Organisms as Persisters

Literature cited
Benson, Keith R. 1989. “Biology’s ‘Phoenix’: Historical Perspectives on the Importance of the Organ-
ism.” American Zoologist 29 (3): 1067–1074.
Booth, Austin. 2014. “Symbiosis, Selection and Individuality.” Biology and Philosophy 29 (5): 657–673.
Bordenstein, Seth R., and Kevin R. Theis. 2015. “Host Biology in Light of the Microbiome: Ten
Principles of Holobionts and Hologenomes.” PLOS Biology https://doi.org/10.1371/journal.pbio.
1002226.
Bouchard, Frédéric, and Phillppe Huneman. 2013. From Groups to Individuals: Evolution and Emerg-
ing Individuality. Cambridge, MA: MIT Press.
Clarke, Ellen, and Samir Okasha. 2013. “Species and Organisms: What Are the Problems?” In From
Groups to Individuals: Evolution and Emerging Individuality, edited by Frédéric Bouchard and
Philippe Huneman, 55–76. Cambridge, MA: MIT Press.
Dawkins, Richard. 2002. The Extended Phenotype. Oxford: Oxford University Press.
Demarest, Boris, and Charles T. Wolfe. 2017. “The Organism as Reality or as Fiction: Buffon
and Beyond.” History and Philosophy of the Life Sciences 39 (1): 2. https://doi.org/10.1007/
s40656–016–0128–8.
Dennett, Daniel C. 2017. “Darwin and the Overdue Demise of Essentialism.” In How Biology Shapes
Philosophy: New Foundations for Naturalism, edited by David Livingstone Smith, 9–22. Cam-
bridge: Cambridge University Press.
Doolittle, W. Ford, and Austin Booth. 2017. “It’s the Song not the Singer: an Exploration of Holo-
biosis and Evolutionary Theory.” Biology and Philosophy 32 (1): 5–24.
Douglas, Angela R., and John H. Werren. 2015. “Holes in the Hologenome: Why Host-Microbe
Symbioses are not Holobionts.” mBio 7 (2): e02099–15.
Dunn, Casey. W., and Günter P. Wagner. 2006. “The Evolution of Colony-level Development in the
Siphonophora (Cnidaria:Hydrozoa).” Development Genes and Evolution 216: 743–754
Gardner, Andy, and Alan Grafen. 2009. “Capturing the Superorganism: a Formal Theory of Group
Adaptation.” Journal of Evolutionary Biology 22 (4): 659–671.
Godfrey-Smith, Peter. 2013. “Darwinian Individuals.” In From Groups to Individuals: Evolution and
Emerging Individuality, edited by Frédéric Bouchard and Philippe Huneman, 17–36. Cambridge,
MA: MIT Press.
Gillooly, James F., Chen Hou, and Michael Kaspari. 2010. “Eusocial Insects as Superorganisms: In-
sights from Metabolic Theory.” Communicative and Integrative Biology 3 (4): 260–262.
Haber, Matthew. 2013. “Colonies are Individuals: Revisiting the Superorganism Revival.” In From
Groups to Individuals: Evolution and Emerging Individuality, edited by Frédéric Bouchard and

open access - ptpbio.org

---

smith: organisms as persisters
14
Philippe Huneman, 195–218. Cambridge, MA: MIT Press.
Hamilton, Andrew, Nathan R. Smith, and Matthew. H. Haber. 2009. “Social Insects and the Indi-
viduality Thesis: Cohesion and the Colony as a Selectable Individual.” In Organization of Insect
Societies: From Genome to Sociocomplexity, edited by Jürgen Gadau and Jennifer Fewell, 572–589.
Cambridge, MA: Harvard University Press.
Hölldobler, Bert, and Edward O. Wilson. 2009. The Superorganism: The Beauty, Elegance, and Strange-
ness of Insect Societies. New York: W. W. Norton.
Huneman, Philippe, and Charles T. Wolfe. 2010. “The Concept of Organism: Historical, Philosophi-
cal, Scientific Perspectives.” History and Philosophy of the Life Sciences 32: 147–154.
Jablonka, Eva, and Marion J. Lamb. 2005. Evolution in Four Dimensions: Genetic, Epigenetic, Behav-
ioral, and Symbolic Variation in the History of Life. Cambridge, MA: MIT Press.
Kitcher, Phillip S. 2001. “Batting the Undead: How (and How Not) to Resist Genetic Determinism.”
In Thinking About Evolution: Historical, Philosophical, and Political Perspectives, edited by Rama S.
Singh, Costas B. Krimbas, Diane B. Paul, and John Beatty, 396–414. Cambridge: Cambridge
University Press.
Laubichler, Manfred D. 2010. “Evolutionary Developmental Biology Offers a Significant Challenge
to the Neo-Darwinian Paradigm.” In Contemporary Debates in Philosophy of Biology, edited by
Francisco L. Ayala and Robert Arp, 199–212. Malden, MA: Wiley-Blackwell.
Laubichler, Manfred D. 2000. “Symposium ‘The Organism in Philosophical Focus’—An Introduc-
tion.” Philosophy of Science 67: S256–S259.
Lewontin, Richard. C. 1991. Biology as Ideology. New York: Harper.
Leitão-Gonçalves, Ricardo, Zita Carvalho-Santos, Ana P. Francisco, Gabriela T. Fioreze, Margarida
Anjos, Célia Baltazar, Ana P. Elias, Pavel M. Itskov, Matthew D. W. Piper, and Carlo Ribeiro.
2017. “Commensal Bacteria and Essential Amino Acids Control Food Choice Behavior and Re-
production.” PLOS Biology 15 (4): e2000862.
Margulis, Lynn. 1991. “Symbiogenesis and Symbionticism.” In Symbiosis as a Source of Evolutionary