A. A. Ibragimov, V. U. Xo’jayev, O. M. Nazarov bioorganik kimyo
Yüklə 162,73 Kb. Pdf görüntüsü
|
|
Ikkilamchi
tuzilish - polipeptid zanjirdagi qo’shni aminokislotalarni fazoviy joylanishi. Peptidlardagi CO- va NH- guruhlari o’rtasida vodorod bog’lari bilan barqarorlashtirilgan fazoviy tartibli qismlar ikkilamchi tuzilish elementlari deb ataladi. Polipeptid zanjiri uchun ikkilamchi tuzilishni birinchi marta 1951 yilda L. Pauling va R.Corey tomonidan taklif etilgan bo’lib, ular polipeptid H 3 N C H R 1 C O O H 3 N C H R 2 C O O H 3 N C H R 1 C O N C H R 2 C O O H 2 O H + + 38 zanjiri ikki shaklda: -spiral va -burama qatlam tarzida mavjud bo’lishi lozim degan xulosaga keldilar. Bu bir necha yildan keyin tajribaviy tasdiqlandi. Hozirda ikkilamchi tuzilishni bir necha shakllari ma’lumdir. -piral - oqsillarda eng ko’p tarqalgan L-aminokislotalardan iborat polipeptid zanjirni spiral tuzilishidir(1-rasm). -Spiral yonma-yon joylashagn atomlarni novalent ta’sirlaridan tashqari polipeptid asosdagi va guruhlarni ichki molekulyar bog’lari hisobiga barqarorlashadi. Aminokislota qoldiqlarining radikallari spiral hosil qilgan tsilindrni tashqi tomonida qolib, aminokislota qoldiqlarini xususiyatiga ko’ra bu tsilindrni sirtiga gidrofob yoki gidrofil tabiatni beradi. -Spiral quyidagi geometrik parametrlarga(2-rasm) ega: radius nm; bir aminokislota qoldig’iga spiralni balandligi(siljishi) nm; -spiral ni qadami (o’xshashlik davri) nm; -spiral ni bir o’ramini 3.6 aminokislota qoldig’i hosil qiladi. -spiral ni har bir o’rami 3.6 aminokislota qoldig’idan iborat bo’lganligi uchun uni 3.6 13 -spiral deb nomlash mumkin. Vodorod bog’lari -spiral ni o’qiga paralleldir. Vodorod bog’i hosil qiladigan sikldagi atomlarni soni 13 ta, vodorod bog’i N-qoldiqni va (n+4) qoldiqni guruhi o’rtasida(5 1) hosil bo’ladi. Istalgan spiral kabi -spiral ham o’ng va chap tomonli bo’lishi mumkin. Oqsillarda faqat o’ng -spiral uchraydi. -Spiral oqsillarda ko’p uchraydi. Masalan, -keratin to’liq - spirallangan oqsil hisoblanadi, mioglobin va gemoglobinning 75%, qon zardobi albuminining esa 50 % ni tashkil etadi. -Spiral - -spiral ga qaraganda o’ng tomonga ko’proq buralgan spiraldir. Bu spiralda bir o’ramga 3 aminokislota qoldig’i va vodorod bog’i hosil qilgan siklda 10 ta atom bo’ladi. Vodorod bog’i N-qoldiqni guruhi va (n+3) qoldiqni guruhi o’rtasida hosil bo’ladi. 39 1-rasm. Polipeptid zanjirini -spiral konformasiyasini modeli. 2-rasm. Peptid zanjirini spiral konformasiyasini modeli. -Spiral da har bir o’ramga 4.4- aminokislota qoldig’i to’g’ri keladi va uning diametri -spiral ga qaraganda ancha kattadir. Vodorod bog’i hosil bo’lganda 16 atomdan iborat sikl hosil bo’ladi. - 40 spiral -spiral kabi ifodalanishi mumkin. Vodorod bog’ini N- qoldiq si va (n+5)- qoldiqni -guruhi hosil qiladilar. II -Spiral da har bir o’ramiga 4 aminokislota qoldig’i to’g’ri kelib, 14 atomdan iborat vodorod bog’ini siklini hosil qiladi. Vodorod bog’ini N-qoldiq si va (n+3)- qoldini -guruhi hosil qiladilar. Vodorodi bog’lari N-qoldiqni boshlang’ich -guruhi va ( n+3) qoldiqni oxirgi -guruhi bilan hosil bo’ladi. Kollagen spirali - faqat inson va hayvonot dunyosining yuqori rivojlangan vakillarida eng ko’p tarqalgan oqsil kollagen tarkibida uchraydi. Ular teri, suyak, tog’ay va paylarni asosini tashkil etadilar. Kollagenning polipeptid zanjiri bir o’ramiga 3 aminokislota qoldig’i to’g’ri keladigan singan chap tomonga aylangan spiral hosil qiladi. Spiral tarkibida ichki zanjir vodorod bog’lari yo’q, barqarorlanish zanjirlararo kovalent bog’lari va vodorod hamda gidrofob bog’lari hisobiga amalga oshadi. Polipeptid zanjirida taxminan 1000 ta aminokislota qoldig’i bo’lib, ga teng. Kollagen tarkibini o’ziga xos xususiyatlari : 1)tarkibni uchdani bir qismi- glitsin; 2)beshdan bir qismi - prolin va uni gidroksihosilalari; 3)qolgan aminokislotalar oz miqdorda mavjud bo’ladi; 4)siyrak aminokislota 5-gidroksilizinni borligi. -Burama qatlam keng cho’zilgan polipeptid zanjirlardan iborat bo’lib asosan ikki shaklda bo’ladi(3-rasm): 1) parallel - polipeptid zanjirlarni yo’nalishi bir xil; 2)antiparallel - polipeptid zanjirlarni yo’nalishi bir-biriga qarama- qarshi bo’ladi. 41 -Burama qatlam larni barqarorlanishi barcha peptid bog’lari ishtirok etadigan zanjirlararo vodorod bog’lari hisobiga amalga oshadi. -Burama qatlam larni o’ziga xos tomonlari: 1)zanjir to’liq cho’zilmaganligi natijasida yassi bo’lmasdan “gofrir” tuzilmani hosil qiladi; 2)vodorod bog’lari qatlamlar tekisligida yotadi; 3)R-guruhlar qator bilan navbatma-navbat tekislikni yuqori va quyi tomonlarida joylashadi; 4)antiparallel -burama qatlam bitta polipeptid zanjirdan, - qayilish hisobiga hosil bo’lishi mumkin. Ikkilamchi tuzilish birlamchi tuzilishga bog’liq ekanligini va aminokislotalarni spiral yoki -tuzilishni hosil qilish moyiligini quyidagi jadvaldan bilib olish mumkin: Spiral yoki -tuzilish hosil qilish xususiyati Spirallar -tuzilmalar Faol O’rtacha Kuchsiz Befarq Qarshilik ko’rsatuvchi Parchalovchi |