Selektsiya jarayoni boshlang’ich materialni tanlash va tayyorlashdan boshlanadi. Selektsiya ishining boshlanishida boshlang’ich material qanchalik to’g’ri tanlansa, shunchalik oson va tez muddatda maqsadga erishish mumkin. Akademik N.I.Vavilov “Selektsiya ishining muvaffaqiyatlari hammadan ko’ra ko’proq boshlang’ich materialni tanlashga bog’liqdir”, deb ko’rsatgan edi. Boshlang’ich materialdeb, selektsiyada yangi navlar yaratish uchun qo’llaniladigan madaniy va yovvoyi o’simliklarga aytiladi. Selektsiyada foydalaniladigan boshlang’ich materiallar asosan 3 kategoriyaga bo’linadi:
1. Tabiatda tayyor holda mavjud bo’lgan o’simliklar; 2. Duragaylash yo’li bilan yetishtirilgan o’simliklar; 3. Sun’iy mutagenez, poliploidiya va boshqa usullar bilan olingan o’simliklar. Tabiatda tayyor bo’lgan o’simliklardan selektsiyada keng foydalanish uchun o’simliklar sistematikasi, ekologiyasi va geografiyasini chuqur bilish lozim. Hozirgi zamon selektsiyasi uchun boshlang’ich materiallar 4 guruhga bo’linadi:
tabiiy populyatsiyalar;
duragay populyatsiyalar;
o’zidan changlangan (intsux) – liniyalar;
sun’iy mutatsiyalar va poliploid shakllar.
O’simliklarning yovvoyi holda o’sadigan xillari, ekinlarning mahalliy va o’simliklarning VIRdagi jahon kollektsiyasi namunalari tabiiy populyatsiyalar deb aytiladi. Duragaylash natijasida paydo bo’lgan o’zaro erkin chatishadigan, lekin bir biridan irsiy belgilari bilan farq qiladigan o’simliklar guruhi duragay populyatsiyalar deb aytiladi. Ular ikki xil bo’ladi: bir botanik turga mansub bo’lgan nav va shakllardan chatishtirib olingan tur ichida duragay populyatsiyalar; boshqa botanik tur yoki turkumlarga mansub bo’lgan ekinlardan chatishtirib olingan turlararo va turkumlararo duragay populyatsiyalar. O’zidan changlangan (intsuxt) – liniyalar deb chetdan changlanadigan o’simlikni ko’p marta majburan o’zidan changlantirib olingan bir o’simlikning nasliga aytiladi. Geterozisli duragaylar yaratishda yaxshi intsuxt-liniyalar tanlab olinib, o’zaro yoki navlar bilan chatishtiriladi. Natijada hosil qilingan duragay urug’lar ekilgan yili hosildorlik keskin oshadi. Shuning uchun intsuxt-liniyalar duragaylarining urug’ini har yili yetishtirish kerak. Sun’iy mutatsiya va poliploid shakllar deb, o’simliklarga radiatsiyaning har xil turlari, maxsus murakkab ximiyaviy moddalar, harorat va boshqa omillar bilan ta’sir etib yaratilgan boshlang’ich materialga aytiladi. Selektsiyaning rivojlanish tarixida turli boshlang’ich material ahamiyati turlichadir. Tabiiy populyatsiyalar ko’p asrlar davomida selektsiya uchun yagona boshlang’ich material bo’lib kelgan. Genetika fani paydo bo’lishi va rivojlanishi natijasida selektsiyada duragaylashni qo’llash nazariy jihatdan asoslab berildi. Mutantlar va poliploid shakllar selektsiya uchun yangi boshlang’ich material bo’lib, ko’pchilik ekinlar sohasida yaxshi natijalar bermoqda. Masalan, genetik olim Nabijon Nazirov g’o’za selektsiyasida radiatsiyadan foydalanishning istiqbollari katta ekanligini 1977 yildayoq yozgan edi. Oxirgi yillarda shu usul bilan yaratilgan boshlang’ich material asosida g’o’za va boshqa ekinlarning ko’p miqdorda yuqori hosilli, chidamli, yaxshi sifatli navlari yaratilmoqda. Tabiiy populyatsiyalar va ekinlarning mahalliy navlari hozirgi zamon selektsiyasining talabini to’la qondira olmaydi, chunki ular mahalliy sharoitlarga ekologik jihatdan yaxshi moslashsada, yangi navlarda bo’lishi zarur hisoblangan hamma sifatlarga ega emas. Ekinlarning talabga to’la javob beradigan navlarini yaratish uchun selektsiyada chet mamlakatlardan yoki boshqa qit’alardan keltirilgan dastlabki materialdan ham foydalanish kerak. Bir qator mamlakatlar dehqonchiligining tajribalari boshqa davlatlardan keltirilgan navlardan foydalanish katta ahamiyatga ega ekanligini yaqqol ko’rsatib turibdi. Masalan, AQSh va Kanadada bug’doy, arpa, javdar, xashaki ekinlar va mevali daraxtlar yaxshi navlarining juda ko’pligi Rossiyadan, Hindiston va G’arbiy Yevropadan olingan boshlang’ich materialdan foydalanish natijasidir. AQShning qurg’oqchilik rayonlarida ekiladigan bug’doyning hamma navlari Hamdo’stlik mamlakatlari janubiy cho’l rayonlari negizida, jumladan, O’rta Osiyo mamlakatlari navlari negizida yaratilgan. AQSh, Kanada va Argentinada Yevropadan, Hindistondan va Xitoydan keltirilgan navlar asosida kuzgi va bahori bug’doyning ajoyib navlari yaratilgan. I.V.Michurin selektsionerlar ichida birinchi bo’lib, o’simlik-larning geografik jihatdan uzoq shakllarini duragaylashga katta e’tibor berdi. U shu yo’l bilan mevali o’simliklarning ko’p qimmatbaho navlarini yaratdi. AQSh, Kanada, Shvetsiya, Frantsiya, Hindiston, Yaponiya kabi mamlakatlarda ekinlarning yuqori hosil beradigan, kasalliklarga chidamli, mahsulotining sifati yaxshi, boshqa muhim belgi va xususiyatlari bilan mashhur bo’lgan selektsion navlar ko’pdir. Ulardan selektsiyada, ayniqsa duragaylash yo’li bilan boshlang’ich material yaratishda foydalanish muhim ahamiyatga ega. Ba’zi chetdan keltirilgan navlar ko’pchilik tuproq-iqlim sharoitlarida rayonlashtirilib, keng maydonlarga ekilgan va ekilmoqda. Masalan, bug’doyning Sete-tserros-66 navi Meksikadan, arpaning Dea, kartoshkaning Volьtman va Berlixingen navlari Germaniyadan, Rannyaya roza Amerikadan keltirilib, to’g’ridan-to’g’ri ekilib, ulardan ko’p yillar davomida yuqori sifatli hosil olinib kelingan. G’o’za, kartoshka, arpa kabi ekinlarning respublikamizda tarqalgan qimmatli navlarni yaratishda chetdan keltirilgan navlar katta ahamiyatga ega. Masalan, kartoshkaning intensiv tipidagi Zarafshon navini yaratishda Germaniya (GDR) va CHilidan keltirilgan navlardan foydalanilgan edi. Selektsiya ishida o’simliklarning yovvoyi tur va xillari ham boshlang’ich material sifatida muhim manba hisoblanadi, chunki ularning ichida qurg’oqchilikka, sovuqqa, qishga, tuproq sho’riga, kasallik va zararkunandalarga o’ta chidamliligi, mahsulot sifati bo’yicha ajralib turadiganlari bor. O’simliklarning yovvoyi xillaridan bug’doy, arpa, g’o’za, kartoshka va boshqa ekinlar selektsiyasida keng foydalanilmoqda.
Akademik N.V. Sitsin bug’doy bilan unga yaqin bo’lgan yovvoyi o’t - bug’doyiqni chatishtirib, noqulay sharoitlarga chidamli, hosildor, doni sifatli, belgi va xususiyatlari yaxshi saqlanadigan bug’doy-bug’doyiq duragay navlarini (PPG-nomli) yaratishga muyassar bo’ldi. Akademik S.Miraxmedov g’o’zani yovvoyi xillaridan, jumladan, Meksika yarim yovvoyi g’o’zasidan foydalanib (uni S-4727 nav bilan takroriy chatishtirib), tezpishar va viltga chidamli Toshkent-1 navini yaratdi. Kartoshkaning yovvoyi turlaridan foydalanib, tezpishar, bir yilda ikki hosil beradigan, virus kasalliklariga, rak, fitoftora, nematadalar, kolorado qo’ng’iziga, har qanday noqulay sharoitlarga chidamli, tarkibida ko’p miqdorda kraxmal, oqsil, vitaminlar saqlaydigan, intensiv tipidagi navlar yaratilmoqda. Bu sohada S.M.Bukasov, A.Ya.Kameraz, P.I.Alsmik va boshqa selektsioner olimlarning xizmatlari katta.
Turlarinng kelib chiqish markazlarini ko’plab olimlar tomonidan o’rganilgan. Akademik N.I.Vavilov 1926 yilda yer yuzidagi o’simliklarning nav boyliklarini o’rganish natijasida ekinlarning kelib chiqish markazlari to’g’risidagi ta’limotni (qonunni) yaratdi. U yer yuzida o’simliklar kelib chiqishning asosan 7 ta markazi borligini aniqladi:
N. Vavilov klassifikatsiyasi: