L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Nazorat savollari va topshiriqlari

1. 
   Dinamik dasturlash usulining kamchiliklari nimada?
   
2. 
   Dinamik dasturlash usulida hisoblash vaqtini nima qisqartiradi?
   
3. 
   Needleman-Wunsch va Smit-Waterman usullari o'rtasidagi farq nima?
   
4. 
   Dinamik dasturlash matritsasining F(i, j) katakchalarini to‘ldirish algoritmi qanday ?
   
5. 
   BLOSUM62 aminokislotalarni almashtirish matritsasi va belgilangan bo'shliq jazosi d □ 8 dan foydalanib, Needleman-Wunsch usulidan foydalanib , ikkita bo'lakning global moslashuvini tuzing (va uning ballini (vaznini) hisoblang): YFPHFDLS YFEHFRELQD
   
6. 
   Mahalliy moslashtirish algoritmi va global moslashtirish algoritmi o'rtasidagi ikkita farq nima?
   
7. 
   ^ -tuple nima ?
   
8. 
   Hizalanishning ahamiyatini baholash uchun qanday uchta statistik ma'lumotlardan foydalaniladi?
   
9. 
   Ko'p tekislash nima deb ataladi?
   
10. 
    ClustalW qanday bir nechta tekislash izohidan foydalanadi?
    
11. 
    Hizalama profili nima?
    
12. 
    PSI-BLAST ning tekislash profillariga nisbatan afzalligi nimada?
    
13. 
    Qanday jarayon Markov deb ataladi?
    
14. 
    Yashirin Markov modellarining afzalligi nimada?
    
15. 
    Yashirin Markov modeli doirasida tizimning har bir holatida pozitsiyaga xos ehtimollik jadvallari yordamida qanday ikkita tanlov amalga oshiriladi?
    

IV BOB. EUKARIOT ORGANIZMLAR GEN STRUKTURALARINI BASHORAT QILISH

1. 
   Genetik ma'lumotlarni uzatish. Prokaryotlar va eukariotlar genomlari.
   
   1. 
      Genlarni tahlil qilish muammolari
      

Organizmlarning to'liq genomlarini muvaffaqiyatli ketma-ketlashtirish dastlab genomda kodlangan biologik makromolekulalar tuzilishi va funktsiyalari to'g'risida to'g'ridan-to'g'ri ma'lumot olish uchun organizmlar xromosomalarining nukleotidlar ketma-ketligini aniqlash etarli ekanligi haqidagi illyuziyani keltirib chiqardi. Haqiqat ancha kamroq optimistik bo'lib chiqdi. Biologik ketma-ketlikni aniqlashning o'zi hal qilinishi kerak bo'lgan muammolarning "aysbergning uchi" bo'lib chiqdi, shunda mavjud ketma-ketlik natijalari ma'lum makromolekulalarning biologik ma'nosi haqidagi savollarga tushunarli javoblarga va tavsiyalarga aylantirilishi mumkin edi. Yangi mahsulotlarni ishlab chiqarish uchun ushbu ketma-ketliklardan bioma'lumotlardan sanoat foydalanish bo'yicha. .
Bitta proteinni kodlaydigan ma'lum bir genomda mavjud bo'lgan ma'lum bir genni ko'rib chiqing. Faqat prokaryotik genomlarning eng oddiy holatida bu gen bitta DNK segmentining nukleotidlari ketma-ketligidir. Eukariotlarda genlarning aksariyati DNK molekulasining turli hududlarida "tarqalgan" va bu genning tuzilishi va genomdagi lokalizatsiyasini aniqlash noaniq vazifadir.
DNK ketma-ketligi oqsil ketma-ketligi bilan to'g'ri keladi. Genetik material ikki zanjirli DNK bilan ifodalangan turlarda genlar har qanday zanjirda joylashishi mumkin.
Bakterial genlar DNKning uzluksiz uzilishlaridir. Shunday qilib, bakteriyalardagi genetik axborotning funksional birligi N aminokislotalar ketma-ketligini kodlaydigan 3N nukleotidlar ketma-ketligi yoki N qoldiqning strukturaviy RNK molekulasini (masalan, ribosomali) kodlovchi N nukleotidlar ketma-ketligidir. Bunday izohli ketma-ketlik genetik ketma-ketlik arxivlaridan birining odatiy yozuvi sifatida saqlanishi mumkin.
Eukariotlarda alohida oqsillarning aminokislotalar ketma-ketligini kodlovchi nukleotidlar ketma-ketligi ancha murakkab tarzda tashkil etilgan . Genning kattaligi va unda kodlangan oqsil o'rtasida bakteriyalarga qaraganda butunlay boshqacha munosabat mavjud. Ko'pincha bitta gen genomik DNKning alohida segmentlari sifatida ifodalanadi.
Ekson - bu ribosoma oqsilga aylanadigan messenjer RNKda saqlanadigan DNK segmenti. Intron DNKning ikki ekzon orasidagi oraliq qismidir. Hujayra mexanizmlari RNK transkriptlaridagi ma'lum segmentlarni ekzonlarni yonboshlab turadigan signal ketma-ketligiga asoslangan holda birlashtiradi. Ko'pgina intronlar juda uzun - ekzonlarga qaraganda ancha uzun.