L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Nazorat savollari va topshiriqlari

1. 
   Molekulalarning fazoviy tuzilmalarini vizuallashtirish uchun qanday dasturlarni bilasiz?
   
2. 
   Vizualizatsiya nima?
   
3. 
   Qanday protein tasvirlash modellari mavjud?
   
4. 
   RasMol dasturi bilan ishlashning asosiy tamoyillarini sanab bering?
   
5. 
   Proteinni vizualizatsiya qilish dasturlarida atomlar to'plamini qanday o'rnatish mumkin?
   
6. 
   Hozirgi vaqtda qanday dastur o'quv maqsadlarida ham, ilmiy taqdimotlar va tadqiqotlar uchun ham qo'llaniladi?
   
7. 
   Jmol qanday fayl formatlariga ega?
   

2. 
   Biologik makromolekulalarni dastlabki tuzilmalari asosida ingl. PyMOL yoki I-TASSER dasturlarida ishlash.
   
   1. 
      PyMol nima uchun?
      

• 
  Pdb va atomik koordinatali boshqa fayllarni vizuallashtirish
  
• 
  Yuqori sifatli tasvirlarni ishlab chiqarish
  
• 
  Dastlabki tuzilmani tahrirlash
  

Tizim talablari
Kompyuter: protsessor qanchalik kuchli va xotira qancha ko'p bo'lsa, shuncha yaxshi
3D monitor ixtiyoriy, lekin qo'llab-quvvatlanadi
Operatsion tizim : har qanday, Linux ostida uni o'rnatish osonroq va u xotira bilan yaxshi ishlaydi.
Qanday o'rnatish kerak?

• 
  Manbadan kompilyatsiya qilish: http://pymol.svn.sourceforge.net/
  
• 
  Ubuntu Linux-da ikkilik paketlarni o'rnatish: sudo apt-get install pymol
  
• 
  Windowsda binar paketlarni o'rnatish: • Python bilan o'rnatish uchun manba:
  

http://www.lfd.uci.edU/~gohlke/pythonlibs/#pymol • Kompilyatsiya ostida
Windows:
http://arcib.dowling.edu/~darakevn/installerpaper.pdf
PyMol GPL dasturimi?
Ha, PyMol bu GPL dasturi;

• 
  manba kodi sourceforge.net saytida mavjud
  
• 
  Windows uchun ikkilik paketlar pul turadi va sotiladi: http://pymol.org/academic.html
  
• 
  Linux uchun ikkilik paketlar konchilar tomonidan qurilgan.