L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Fayl eksporti

• 
  Jamoa
  

h:\rasmol\my.pdb-ni saqlang

• 
  PDB formatida tanlangan to'plam atomlarining koordinatalarini o'z ichiga olgan H:\rasmol katalogida "my.pdb" faylini yaratadi.
  
• 
  Grafik oynasining Eksport menyusidan joriy tasvirni saqlashingiz mumkin. Xuddi shu (GIF formatida) buyruq bilan amalga oshirilishi mumkin
  

h:\rasmol\picture.gif yozing

4. 
   Ssenariylar
   

Skript (ommaviy tilda skript) har bir satrda RasMol buyrug'ini o'z ichiga olgan matnli fayldir. Masalan, skriptning mazmuni quyidagicha bo'lishi mumkin:
h:\tmp\1xyz.pdb-ni yuklang
hech kimni cheklamang
*:a ni tanlang
moviy rang
orqa miya 50
*: b ni tanlang
rangi sariq
orqa miya 50
protein emas, balki tanlang
rangli cpk
cpc 100
hammasini belgilash
1.5. Jmol <sup>1



bitta</sup>http://mal-bioit.ru/jmol
Jmol - molekulalarning tuzilishini uch o'lchamda ko'rish uchun dastur. U o'quv maqsadlarida ham, ilmiy taqdimotlar va tadqiqotlar uchun ham qo'llaniladi.
jmol.sourceforge.net, wiki_eng, wiki_ru
Dastur Java tilida yozilgan. Ko'pincha veb- sahifaga applet sifatida joylashtirilgan . ­Ammo so'nggi yillarda barcha asosiy brauzerlarni ishlab chiquvchilari amalga oshira boshlagan xavfsizlik siyosatining kuchaytirilishi tufayli Jmolni applet sifatida ishlatish endi juda qiyin. Ushbu satr muallifi PaleMoon yordamida buni amalga oshirishdan oldin Firefox, Opera va Waterfox-da shunday appletlardan birini ishga tushirishga urinib ko'rdi va hech qanday natija bermadi.
Dastur bir necha usulda molekulalarning tasvirlarini yaratishga imkon beradi. Jmol ko'p sonli fayl formatlarini qo'llab-quvvatlaydi, jumladan:

• 
  Protein ma'lumotlar banki (.pdb)
  
• 
  Kristallografik ma'lumot fayli (.cif)
  
• 
  MDL Molfile (.mol)
  
• 
  Kimyoviy belgilash tili (.cml)
  
• 
  Kimyoviy fayl formati (.xyz)