Note de curs

NOTE DE CURS

Viorel ORDEANU

Microbiologie generala si farmaceutica

- note de curs -
(note de curs pentru studentii anului II Facultatea de Farmacie, redactate cu si pentru studenti, sub coordonarea Dr. Viorel Ordeanu, CS 1)

In conformitate cu programa analitica a cursurilor pentru studentii anului II farmacie, anul universitar 2008-2009; adaptata pe baza experientei didactice personale, dupa Programa analitica a cursurilor si lucrarilor practice, Ministerul Educatiei si Cercetarii, Universitatea de Medicina si Farmacie “Carol Davila” Bucuresti, Editura Universitara “Carol Davila” Bucuresti, 2007, p. 5, 51, 52.

Aceste note de curs reprezinta un minimum acceptabil pentru promovarea examenului de microbiologie in sesiunea din 2010, un rezumat de cca. 200 de pagini, care poate fi completat, pentru note foarte bune, cu orice manual universitar de microbiologie, sau cu orice informatii de microbiologie farmaceutica publicate (tiparit sau internet) inclusiv Farmacopeea Romana editia X. Rectoratul UMF a aprobat postarea acestui curs e-book pe site: INFOFFB.WORDPRESS.COM.

Cu aceasta ocazie le multumesc studentilor mei (anul II farmacie, anul I asistenti farmacie, rezidenti farmacie anul II, specialisti la perfectionare) care au participat la activitatile Disciplinei de Microbiologie generala si farmaceutica (cursuri, lucrari practice si cerc studentesc) care au consemnat notiunile predate iar uneori le-au mixat si completat prin documentare personala cu alte notiuni care le-au parut interesante, astfel ca selectarea lucrarilor pentru fiecare din subiecte a fost oarecum aleatorie. Dar contributia studentilor a fost la fel de importanta, indiferent ca numele si textul lor apare sau nu in prezentul volum. Sper ca in afara de cultura generala de microbiologie medicala si de notiunile de baza de microbiologie farmaceutica, studentii mei au dobandit si o intelegere holistica asupra macroorganismelor si microorganismelor precum si a relatiilor complexe dintre ele, ca si-au format o baza pentru disciplina de Biotehnologie farmaceutica si ca vor intelege rolul si importanta controlului microbiologic asa cum este prevazut in legislatia sanitara si in FR X.

Curs 2010: 30 ore, 15 saptamani.

Scopul cursului: dobandirea unor notiuni de microbiologie (bacteriologie, virusologie, parazitologie, micologie si imunologie) necesare pentru formatia de farmacist; cunoasterea unor bacterii, virusuri, paraziti si ciuperci implicate in patologia infectioasa generala; la terminarea cursului, studentii sa posede notiunile teoretice legate de etiopatogenia microbiana si diagnosticul de laborator, notiuni de terapie si profilaxie.

Continutul cursului:

Microbiologie generala

Introducere in microbiologia medicala

Caracteristicile celulei procariote

Morfologie bacteriana

Fiziologie bacteriana

Antibiotice, chimioterapice, sulfamide; mecanisme de actiune si de rezistenta

Bacteriofagul – structura, cicluri de evolutie

Genetica bacteriana – variabilitatea

Patogenitatea bacteriana – factori si mecanisme de patogenitate

Bazele imunologiei

Imunitatea nespecifica

Imunitatea specifica

Antigenul

Anticorpi; definitie, structura, clase

Celule implicate in raspunsul imun umoral si celular; etapele raspunsului

Produse biologice de diagnostic, tratament si profilaxie

Starile de hipersensibilitate: I, II, III si IV

Microbiologie speciala

Infectii cu coci gram-pozitivi si gram-negativi

Infectii cu micobacterii

Infectii cu enterobacterii; caracteristici generale, sindroame

Infectii cu bacili gram-pozitivi aerobi si anaerobi

Infectii cu spirochete

Virusologie

Caracterele generale ale virusurilor

Infectia cu virusuri gripale, hepatitice si HIV

Parazitologie

Caracteristicile si clasificarea parazitilor

Paraziti unicelulari; protozoare

Paraziti pluricelulari; viermi plati si cilindrici

Micete: levuri si fungi; micotoxine
Evaluare (referat si/sau test grila din timpul semestrului)


Examenul de Microbiologie generala si farmaceutica

-sesiunea din vara (refaceri de lucrari practice, examen practic pe 09.06.2010, examen teoretic pe 11.07.2010);

-sesiunea din toamna (refaceri de lucrari practice, examen practic, examen teoretic), restante, reexaminari;

-sesiune prelungita, credite (refaceri de lucrari practice, examen practic, examen teoretic).

CUPRINSUL

Modul A. Microbiologie generala p.5

CURS 1 p.5

0. Introducere in microbiologia medicala p.5

1. Caracteristicile celulei procariote p.12

CURS 2 p.26

2. Morfologie bacteriana p.26

3. Fiziologie bacteriana p.34

CURS 3 p.47

4. Antibiotice, chimioterapice, sulfamide; mecanisme de actiune

si de rezistenta p.47

CURS 4 p.64

5. Bacteriofagul – structura, cicluri de evolutie p.64

6. Genetica bacteriana – variabilitatea p.66

CURS 5 p.69

7. Patogenitatea bacteriana – factori si mecanisme de patogenitate p.69

Modul B. Bazele imunologiei p.81

CURS 6 p.81

8. Imunitatea nespecifica p.81

9. Imunitatea specifica p.84

CURS 7 p.85

10.Antigenul p.85

11.Anticorpi; definitie, structura, clase p.86

CURS 8 p.91

12.Celule implicate in raspunsul imun umoral si celular;

etapele raspunsului p.91

13.Produse biologice de diagnostic, tratament si profilaxie p.98

14.Starile de hipersensibilitate: I, II, III si IV p.110

Modul C. Microbiologie speciala p.119

CURS 9 p.119

15.Infectii cu coci gram-pozitivi si gram-negativi p.119

CURS 10 p.141

16.Infectii cu micobacterii p.141

CURS 11 p.159

17.Infectii cu enterobacterii; caracteristici generale, sindroame p.159

CURS 12 p.171

18.Infectii cu bacili gram-pozitivi aerobi si anaerobi p.171

CURS 13 p.175

19.Infectii cu spirochete p.175

Modul D. Virusologie p.182

CURS 14 p.182

20.Caracterele generale ale virusurilor p.182

21.Infectia cu virusuri gripale, hepatitice si HIV p.186

Modul E. Parazitologie p.197

CURS 15 p.197

22.Caracteristicile si clasificarea parazitilor p.197

23.Paraziti unicelulari; protozoare p.200

24.Paraziti pluricelulari; viermi plati si cilindrici; entomologie p.201

25. Micete: levuri si fungi; micotoxine p.207

NOTA: planificarea este orientativa; conform uzantei, cursurile neefectuate din cauza vacantei sau a altor evenimente, se comaseaza cu urmatorul curs.


Modul A. Microbiologie generala
CURS 1

0. Introducere in microbiologia medicala

1. Caracteristicile celulei procariote

(Adam Andra, Albu Mihaela Alexandra, Universitatea de Medicina si Farmacie “Carol Davila” Facultatea de Farmacie An II grupa 1, 9.04.2009)

0. Introducere in microbiologia medicala

Obiectul microbiologiei. Microbiologia este stiinta care se ocupa cu studiul microorganismelor vii: bacterii, virusuri, ciuperci inferioare, alge unicelulare, protozoare etc., care din cauza dimensiunilor lor foarte mici nu pot fi vazute sau examinate cu ochiul liber, ci numai cu ajutorul microscopului. Exista sute de mii de specii care fac obiectul acestei stiinte, fiind incluse in toate regnurile: Monera, Protista, Micetalia, Vegetalia si Animalia.

In natura microorganismele sunt prezente pretutindeni: in aer, in apa, in sol, in alimente, si in organismul omului, animalelor si plantelor. Cele mai multe sunt inofensive pentru organismul uman, ba chiar unele specii sunt utile si sunt folosite in mod dirijat de catre om pentru diferite scopuri practice. Un numar redus de microorganisme sunt patogene, cca 720 de specii sau cca. 1.200 de specii (dupa diversi autori si/sau echipamente) determinand infectii la om sau animal, uneori deosebit de grave.

Ambele categorii de microorganisme, saprofite si patogene, in special bacterii si fungi, pot contamina medicamentele, mai ales pe acelea cre nu sunt supuse unei sterilizari finale. Daca preparatul prin compozitia sa si modul defectuos de conservare, permite multiplicarea microorganismelor, acestea ii pot degrada treptat toate principiile active; iar daca bacteriile contaminate sunt patogene, ele pot declansa la bolnavul caruia ii sunt administrate, o veritabila infectie.

Boala iatrogena o notiune realtiv noua aparuta in medicina, se refera la diferite complicatii, adesea de natura infectioasa care pot apare la bolnav, fiind provocate de actul medical (iatros=medic) si favorizate de numeroasele tehnici instrumentale utilizate in prezent, in scop de diagnostic sau tratament. Dar aceeasi notiune de boala iatrogena cuprinde de asemenea si infectiile aparute la bolnav dupa administrare de medicamente contaminate cat si efectele secundare determinate de componenta chimica a unor preparate farmaceutice, fapt pentru care J. Nitulescu (1972) propune termenul de boala farmacogena (boala determinata de medicament).

In conceptual microbiologiei farmaceutice moderne este absolut necesar sa se acorde o deosebita grija din punct de vedere al asepsiei pentru prepararea tuturor medicamentelor, indiferent de calea de administrare si sa fie pastrate in conditii corespunzatoare pana in momentul administrarii lor corecte.

Este evident ca nu se poate realiza o sterilizare perfecta a tuturor medicamentelor. In afara categoriilor de medicamente prevazute ca fiind obligatoriu sterile de catre Farmacopeea Romana a X-a din 1993 si suplimentele sale (actuala), pentru celelalte grupe de medicamente, farmacistul trebuie sa-si ia toate masurile necesare pentru a limita pe cat posibil contaminarea cu microorganisme a medicamentului, prin igiena riguroasa si tehnica adecvata de asepsie si antisepsie fiecarui grup de medicamente.

Istoricul microbiologiei. Desi microbiologia ca stiinta a aparut abia in a doua jumatate a secolului XIX, actiunea bacteriilor a fost intuita inca din antichitate, prin bolile contagioase pe care le determinau si prin epidemiile care omorau mii si milioane de oameni. Hippocrat (400 i.e.n), considerat “parintele medicinii”, a emis atunci ipoteza transmiterii bolilor contagioase prin “miasme morbide” (aer contaminat) sau ape poluate. Bazat pe fapte de observatie si o intuitie deosebita, Thucidide, istoric antic grec, a fost primul care a aratat ca persoanele care au trecut printr-o boala infectioasa devin rezistente la aceasta si pot ingriji, fara pericol de contaminare, bolnavii din timpul epidemiei respective. Chiar din antichitate s-au instituit primele reguli elementare de igiena individuala si colectiva, ba mai mult, la unele popoare: chinezi, indieni, turci etc. de asepsie si antisepsie era cunoscuta variolarizarea, metoda de vaccinare in variola, cu material patologic uman.

In evul mediu, boli grave ca: holera, ciuma, variola, evoluau sub forma unor epidemii intinse, producand mari pagube materiale si nenumarate pierderi de vieti omenesti; in acea perioada masurile sanitare erau complet insuficiente si de aceea evul mediu a fost denumit “istoria marilor epidemii”. In aceasta perioada, Fracastorius a emis ipoteza ca bolile infectioase s-ar datora unor “germeni vii si invizibili” care pot trece de la un organism infectat la unul sanatos. Desi aceasta ipoteza a fost justa, ea nu a putut fi confirmata decat o data cu descoperirea si descrierea microbilor. Acest lucru a fost posibil o data cu progresele din domeniul fizicii si construirea microscopului.

Primele studii asupra microbilor au fost facute intre anii 1674-1676 de catre Antonie van Leeuwenhoek (1632-1723), negustor olandez, care avand pasiunea slefuirii lentilelor si-a construit un microscop propriu cu putere de marire de aproximativ 150 de ori. Cu ajutorul acestor lentile el a studiat o serie de produse ca: apa de rau, infuzia de fan, urina, tartrul interdentar, in care a observat microorganisme de diferite forme (sfere, bastonase, spirili) care se miscau, cresteau si se inmulteau, sip e care le-a denumit “animalicule”. Desi rezultatele studiilor sale au fost comunicate Societatii Regale de Stiinta din Londra, in scopul de a servi progresului stiintific, ele au fost urmate de o apriga polemica asupra originii acestor microorganisme. Unii cercetatori si reprezentantii Bisericii sustineau ca aceste fiinte ca si insectele si animalele de talie ceva mai mare, iau nastere spontan din materie nevie.

In opozitie cu acestia, alti cercetatori, mai clar vazatori, considerau ca microorganismele, ca orice organism viu se nasc din materie organica vie, deci din alt organism viu. Astfel, sustinatorii primei ipoteze, denumita si teoria generatiei spontanee, considerau ca viata poate aparea oriunde, in mod spontan, de la sine. Ca exemplu, filozoful englez Ross, considera ca “mustele se nasc din carne stricata iar soarecii din apa Nilului”. Aceasta ipoteza complet gresita a fost combatuta de Lazarro Spalanzzani, matematician si naturalist italian, care a demonstrat experimental, ca un lichid supus fierberii si inchis ermetic se conserva indefinit, fara a permite dezvoltarea vreunui microorganism viu.

Intemeietorul microbiologiei ca stiinta este considerat insa, pe buna dreptate, Louis Pasteur (1822-1895). Chimist de profesie, el a fost solicitat de industriasii francezi sa studieze procesul tehnologic al industriei berii si vinului, care evolua uneori defectuos. La inceput, fermentatia a fost considerata ca un simplu proces chimic: prin fermentatie alcoolica, zaharul se transforma in cantitati aproximativ egale de alcool si bioxid de carbon.

Leeuwenhoek a evidentiat la microscopul sau, din lichidul de preparare a berii,o levura pe care a descris-o din punct de vedere morfologic, de dimesiunile unei hematii, dar nu a facut raportul cauzal intre prezenta ei si fermentatie.

Lavoisier, in anul 1789, a recunoscut pentru prima oara importanta levurii in declansarea fenomenului chimic al fermentatiei. Rolul esential al levurii in procesul fermentativ a fost insa demonstrat si studiat mai amplu de catre Cagniard Latour (1777-1859), care considera levurile organisme vii, de origine vegetala, fiind lipsite de mobilitate.

In aceeasi perioada, Pasteur a facut numeroase si aprofundate studii asupra fermentatiei lactice, butirice, acetice, alcoolice. El a aratat ca fiecare tip de fermentatie este determinat de un anumit tip de microorganism care este specific pentru fermentatia respectiva si ca modificarea randamentului sau a calitatii vinului a fost cauzata de patrunderea unor microoganisme straine, nedorite, in procesul fermentativ. El a demonstrat astfel, natura biologica si nespecifica a defectelor de fermentatie. Prin experientele sale din anii 1850, prin care a aratat eficienta sterilizarii pentru bacterii si fungi, forme vegetative si spori, el a combatut definitiv teoria generatiei spontanee. Studiind bolile viermilor de matase si apoi unele boli epidemice la om si la animale, el a ajuns la concluzia ca toate sunt determinate de microbi. Demonstrarea acestui adevar a avut drept urmare o dezvoltare vertiginoasa a microbiologiei in a doua jumatate a secolului XIX, descoperindu-se si studiindu-se numeroase bacterii, agenti etiologici ai celor mai variate boli contagioase. Astfel Pateur a descoperit streptococul, microbul febrei puerperale (1879), apoi stafilococul (1880), Clostridium septicum (1887), iar mai tarziu agentul cauzator al holerei gainilor.

Apoi se descopera pe rand si alte bacterii: gonococul (Neisser, 1879), bacilul tific (Eberth, 1880), bacilul coli (Escherich, 1882), bacilul pestei (Yersin, 1894), Treponema pallium (Schaudin, 1905) etc.

Tot in aceasta perioada Pasteur a observat ca o cultura microbiana care determina holera gainilor, prin invechire era incapabila sa mai produca boala, insa pasarile inoculate cu aceasta cultura deveneau rezistente, imune la o noua infectie. Prin aceasta mare descoperire, Pasteur a pus bazele stiintifice ale vaccinarii, demonstrand totodata ca proprietatile biologice ale microbilor nu sunt fixe, ele putand fi modificate sub influenta unor factori din mediul extern: caldura, uscaciune etc., bacteriile devenind inofensive si chiar folositoare pentru om. Pe baza acestei descoperiri el prepara vaccinurile: carbunos, rabic, holera gainilor, punand astfel in practica metoda imunizarii prin vaccinuri vii si atenuate, principiu deosebit de actual si in prezent.

Robert Koch, medic german (1843-1910), alaturi de Pasteur, a initiat infectia experimentala si a aratat conditiile necesare pentru reproducerea infectiei la animalul sensibil. Koch a descoperit bacilul tuberculozei (1882) facand totodata studii valoroase asupra infectiei tuberculoase. In anul 1883 a descoperit vibrionul holeric. Imaginand metoda cultivarii pe medii solide (ser de bou coagulat) el a obtinut pentru prima oara culturi microbiene in stare pura.

Cunoscand studiile lui Pasteur asupra bacteriilor, Joseph Lister (1827-1912) chirurg englez, aplica pentru prima oara in chirurgie, un antiseptic, apa fenolata (fenol 1-5%), pentru a preveni contaminarea post-operatorie a plagilor chirurgicale. Acest lucru a constituit un deosebit progres deoarece in acea perioada infectiile insoteau inevitabil orice act operator; amputatiile si interventiile pe abdomen erau practice imposibile, iar in maternitati, mortalitatea femeilor prin infectii puerperale era de circa 25%.

In 1892 Dimitrie Ivanovski (1867-1920) a demosnstrat o alta forma a materiei vii, aceea a virusurilor filtrabile, pe care le pune in evidenta in mozaicul tutunului, punand astfel bazele virusologiei (numita initial inframicrobiologie).

Ilia Mecinikov (1845-1916), cercetator rus, a descoperit rolul fagocitelor in procesul de aparare naturala antiinfectioasa a organismului, creind astfel primele notiuni de imunologie (imunitate celulara).

Roux si Yersin in anul 1888 au pus in evidenta la unele bacterii prezenta de exotoxine iar in 1890 Behring si Kitasato au demonstrat valoarea serului imun (seruri terapeutice) in tratamentul infectiilor toxigene: tetanos, difterie etc.

De asemenea, J. Bordet, Pfeiffer si Isaeff, Ehrlich, Durham, Grabar si altii au aratat rolul factorilor umorali in imunitate; s-au elaborat primele teorii asupra formarii anticorpilor si s-au studiat reactiile antigen-anticorp.

Twort (1915) si d’Herelle (1917) au decoperit bacteriofagii, virusuri care paraziteaza in mod specific bacteriile si care au aplicare in studiile de epidemiologie.

Dupa ce in anul 1909 Ehrlich a preparat primii compusi arsenicali utilizati cu succes in tratamentul sifilisului, in 1935, Gerhard Domagk a sintetizat o sulfamida (crisoidin-sulfamida sau prontozilul rosu), primul chimioterapic valoros cu actiune antimicrobiana selectiva.

In anul 1928 Alexander Fleming a descoperit penicilina, primul antibiotic de biosinteza (natural), care a fost experimentat si purificat de catre Florey si Chain, fiind pus in pratica abia in anul 1941, cu rezultate excelente. Decoperirea penicilinei, produs netoxic si cu activitate selectiva asupra bacteriilor, a modificat mult evolutia si terapeutica bolilor infecto-contagioase, deschizand era descoperirii unor noi antibiotice.

In epoca contemporana s-au facut cercetari aprofundate asupra structurii celulei bacteriene cu ajutorul microscopiei electronice, apoi studii detailate de biochimie si genetica bacteriana, care au elucidat unele mecanisme ale actiunii antibioticelor asupra bacteriilor.

In dezvoltarea microbiologiei au avut o contributie importanta si numeorsi cercetatori romani.

Victor Babes (1854-1926) este fondatorul microbiologiei romanesti. Impreuna cu Victor Cornil a scris primul tratat de bacteriologie din lume. El a descoperit peste 40 de microorganisme patogene (babesii). A studiat antagonismul bacterian si antibioza, fiind primul cercetator dupa Pasteur care a intuit importanta acestui antagonism pentru terapeutica medicala si a prevazut posibilitatea prepararii cu ajutorul microorganismelor a unor substante cu actiune antimicrobiana, antibioticele. Babes a fost primul care a studiat posibilitatea imunizarii pasive, cu ser provenit de la animale vaccinate, introducand pentru prima oara la noi in tara, seroterapia in difterie. Are o importanta contributie in studiul rabiei.

Ion Cantacuzino (1863-1934) este intemeietorul scolii romanesti de microbiologie si tot el a infiintat “Institutul de Seruri si Vaccinuri” de la Bucuresti dupa modelul Institutului Pasteur din Paris (actualul Institut National de Cercetare-Dezvoltare pentru Microbiologie si Imunologie “Cantacuzino”, care face parte din reteaua Institutelor Pasteur). El a studiat holera, febra tifoida, scarlatina si tuberculoza, tara noastra fiind a doua din lume, care, la indemnul lui a folosit vaccinul BCG, in profilaxia tuberculozei.

Constantin Levaditi (1874-1953), elev al lui Babes si Mecinikov, are peste 750 de lucrari de bacteriologie (in special in sifilis) apoi in imunologie, chimioterapie si virologie.

Dimitrie Combiescu (1887-1961) si Constantin Ionescu- Mihaesti (1883-1962) au adus contributii valoroase la studiul diferitelor infectii: rickettsioze, poliomielita, tuberculoza. Mihai Ciuca (1883-1968), are lucrari importante in domeniul bacteriofagiei, salmonelozelor, difteriei si al malariei, contribuind la eradicarea ei. Alexandru Slatineanu (1873- 1939), a fost profesor la Iasi; a studiat epidemiologia tifosului exantematic, malaria, febra tifoida, tuberculoza, lepra. Petre Condrea (1888-1967), a adus contributii originale in domeniul imunologiei generale si la prepararea anatoxinelor (difterica si tetanica).

Obiectul si subdiviziunile microbiologiei

Microbiologia este o stiinta complexa care studiaza numeroase grupe de microorganisme microscopice: bacterii, virusuri, ciuperci inferioare, protozoare, si modul cum intervin acestea in diferite procese de fermentatie, de descompunere sau de sinteza in natura sau modul cum determina diferite infectii la om, animale, micete si plante.

In prezent, microbiologia si-a imbogatit si si-a largit considerabil continutul prin crearea unor noi stiinte ca : imunologia, biochimia bacteriana, citologia si genetica microbiana ceea ce a permis studii fundamentale valoroase in ceea ce priveste fenomenul de ereditate si variabilitate a microorganismelor cu importante aplicatii in practica medicala, de ex. preparare de noi vaccinuri.

Noile industrii biotehnologice, bazate pe procese fermentative, in special acelea care urmaresc producerea prin biosinteza de : antibiotice, vitamine si alte medicamente de origine microbiana, sunt deosebit de importante pentru industria farmaceutica. Interesand deopotriva biologia, medicina, farmacia, industria, agronomia, zootehnia, microbiologia are un vast camp de activitate cu numeroase aplicatii practice in fiecare din sectoarele amintite.

Microbiologia medicala: se ocupa cu studiul microorganismelor care determina la om infectii locale sau generale (boli infectioase transmisibile). Ea este o stiinta complexa care cuprinde urmatoarele subdiviziuni: bacteriologia = studiul bacteriilor, virologia = studiul virusurilor, micologia = studiul ciupercilor inferioare, protozoologia = studiul protozoarelor, fiind o ramura a parazitologiei etc.

Microbiologia veterinara cuprinde aceleasi subdiviziuni, ocupandu-se in special d microorganismele patogene pentru diverse specii animale domestice sau salbatice.