Tree viewers: TreeDyn
O'zingizning ketma-ketliklar to'plamini joylashtiring va dasturiy ta'minot sizning nomingizdan qaror qabul qilishiga ruxsat bering (Har bir qadam ma'lumotlaringiz uchun optimallashtirilgan) "Kengaytirilgan" Turli bosqichlar uchun parametrlarni qo'lda o'rnating "A la Carte" Mavjud bo'lgan ko'proq dasturlardan foydalanib, o'zingizning filogeniya ish oqimini yarating. 3 Qo'shnilaringiz ketma-ketligini o'rganing Bitta ketma-ketlikni joylashtiring, Blast-ni ishga tushiring va uning gomologik ketma-ketliklarini o'rganing. 3 Onlayn filogeniya dasturlari Ushbu serverda mavjud bo'lgan individual vositalarga to'g'ridan-to'g'ri kirish Bir nechta tekislash: filogeniya: MU5CLB PhyML T-Coffee '3D ClustalW BioNJ Рис. 5.9. Страница сервера Phylogeny.fr с указанным блоком программ, выполняющих построение филогенетических деревьев. ProbConsMrBayes _ Yakuniy natijadagi farq quriladigan daraxt turi bo'ladi. Masalan, TreeDyn dasturi ketma-ketlik bilan bog'liq qo'shimcha ma'lumotlardan foydalanadigan yaxshi daraxt vizualizatsiya vositasi: taksonomik tavsif, ma'lumotlar bazasi identifikatori, funksiya tavsifi va boshqalar. Ushbu dastur ildiz otgan daraxtni quradi va ketma-ketliklar orasidagi evolyutsion masofani hisobga oladi. TreeDyn dasturining natijasi 5.10-rasmda ko'rsatilgan.
■ sp_B2TX08_PDXK_SHlB3_Piridoksin
Men sp_Q3YZC3_PDXK_SHISS_Piridoksin
Men sp_P40192_PDXK_SALTY_Piridoksin
sp_Q57LS3_PDXK_SALCH_Piridoksin _
Men sp_Q7 VY K4_PDX K_BORPE_Pyi ridox ine
I tr_Q5H 1 84_Q5H 184_X ANOR.Pyridoksi
tr_Q89ZB9_Q89ZB9_BACTN_Pyridoxi
sp_P39610_PDXK_BACSU_Piridoksin
0,5
Guruch. 5.10. TNT dasturida amalga oshirilgan filogenetik rekonstruksiya asosida TreeDyn dasturi yordamida qurilgan filogenetik daraxt.
Drawgram dasturi evolyutsion masofalarni hisobga olmaydi. Ushbu dasturda filogenetik daraxtlarni qurish usuli kladistik yondashuvga asoslanadi. Ushbu dastur ildiz otgan daraxtni yaratadi va asosiy ketma-ketlik ma'lumotlarini beradi. Drawgram dasturining natijasi 5.11-rasmda ko'rsatilgan.
sp Р39610
tr Q89ZB9
tr Q5HI84
sp Q7VYK4
sp Q57LS3
sp P40192
sp Q3YZC3
sp B2TX08
a) b) Guruch. 5.11. TNT dasturida amalga oshirilgan filogenetik rekonstruksiya asosida Drawgram dasturi (a- kladogram, b) - fenogramma) yordamida qurilgan filogenetik daraxtlar .
DrawTree dasturi ildizi yo'q filogenetik daraxtni yaratadi, bu biz haqiqiy ajdodlar ketma-ketligini bilmasak, ayniqsa muhimdir. DrawTree dasturining natijasi 5.12-rasmda ko'rsatilgan.
Guruch. 5.12. TNT dasturida amalga oshirilgan filogenetik rekonstruksiya asosida DrawTree dasturi yordamida qurilgan filogenetik daraxt.
