Ekoloji auditin əsas məqsədi təsərrüfat subyektinin təbiətdən istifadə və ətraf mühitin mühafizasi sahəsindəki fəaliyyəti, təbiəti mühafizə qanunlarının tələblərinin yerinə yetiril məsinin qiymətləndirilməsi haqqında dəqiq məlumatların əldə edilməsidir. Ekoloji audit menecmentlə sıx əlaqədə olur. Çünki o, idaraetmə instrumenti kimi təşkilat rəhbərinə ekoloji sahədəki vəziyyət haqqında dəqiq məlumat verir. Ekoloji audit təşkilatın idarəetmə fəaliyyətində bir sıra funksiyaları həyata keçirir:
ətraf mühitin vəziyyətinin qiymətləndirilməsi;
təşkilatın fəaliyyətinin qanunvericiliyin tələblərinə uyğunluğunun qiymətləndirilməsi;
ekoloji risklərin qiymətləndirilməsi;
restrukturizasiya zamanı təşkilatın ekoloji vəziyyətinin qiymətləndirilməsi;
ekoloji xərclər və ziyanların qiymətləndirilməsi;
enerji və resurslara qənaət edən tədbirlər proqramının qiymətləndirilməsi;
müəssisənin ekoloji menecment sisteminin normativ tələblərə uyğunluğunun qiymətdirilməsi;
şirkətlərin təbiəti mühafizə faəliyyətlərinin maliyya göstəricilərinin araşdırılması zamanı.
Ekoloji audit müəssisənin, onun ərazisinin və infrastrukturunun ekoloji təhlükəsizliyini qiymətləndirməyə imkan verir. Ekoauditin keçirilməsi müəssisəyə ekoloji təmiz məhsullar istehsal etməyə şərait yaradır. Ekoaudit müəssisənin ekoloji vəziyyətinin obyektiv qiymətləndirilməsinə, normadan kənaraçıxmaların müəyyənləşdirilməsinə və müəssisənin təbiəti mühafiza fəaliyyətini yaxşılaşdırmağa kömək edir. Ekoloji audit həm də ictimai təşkilatlara müəssisənin fəaliyyətində təbii sistemlərə qarşı risk faktorlarının olmadığını nümayiş etdirir.