Madrasa - o`rta va oliy o`quv yurti hisoblanib, ularga maktablarni tugatganlar qabul qilinib, madrasa ta`limi 7-12 yil davom etgan. Buxoro xonligi hududida XVII asrda 150 dan ortiq madrasa bo`lgan. Madrasada arab, fors tilidagi kitoblar o`qitilgan, ularni mudarris turkiy tilda sharhlab bergan. O`qish fors tilidagi "Avvali ilm" o`quv qo`llanmasini o`zlashtirishdan boshlangan, keyin arab tili grammatikasi o`qitilgan, fiqh (huquq) kursi majburiy hisoblangan.
Ilm-fan ravnaqiga diniy mutaassiblik, xalqdan diniy aqidalarga so`zsiz itoat etish talabi salbiy ta`sir etdi, biroq ilm to`xtab qolmadi. Mahmud ibn Vali 1636 yil "Baxrul-asror"(Sirlar dengizi) asarini yozgan, unda Samarqand va Buxorolik 20 nafar olim haqida ma`lumot berilgan. XVII asrda Mir Arab madrasasi mudarrisi Muhammad Sharif Buxoriy(1609-1697) falsafa, tasavvuf, tarix, fiqh, tilshunoslik, astranomiya sohasida 20 dan ortiq asarlar yozgan. Uning "Xoqonga foydali maslahatlar" kitobida shariat qonun-qoidalari, ijtimoiy hayot va axloqiy muammolarga oid hamda hukmdorlarga oid ma`lumotlar o`z ifodasini topgan.
Subhonqulixondavrida tibbiyot ilmi rivojlanib, uning tashabbusi bilan Buxoroda "Dor ush-shifo" (shifoxona) qurilib, bemorlar davolangan, tibbiyotga ixtisoslashgan madrasa qurilib, shifokorlar tayyorlangan. Uning tibbiyotga oid kitoblar jamlangan nodir kutubxonasi bo`lgan. Subhonqulixon "Subhoniy tibbiyoti bo`yicha davolash" va astronomiyaga oid "Baxtli soatni aniqlashda oy manzillarining mohiyati" nomli kitoblar yozgan.
Tarixnavislik. XVII-XVIII asr 1-yarmida Buxoro tarixiga doir qator asarlar yaratildi. Tarixchi va geograf olim Mahmud ibn Vali Movarounnahr va Xuroson tarixi, mamlakatlar, shaharlar, okean va dengizlar, hayvonot olami haqida "Oliyjanob insonlar jasorati xususida sirlar dengizi" ("Baxrul-asror")degan asar yozgan. Muhammad Yusuf Munshiy "Tarixi Muqimxoniy", Muhammad Amin Buxoriy "Ubaydullanoma", Muhammad Zamon Buxoriy "Tarixlar dengizi", Abdurahmon Tole "Abulfayzxon tarixi" degan asarlar yozdi.
