L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Ba'zi buyruqlar

To'plamni qanday o'rnatish kerak

• 
  Bir atom:
  

Ser15:A.OG — A zanjirining 15-serinidan OG atomi

• 
  Berilgan qoldiqning barcha atomlari:
  

15: A
Qoldiqning barcha atomlari oralig'i: 10-28: A

• 
  A zanjirining barcha atomlari:
  

*:A

• 
  Barcha Ca atomlari:
  

*.CA
Hammasi:
hammasi

• 
  Hech narsa (bo'sh to'plam):
  

hech biri ("hech birini cheklash" grafik oynasini tozalaydi)

• 
  Barcha protein atomlari:
  

oqsil

• 
  Barcha suv atomlari:
  

suv

• 
  Barcha magistral atomlar (oqsil, DNK va RNK):
  

orqa miya

3. 
   To'plamlarni belgilash uchun mantiqiy operatorlar
   

• 
  Mantiqiy "yoki" (birlashma to'plami) - vergul yoki "yoki"
  

o 15:A,17:A,19:A - uchta qoldiqning barcha atomlari

• 
  Mantiqiy "va" (to'siq kesishma) - "va"
  

o ser va *:A - A zanjiridagi barcha serinlarning barcha atomlari

• 
  Mantiqiy "emas" (to'plamning to'ldiruvchisi) - "yo'q"
  

o oqsil emas - barcha protein bo'lmagan atomlar
Operator kombinatsiyasiga misollar

• 
  *:B va (*.CA,*.CB)
  
• 
  DNK va orqa miya emas
  
• 
  (leu,met,val,ile) va *: 1 va magistral
  
• 
  emas (oqsil, DNK, suv)
  

va h.k.
"ichida" operatori
Misollar:

• 
  ichida (4,5, DNK)
  

o DNK dan 4,5 A dan yaqinroq joylashgan barcha atomlar to'plami

• 
  ser va ichida (5.0, DNK va magistral)
  

o yadrodan 5 A dan yaqinroq joylashgan barcha serin atomlari to'plami
DNK

• 
  Buyruqlarni bajarish:
  

suvni tanlang va ichida(3.9,ser15:a.og)
cpc 200
grafik oynasida 200 diametrli sharlar ko'rinishida ushbu atomdan 3,9 A dan yaqinroq bo'lgan barcha suv atomlarini ko'rsatadi.
Mashq
Faraz qilaylik, RasMolda ochilgan PDB hujjatida oqsil, DNK fragmenti va suv molekulalaridan iborat strukturaning tavsifi mavjud.
Quyidagi buyruqlarni bajarsangiz qaysi to'plam tanlanadi?
protein yoki DNKni tanlang
oqsil va DNKni tanlang
suv emas, balki tanlang
ichida tanlang (3,5, uning)
ichida (3,5, uning) va suvni tanlang
Rang
Rang buyrug'idan keyin quyidagilar bo'lishi mumkin:

• 
  og'zaki belgilash ranglar (qizil, yashil, oq, qora, moviy, redoranj va boshqalar)
  
• 
  RGB tizimidagi rangning raqamli qiymati, masalan, [80,80,255]
  
• 
  "cpk" so'zi, atomlarning turiga qarab rang berishni anglatadi
  
• 
  "zanjir", "tuzilma", "model", "harorat"
  

Misol uchun, rang zanjiri har bir zanjirni boshqa rang bilan ranglaydi.