L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Uglerod
kislorod
Azot
sulfijr
Fosfor
Vodorod
Jmol uchun CPK rang sxemasi
rangli atomlar [yo'q | cpk | amin | tuzilishi| shaklli | sizning_rangingiz]

• 
  rangi.none va cpk sinonimdir.
  

(cpk - Kori-Pauling-Koltunning qisqartmasi, pastga qarang).wiki_eng, wiki_ru)
rang yorlig'i [yo'q | cpk | amin | tuzilishi | shaklli | sizning_rangingiz]

• 
  teg rangi. none va cpk sinonimdir
  

rangli bog'lanishlar[yo'q|sizning_rangingiz]
= rangli simli ramkalar

• 
  atomlararo aloqalarning rangi. Agar “Hech” qiymati o‘rnatilmagan bo‘lsa, atomlarning rangi ishlatiladi.
  

rang orqa miya [yo'q | amin | tuzilishi | shaklli | sizning_rangingiz]

• 
  peptid zanjiri skeletining rangi. Agar yo'q bo'lsa, kul rang ishlatiladi.
  

rang izi [yo'q | amin | tuzilishi | shaklli | sizning_rangingiz]
rangli lenta [yo'q | amin | tuzilishi | shaklli | sizning_rangingiz]
rangli multfilm [yo'q | amin | tuzilishi | shaklli | sizning_rangingiz]
fon [yo'q|sizning_rangingiz]

• 
  fon rangi. Agar yo'q bo'lsa, qora rang ishlatiladi.
  

markaz

• 
  buyruq molekulani ekranning o'rtasiga olib boradi. Boshqa hech narsa (aylantirish yo'q, kattalashtirish yo'q).
  

qayta o'rnatish

• 
  molekulaning asl miqyosi va joylashuvi tiklanadi.
  

[elementorgroup|*] ni tanlang

• 
  faqat ma'lum bir elementning yoki elementlar guruhiga tegishli atomlarni tanlash imkonini beradi. Barcha keyingi buyruqlar faqat ushbu guruhga ta'sir qiladi.
  

Masalan, uglerodni tanlang; cpk 10% - faqat uglerod atomlari masshtablangan. Barcha atomlarni tanlash uchun siz all, * yoki type select dan argumentlarsiz foydalanishingiz mumkin.
Guruh nomlari sifatida siz ijobiy / salbiy / neytral so'zlardan foydalanishingiz mumkin (har bir atom alohida tahlil qilinadi, jami ular molekuladagi atomlarning umumiy sonini beradi ) , yoki qutbli / hidrofobik ( har bir aminokislota bir butun sifatida tahlil qilinadi), yoki magistral / yon zanjir.
chiqishJmol

• 
  jmoldan chiqish
  

Eslatma1: Ba'zi buyruqlar birlik va ko'plikda yoki Amerika va Britaniya imlosida sinonimlarga ega: multfilm = multfilmlar, markaz = markaz, rang = rang, yorliq = teglar, lenta n = lentalar.
Eslatma 2: agar strukturaviy element nomidan keyin yagona parametr ishlatilsa, boshqa barcha tuzilmalarni ko'rsatish avtomatik ravishda o'chiriladi. Masalan, simli ramka faqat atomlararo aloqalarning tuzilishini ko'rsatadi.
Jmol bilan ishlash uchun ba'zi o'quv resurslari:
RasMol o'quv qo'llanma
( http://cbm.msoe.edu/includes/pdf/crest/section1.pdf ) - 20 sahifa pdf. Dasturchi odatda shug'ullanishi kerak bo'lgan turli xil hujjatlar fonida hayratlanarli darajada do'stona. 2010 yil sanasi .
RasMol o'quv qo'llanmasi ( https://userpages.umbc.edu ) - pdf.
Bu yuqoridagi hujjatning oldingi versiyasiga o'xshaydi. 2006 yil sanasi.
RasMolTrainingTutorial (cbm.msoe.edu/includes/jmol/rasmol.php) ishga tushirish uchun 2 soat vaqtimni olgan xuddi shu applet.
jmol.sourceforge.net/demo - dastur xususiyatlarini namoyish qilish. "Misol orqali o'rganish". Misollar bilan boshqa veb-saytlar wiki.jmol.org da keltirilgan.
wiki.jmol.org - Jmol wiki. Yaqinda ma'lum bir "Ahmed 01" tomonidan buzilgan va o'chirib qo'yilgan, o'z so'zlari bilan aytganda "Jazoir xakeri". Naidu - ilmga qiziquvchi ba'zi qizlarning barmoqlarini sindirishda juda yaxshi ekanligini aniqlaydi.
jmol.sourceforge.net/docs - rasmiy hujjatlar