L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Protonlarning qo'shilishi
Molekulalar bilan ishlaydi, ya'ni. ob'ektlar
reate gln, A/101/ h_add gln bilan
Yoki ob'ektning harakat menyusi orqali.
Agar protonlar noto'g'ri qo'shilishi ehtimoli bor
PyMol og'ir atomlarning valentligini noto'g'ri taxmin qildi.
Kosmosda superpozitsiya
Vazifa juda ahamiyatsiz va turli xil usullar mavjud:
Proteinlar : tekislash, super, moslash Boshqalar :
pair_fit
Istalgan ko'rsatish bog'liq atomlar ichida molekulalar pair_fit (trna10 va rezid 10:15 va nomi P), (ref4 va rezid 10:15 va nomi P)
Organik bo'laklarni qo'shish yoki a.k.

• 
  Fragment biriktiriladigan atomni tanlash uchun ctrl + o'rta tugmani bosing
  
• 
  Build menyusidan kerakli parchani tanlang
  
• 
  Ctrl+chap tugmalari yoki Yoki tugmalari bilan burilish burchagini tanlang
  
• 
  Molekulangizni yarating (ChemSketch)
  
• 
  saqlash < pymol_path >/data/chempy/fragments -dagi pkl kabi
  
• 
  editor.attach_fragment('pk1','mening_fragment_name',11,0) 11 xona atom ichida parcha uchun ulanishlar
  

Haykaltaroshlik, bu nima?
Bu real vaqt rejimidagi geometriya optimallashtiruvchisiga o'xshaydi, lekin u koordinatalarni o'zgartirganda bog'lanish uzunligini, burchaklarini, burilish burchaklarini saqlab qolishga harakat qiladigan algoritmdir.
Haykaltaroshlikni qanday boshlash kerak?
Sizda etarlicha kuchli kompyuter bormi? Keyin:

• 
  Sichqonchani tahrirlash rejimiga qo'yish
  
• 
  Sculpting menyusidan "avtomatik haykaltaroshlik" ni tanlang
  
• 
  Sehrgar menyusidan Sculpting ni tanlash
  
• 
  Modifikatsiyalar uchun markaziy atomni tanlash
  

Ctrl-o'rta tugmasini bosing

• 
  Atomni istalgan yo'nalishda harakatlantiring ctrl-chap tugmasini bosing-va-drag
  

7. 
   PyMol-da skript yaratish
   

Buyruqlardan skriptlar ham, Python da skriptlar ham mumkin. Buyruqlardan skriptlarni ishga tushirish:
@myfile.pml
Python skriptlarini ishga tushirish:
myfile.py ni ishga tushiring
Misol
1cll ni oling, async=0 chiziqlar sifatida, n. C+O+N+CA masshtablash i. 4+5 mset 1 x1440 mview pythonni x diapazonda saqlash(0,144): cmd.frame((10*x)+1) cmd.zoom( "n. CA va i. " + str(x) + "+" + str(x+1)) cmd.mview("do'kon")
Python end ramka 288 mview do'kon mview reinterpolate

Pymol ob'ektlari turli 3D dasturlarda ishlatilishi mumkin.