Buxoro amirligi Buxoro davlatining zaiflashib qolganligidan foydalangan Eron shohi Nodirshoh XVII asrning 30-40-yillarida Buxoro xonligiga yurish qiladi. Nodirshoh Buxoro xonligida katta mavqyega ega bo’lgan mang’it urug’idan chiqqan otaliq Muhammad Hakimbiy bilan shartnoma tuzadi va u Buxoro xonligining oliy hukmdori deb tan olinadi. Abulfayzxon amalda hokimiyatdan chetlatib qo’yiladi, Hakimbiy Buxoroning to’la vakolatli hokimi etib tayinlanadi. 1743 yilda Hakimbiy, uning o’g’li Muhammad Rahim Nodirshoh xizmatiga kiradi. Nodirshoh 1747 yilda vafot etgach, Muhammad Rahim hokimiyatni o’z qo’liga olishga kirishadi.
Buxoro xonligida katta nufuzga ega bo’lgan mang’it qabilasining vakili Muhammad Rahim 1747 yilda Abulfayzxonni, so’ngra rasman xon deb (soxta xon) e’lon qilingan uning o’g’illari Abdulmo’min va Ubaydullo sultonlarni o’ldirib, hokimiyatni o’z qo’liga oladi. Muhammad Rahim 1756 yilda taxtga o’tirib, o’zini Buxoro amiri deb e’lon qiladi va hokimiyatni mustaqil idora qiladi, Mang’itlar sulolasigaasos soladi. Shundan e’tiboran Buxoro xonligi Buxoro amirligi deb atala boshlandi. Amirlikda hokimiyat 1920 yilgacha Mang’itlar sulolasi qo’lida bo’ldi. Muhammad Rahim xukmronligini beklik-viloyatlardagi boshqa qavmlardan bo’lgan hokimlar tan olmadilar. Amir mang’itlarga tayanib hokimiyatni markazlashtirishga intildi. Barcha qabilalarning hukmdorlarini Buxoroga yig’ib, ulardan markaziy hokimiyatga bo’ysunishni talab qildi, aks holda qattiq jazolanishi haqida ogohlantirdi. Viloyatlardagi ko’pgina hokimlar, bebosh amaldorlar hokimiyatdan chetlashtirilib, yer-mulki tortib olinib boshqa joylarga ko’chirildi. Ular o’rniga amir qabiladoshlaridan tayinlandi.
Muhammad Rahim Buxoro minorasi yonidagi o’z qarorgohini maxsus qurdirgan Arkka ko’chirdi. O’zboshimcha beklarni Arkka chaqirib qattiq jazoladi. Tarqoqlikni bartaraf etish maqsadida ko’pgina bekliklarga - Samarqand, Jizzax, O’ratepa, Xisor, Boysun, Shahrisabzga qarshi qonli urushlar qildi, ko’pgina viloyatlar vayron bo’ldi. Muhammad Rahim Nurotada istiqomat qiluvchi burgut qabilasi qo’zg’olonini bostirib, ularning xarbiy istehkomlarini buzib tashlab, o’zlarini Buxoro tumaniga ko’chirdi. Miyonqal’a qipchoqlariga hujum qilib, istexkomlarini buzib tashlaydi, yo’lboshchilarini qatl etib, qolganlarini ko’chirib yuboradi.
Muhammad Rahim vafotidan keyin o’zaro urushlar yanada kuchaydi. Viloyat hukmdorlari mang’itlarning markaziy hokimiyatiga qarshi qo’zg’olonlar ko’tardi. Kenagas, yuz, baxrin, burgut, saroy qabilalarining qo’zg’olonlari, xokimiyatga o’tirgan Doniyolbiyning ularni bostirish uchun qilgan urushlari minglab odamlarning yostig’ini quritdi. Doniyolbiy qo’shinlar xarajati uchun qo’shimcha soliqlar joriy etib aholi noroziligini oshirdi. Buxoro hunarmandlari va tijorat ahli 1784 yilda qo’zg’olon ko’tardi. Qo’zg’olonni bostirish jarayonida minglab odamlar qurbon bo’ldi. Amir Ma’sum («begunoh amir») deb nom olgan Shohmurod (1785-1800 yillar) tarqoqlikka qarshi kurashni davom ettirdi. Amir Shohmurod boshqaruv tartibini o’zgartirish, amaldorlar tarkibini yangilash choralarini ko’rdi. Amir ikki yirik davlat arbobi - Davlat qushbegi bilan Nizomiddin qozikalonni saroy, qo’shin va boshqa sohadagi amaldorlar huzurida o’z qo’li bilan o’ldirdi. Soliqlarni tartibga soldi. Buxoro aholisiga tarxan yorlig’ini topshirdi. Unga binoan aholi savdo daromadidan boj to’lashdan, hunarmandlar pul yig’imidan, majburiy mehnat va soliqlardan ozod etildi. Shuningdek, xiroj, nikoh puli, tarozi haqi va boshqa yig’imlar miqdori kamaytirildi. Shohmurod davrida Buxoro amirligi nisbatan mustahkamlangan bo’lsada, o’zaro urushlar to’xtamadi. G’arbiy chegaralarda esa Xiva xoni qo’shinlari xujumga o’tar, ekinzor va bog’lar payhon qilinar, qishloqlar vayron bo’lar, odamlar va chorva mollar haydab ketilar edi.