  ClustalW - buyruq qatori interfeysi bilan [ ² ].
  
• 
  ClustalX - grafik interfeys bilan [ ³ ].
  
• 
  Clustal Omega bir necha soat ichida yuzlab ketma-ketliklarni tekislashi mumkin bo'lgan dasturning yanada zamonaviy versiyasi bo'lib, ishlash testlarida bir nechta tekislash uchun eng samarali dasturlardan biridir ^]. Ushbu variant faqat buyruq qatori interfeysidan foydalanadi.
  

Asosiy bioinformatika dasturlari

• 
  ACT (Artemis solishtirish vositasi) - genomik tahlil
  
• 
  Arlekin - populyatsiya genetik ma'lumotlarini tahlil qilish
  
• 
  BioEdit - nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligi uchun ko'p tekislash muharriri
  
• 
  BioNumerics - bu tijorat universal dasturiy ta'minot to'plami
  
• 
  BLAST - nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasida tegishli ketma-ketliklarni qidirish
  
• 
  Klustal - nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini ko'p tekislash
  
• 
  DnaSP - DNK ketma-ketligi polimorfizmini tahlil qilish
  
• 
  FigTree - filogenetik daraxtlar muharriri
  
• 
  Genepop - populyatsiya genetik tahlili
  
• 
  Genetix - Populyatsiya genetik tahlili (faqat frantsuz tilida mavjud)
  
• 
  JalView - nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta tekislash uchun muharrir
  
• 
  MacClade interaktiv evolyutsion ma'lumotlarni tahlil qilish uchun tijorat dasturidir.
  
• 
  MEGA - molekulyar evolyutsion genetik tahlil
  
• 
  Mesquite - qiyosiy biologiya Java dasturi
  
• 
  Muskul - nukleotid va aminokislotalar ketma-ketligini ko'p taqqoslash. ClustalW ga qaraganda tezroq va aniqroq
  
• 
  PAUP - parsimoniya (va boshqa usullar) yordamida filogenetik tahlil
  
• 
  PHYLIP - filogenetik dasturiy ta'minot to'plami
  
• 
  Phylo_win - filogenetik tahlil. Dastur grafik interfeysga ega.
  
• 
  PopGene - populyatsiyalarning genetik xilma-xilligini tahlil qilish
  
• 
  Populyatsiyalar - populyatsiya genetik tahlili
  
• 
  PSI Protein klassifikatori - PSI-BLAST dasturi yordamida olingan natijalarning qisqacha mazmuni
  
• 
  Dengiz manzarasi - Filogenetik tahlil (GUI)
  
• 
  Payet - Sequence Escrow
  

GenBank, EMBL , DDBJ da

• 
  SPAdes - bakterial genom assembler
  
• 
  Ajratilgan daraxt
  
• 
  T-Qahva - nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini ko'p progressiv moslashtirish. ClustalW /ClustalX ga qaraganda sezgirroq.
  
• 
  UGENE - bu rus tilidagi bepul vosita, nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta tekislash, filogenetik tahlil, annotatsiya, ma'lumotlar bazalari bilan ishlash.
  

•Velvet - genom assembler.