Kəllə qutusuna görə yaş və cinsin təyin edilməsi Tədqiq edilən kəllələrin cinsinin müəyyən edilməsi kranoloji tədqiqatların əsas sahələrindən biridir. Əldə edilən kəllə qutularının cinsinin müəyyən edilməsi qadın və kişi orqanlarının dəyişkənliyinin ümumi problemlərin morfoloji tədqiqi zamanı mühüm önəm daşıyır. Həmçinin antropoloqlar cinsləri müəyyən etmək üçün arxeoloq və tarixçilərə xeyli kömək göstərirlər. Məsələn: Sarmat qəbilələrində qadınlar da kişilər kimi silahla birgə dəfn edilirlər. Bu zaman həmçinin şəxsin cinsinin müəyyən edilməsi qədim xalqların ictimai quruluşunun müəyyən edilməsiə imkan yaratdı. Antropoloqlar tərəfindən müəyyən edilmiş qaydaya görə cinslərin müəyyən edilməsi üçün çanaq sümüyü daha yaxşı vasitədir. Belə ki, qadın çanaq sümüyü daha enlidir. Lakin təcrübə göstərmişdir ki, kəllə qutusu ilə müqayisədə daha tez çürüyür. Kəllə qutusuna əsasən cinslərin müəyyən edilməsi adətən nisbi xarakter daşıyır. Belə ki, üst paleolitdə formalaşmaqda olan insane tipləri sonrakı dövr əhalisindən bir çox əlamətlərinin böyüklüyü ilə seçilirdi. Ona görə də bəzən üst paleolit dövrü qadının kəllə qutuları Neolit dövrünün küşülərinin ölçülərinə uyğun gəlir. Kişi və qadın kəllə qutularının arasındakı morfoloji fərqlilik aşağıdakılardır.
Tapıntılar içərisində kişi kəllələri daha çox olmuş və ölçüləri daha böyükdür. Lakin bu fərqlilik özünü kəlləqutusundan cox sifət ölçülərində göstərir. Belə ki baş göstəricisi eyni olan kişi və qadın kəllələrinin cinsini sifət göstəricisi ilə müəyyən etmək mümkündür. Qadının sifətinin uzunluğu, eni kişilərə nisbətən daha kiçik olur.
Kişikəllələrinin sümüklərdə qadınlardakına nisbətən relief daha qabarıq görünür. Əzələlərin sifətə bitişmə nöqtələri kişilərdə daha aydın seçilir. Qadınların almacıq sümük qövsləri kişilərdən daha incədir. Lakin qaşüstü qövs sümüklərini və bunun oturacaqları daha qabarıq seçilir.
Qadın kəllələrində alın və ənsə daha qabarıqdır.
Kişi kəllə qutusuna nisbətən qadınlarda alın maililiyi daha zəifdir.
Kişilərdə alın-burun bucağı qadınlara nisbətən daha aydın görünür.
Qadınların göz çuxurları daha iri və nazikdir.
Kişilərin alt çənəsi qadınlara nisbətən iri, daha geniş bucaqlı və şaqulidir.
Kişilərin dişləri daha iri, azı dişlərinin kökü daha böyükdür. Dəfn adətləri bəlli olduqda antropoloqlar həmçinin etnoqrafik biliklərə müraciət edirlər. Məsələn: Qədim türklərdə mərhumun ayaqları şərqə, başı qərbə doğru basdırılırdı. Qadınlar sol, kişilər isə sağ çiyin üstə dəfn edilirdi. Uşaqlarda fərqlilik daha az nəzərə çarpır.Həm də cinslərə nisbətən yaşın müəyyən edilməsi də az önəm daşımır.
Kəllə qutularına görə yaşın müəyyən edilməsi daha yaşlı fərdlərin az tapıldığı xalqlarda morfoloji quruluşun öyrənilməsinə imkan verir.
Yaş həddinin müəyyyən edilməsi 1 çox tarixi məsələlərin, ailələrin yaş tərkibinin və toplumların demoqrafik durumu tətbiq etməyə imkan verir. Ən böyük problem isə fizioloji yaşla təqvim yaşı arasında olan ziddiyətdir. Yaş müəyyən edilməsi üçün antropoloqlar kəllə qutularındakı naxışlarda dişlərin mina qatının durumundan və ayrı-ayrı dişlərin çıxıb çıxmamasından müəyyən edilir.
Alt kəsici dişləri 6-8 aylıqda, daimi alt dişlər isə 6-8 yaşda, üst kəsici süd dişləri 7-9 ayında, daimi üst kəsici dişlər 7-9 yaşda, süd köpək 20-ci ayda, daimi köpək dişləri isə 10-12 yaşda,ilk alt azı dişi 9-12 yaşda, üst ilk azı dişi 11-13 yaşda meydana çıxır. Azərbaycanlılarda ağıl dişi isə 17-21 yaşda meydana çıxır. Adətən 3-cü azı dişinin yaranması ilə əmgək sümüyünün bitişməsi başa çatır. 2 yaşında olan kəllənin qulaq hissələrində qığırdaq formalaşır. 7-14 yaşda isə 24 diş çıxmış olur. Kəllədə naxışların yaranması 5 ballıq sistemlə ölçülür.