L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Animatsiyani saqlash
Eski usul:
ray_trace_frames, 1 mpng mymovie-ni o'rnating
Videoni kerakli siqish (kodek) bilan yig'ish uchun avidemux, Virtual Dub, mencoder dasturlari kerak.
Yangi yo'l: Fayl->Filmni saqlash ; bir kamchilik bor, eski ofis faqat ma'lum bir kodek bilan avi tushunadi.

6. 
   PyMolda modellashtirish va tahrirlash
   

• 
  Ob'ektlarni ko'chirishingiz va ularning yangi koordinatalarini saqlashingiz mumkin
  
• 
  Ikkilamchi tuzilmani hisoblashingiz mumkin
  
• 
  Siz alohida atomlarning koordinatalarini o'zgartirishingiz mumkin
  
• 
  Siz oqsilda mutatsiyalar qilishingiz mumkin (lekin NK emas)
  
• 
  L->D aminokislotalarini aylantira oladi
  
• 
  Siz protonlarni qo'shishingiz mumkin
  
• 
  Kosmosda molekulalarni tekislash mumkin
  

• 
  Siz kutubxonadan va o'zingizdan ba'zi qismlarni qo'shishingiz mumkin
  

Harakatlanuvchi ob'ektlar
Tavsiya etilgan harakat kursi:

• 
  retain_order # atomlarning tartibini saqlang
  
• 
  newobj yaratish, sele # yangi ob'ekt yaratish, sug'urta
  
• 
  tarjima [0,10,0], newobj # harakat
  
• 
  aylantirish x,90,newobj # aylantirish
  
• 
  newfile.pdb, newobjni saqlang
  

Harakat qilish va aylantirish amallarini tahrirlash rejimida sichqoncha yordamida bajarish mumkin
Alohida atomlar va jismlarning koordinatalarini o'zgartirish
alter_state 1,(pdb1cse),x=x-10.0 Yoki tarjima qiling
[0,10,0], A/100/NZ
Bog'larni olib tashlash, lekin atomlarni emas

• 
  Birinchi atomni tanlang, ctrl + o'rta cl ^ k, ikkinchi atomni tanlang, ctrl + o'rta bosing
  
• 
  Va ajratish yoki ctrl+D
  

Diqqat! Atomlarning koordinatalari o'zgarmaydi, faqat bog'lanish tasviri yo'qoladi
aminokislota mutatsiyasi

• 
  Wizard->mutagenesis-ni ishga tushiring
  
• 
  Mutatsiya uchun aminokislotalarni tanlang
  
• 
  O'ng tomonda, nimaga mutatsiya qilish kerakligini tanlang
  
• 
  Film boshqaruvi yordamida rotamerni tanlang
  
• 
  Apply bilan protsedurani yakunlang