II. Asosiy qisim 2.1. O‘simliklarda kasalliklar qo‘zg‘atadigan mikroorganizmlar sisitematikasi, morfologiyasi va ko‘payishi Sistematika (taksonomiya) deb mikroorganizmlarni ma’lum aniq belgilariga asoslanib, ularni qarindoshlik aloqalarini o‘rnatib guruhlarga (taksonlarga) bo‘linishiga aytiladi. Mikroorganizmlarning asosiy guruhlarini o‘rganishdan avval ularni nomenklaturalarga ajratish prinsiplarini yoritish maqsadga muvofiqdir. Nomenklatura deb biror bilim sohasida ishlatiladigan nomlar (atamalar) tizimiga aytiladi. Har qanday mikroorganizmlar ob’ektini nomlash va sinflarga ajratish uchun ularni nomenklatura tizimi va taksonomiyasi ob’ektlarini to‘la-to‘kis bilishni talab etadi.
Zamonaviy klassifikatsiya mikroorganizmlarni atroflicha o‘rganib, ularning barcha xususiyatlarini bilishni taqazo etadi. Mikroorganizmlarni sinflarga ajratish va nomlash uchun zarur bo‘lgan axborotni olish uchun har tomonlama ko‘rinishlari, mikrobning hamma tashqi va ichki tuzilishlarini, uni fiziologiya va bioximiyasini bilish muhimdir. Shuning uchun mikroorganizmlarining tashqi va ichki strukturalari, fiziologik va biokimyoviy xususiyatlarini, hamda mikroorganizmlarni tabiiy sharoitda yuzaga keltiradigan asosiy jarayonlarni bilish zarur bo‘lib, bunda ularning quyidagi xususiyatlari xaqidagi bilimlar asos qilib olinadi:
1. Shakli va o‘lchami;
2. Harakati (hivchinlarining bor - yo‘qligi va joylanishi);
3. Kapsulasining bor yo‘qligi;
4. Endospora hosil qilishi;
5. Gram usulida bo‘yalishi;
6. Modda almashinishinig o‘ziga xos tomonlari va energiya olish uslublari;
7. Energiya olishi;
8. O‘zi yashab turgan tashqi muhitni qanday qilib o‘zgartirishi va tashqi muhit uning yashashiga qanday qilib ta’sir etishi va uning hayot faoliyatini saqlab qolishi.
Mikrorganizmning yuqorida aytib o‘tilgan asosiy xususiyatlarini bilish na faqat nomenklaturasini va taksonomiyasini o‘rganishda ahamiyatga ega bo‘libgina qolmasdan, uning katta amaliy ahamiyati ham bor.
Mikrobiologiyaning rivojlanishi mikroorganizmlar tavsifini yanada chuqurroq bilishni talab etdi. Shu vaqtgacha fenotip xususiyatlari asosiy hisoblangan bo‘lsa, endi genotip xususiyatlarini ham o‘rganish kerak bo‘ldi va molekular biologiya erishgan yutuqlar bunga imkoniyat yaratdi. Bunda:
1) mikroorganizm nuklein kislotasining nukleotid tarkibi, purin va pirimidin asoslarining bir-birlariga bo‘lgan nisbati o‘rganiladi va shu asosda ikki guruh mikroorganizmlar farqlari aniqlanadi.
2) ikki guruhga mansub mikroorganizm nuklein kislotalarini bir- birlari bilan gibridlab, ular orasidagi nukleotidlar gomologiyasi (o‘xshashligi) o‘rganiladi. Agar, nuklein kislota tarkibi 80 - 90% gacha gomologiyaga ega bo‘lsa, o‘rganilayotgan mikroorganizmlar yaqin "qarindosh", gomologligi 50% dan kam bo‘lsa, mikroorganizmlar uzoq "qarindosh" hisoblanadi.
Mikroorganizm xususiyatlari aniq o‘rganilgandan so‘ng, unga K. Linney taklif qilgan binominal nomenklatura talabi kabi, ikki lotin atamasidan tashqil topgan ilmiy nom beriladi.