L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

VI BOB. BIOLOGIK MAKROMOLEKULALARINI VIZUALIZATSIYALASHTIRISHNING ZAMONAVIY USULLARI.

1.Fazoviy tuzilmalarni vizuallashtirishning asosiy tamoyillari. RasMol dasturi va unda qanday ishlash kerak.
RasMol / RasMol dasturi endi ishlab chiquvchilar tomonidan qo'llab-quvvatlanmaydi. Foydalanuvchilarga makromolekulalarning fazoviy tuzilmalarini ko'rish uchun Jmol/ dasturiga o'tish tavsiya etiladi. Manba ma'lumotlari odatda PDB faylidir (garchi ba'zi boshqa formatlar ham qo'llab-quvvatlanadi).

1. 
   Dastur haqida asosiy ma'lumotlar
   

• 
  Qoniqarli vizualizatsiya; ko'pgina ehtiyojlar uchun etarli bo'lgan bir qator tahlil vositalari.
  
• 
  Eng so'nggi versiya 2.7.4.2
  
• 
  O'rganish oson, yaxshi ichki mantiqqa ega.
  
• 
  http://www.openrasmol.org/ saytida mavjud
  

Vizualizatsiya nima?
Vizualizatsiya uchun dastlabki ma'lumotlar markazlarining koordinatalari bo'lgan atomlar ro'yxati (ba'zi koordinatalar tizimida). Dastur oynasida oqsillarni ko'rishda turli xil deb ataladi. modellar. Eng ko'p ishlatiladigan modellar quyidagilar:

• 
  Simli model - atomlar orasidagi kovalent bog'lanishlar ularning markazlarini bog'laydigan chiziqlar bilan tasvirlangan. RasMol, qoida tariqasida, atomlar markazlari orasidagi masofa bo'yicha kovalent bog'lanishlar mavjudligini aniqlaydi.
  
• 
  modeli - atomlar to'plar bilan ifodalanadi.
  
• 
  To'p va simli modellarning superpozitsiyasi ba'zan menteşeli model deb ataladi.
  
• 
  Yadro modeli - Ca-atomlarni bog'laydigan shartli chiziqlar tasvirlangan.
  

1. 
   RasMol bilan ishlashning asosiy tamoyillari
   

• 
  Ish ikki oynada amalga oshiriladi: grafik va buyruq.
  
• 
  Ishning har bir daqiqasida tanlangan atomlar to'plami mavjud.
  
• 
  Barcha harakatlar ushbu to'plam bilan amalga oshiriladi.
  
• 
  Har bir harakat buyruqlar oynasida kiritilgan buyruqqa mos keladi.
  
• 
  Buyruqlar oynasi faol bo'lganda buyruq klaviaturadan teriladi va
  

"Enter" tugmasini bosish bilan tugatiladi.