L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

.pdb - Protein ma'lumotlar banki (wiki_eng, wiki_ru) - oqsillar va nuklein kislotalarning uch o'lchovli tuzilmalarining ma'lumotlar banki. X-nurli kristallografiya yoki NMR spektroskopiyasi va tobora krioelektron mikroskop yordamida olingan ma'lumotlar butun dunyo bo'ylab biologlar va biokimyogarlar tomonidan ma'lumotlar bazasiga kiritiladi va a'zo tashkilotlarning veb-saytlari (PDBe, PDBj, RCSB) orqali bepul mavjud. ). PDB strukturaviy biologiya sohasida ishlaydigan olimlar uchun eng muhim manbalardan biridir. Ko'pgina ilmiy jurnallar va ba'zi tadqiqot fondlari, masalan, AQShdagi NIH, mualliflar va grant oluvchilardan barcha tarkibiy ma'lumotlarni PDBga taqdim etishlarini talab qiladi. Protein ma'lumotlar banki asosan biologik molekulalarning tuzilishi bo'yicha birlamchi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi, birlamchi ma'lumotlarni tasniflaydigan yoki molekulyar tuzilish va evolyutsiya o'rtasidagi bog'liqlikni aniqlaydigan yuzlab boshqa ma'lumotlar banklari mavjud.
.cif - Kristallografik ma'lumot fayli (wiki_eng, wiki_ru) - Xalqaro Kristallografiya Ittifoqi (IUCr) tomonidan aniqlangan kristallografik ma'lumotlarni o'z ichiga olgan standart matn fayl formati. Ushbu fayllar optik disk tasvirlari bilan ishlash uchun mo'ljallangan ba'zi dasturlarda ochilishi mumkin.
. mol - MDL Molfile (wiki_eng, wiki_ru ) - molekuladagi atomlar, aloqalar va atomlarning ulanish turlari haqidagi ma'lumotlarni o'z ichiga olgan fayl formati. Ko'pgina dasturlar tomonidan o'qilishi mumkin bo'lgan juda keng tarqalgan format, ammo ular bu ma'lumotni biroz boshqacha ko'rsatishi mumkin.
. cml - Chemical Markup Language (wiki_eng, wiki_ru) - universal XML belgilash tiliga asoslangan kimyoviy birikmalarni tavsiflash tili.
. xyz - XYZ fayl formati (wiki_eng, wiki_ru ) kimyoviy maʼlumotlar formatidir. Uning rasmiy standarti yo'q va uning bir nechta o'zgarishlari mavjud.
Jmol tasvirini ichki konsoldan manipulyatsiya qilish uchun eng standart buyruqlardan ba'zilari:
bo'sh joyni to'ldirish [o'chirish/yoqish|
xx% |0.xx]
= cpk
(sinonim buyruqlar)
- atomlarning o'lchamlari. On parametri holatida
atomlarning o'lchamlari Van der Vaals radiusiga to'g'ri keladi. Foiz parametri - bu foiz

uni.
teg [ o'chirilgan / yoqilgan |% e |% n ]

• 
  atomlarga teglarni yoqish/o‘chirish va ularning mazmunini aniqlash.
  

%e element nomi
%n uch harfli aminokislota

%m bitta harfli aminokislota belgisi

= teglar
wireframe [off/on|xx%|0.xx]
- atomlararo aloqalar magistralini ko'rsatish o'lchamlari
[o‘chirish/yoqish
xx% |
0.xx]
- peptid zanjiri skeletining sxematik tasvirining o'lchamlari (ing. magistral). Skelet alfa uglerodlarini bog'laydigan chiziqlardir.
kuzatish [ o'chirish / yoqish | xx % |0. xx ]

• 
  "spline izi" ni o'rnatish.
  

jmol.sourceforge.net saytida _ mavjud shunday tavsifi atama : "Germit spline egri chizig'i alfa uglerod atomlari orasidagi o'rta nuqtalardan o'tadi". Bu taxminan skeletga yaqinlashadigan egri chiziq. Bir vaqtning o'zida orqa miya va izni yoqishi va kirishga harakat qilishi mumkin.

lenta [off/on|xx%|0.xx]

• 
  peptid zanjirining lenta shaklida tasviri, bu sizga alfa spiral ( alfa-spiral ), beta varaqlari ( beta-varaqlar ) va halqalarni ( ko'chadan) vizual tarzda ko'rish imkonini beradi .
  

multfilm [off/on|xx%|0.xx]

• 
  kulgili multfilm turli lenta.