O‘zbekiston respublikasi o liy ta’lim, fan va innovatsiyalar vazirligi qarshi davlat universiteti qo‘lyozma huquqida udk



Yüklə 8,4 Mb.
səhifə11/48
tarix30.11.2023
ölçüsü8,4 Mb.
#170110
1   ...   7   8   9   10   11   12   13   14   ...   48
02 11 2023 Jabborova Dissertatsiya qayta ko\'rilgan

DNKni tozalash. Elektroforez natijasidan hosil bo’lgan kerakli fragmentlarni skalpel yordamida geldan kesib olindi va 1.5 mkl eppindorf probirkaga joylashtirildi. DNKni geldan ajratib olishda ishlab chiqaruvchi ko’rsatmalariga amal qilgan holda, «Sileks M» (Rossiya, Moskva) tomonidan ishlab chiqarilgan reaktivlar to’plamidan foydalanildi.
Sekvenirlash – DNKning nukleotidlar ketma-ketligini aniqlash - Geldan tozalangan PZR mahsulotlarini sekvenirlashga berishda, geldan tozalangan DNK konsetrasiyalari o’lchandi hamda PZR ga qo’yilgan praymerlar yordamida sekvensga berildi.
Sekvensdan olingan ma’lumotlarning xatoliklarini to’g’rilash maqsadida to’g’ri va teskari praymerlar yordamida o’qitilgan sekvenes natijalarni FASTA-formatga aylantirildi. Keyin ikkita xromatografiya natijalarini birlashtirish uchun «Clustal X version 1.81» [127; Р.211-212.] dasturi yordamida amalga oshirildi. «Gendoc version 2. 5.000» [McCarthy; URL: www. cris. com.] dasturi yordamida keraksiz nukleotidlar olib tashlanadi. Nexus-formatga o’tkazish uchun «ForCon version 1.0 for Windows» [154; Р.10-12.] dasturidan foydalanildi.
Filogenetik aloqalari. Filogenetik daraxt tuzish uchun sekvenezdan olingan mollyuska nukleotidlarning ketma-ketliklari va xalqaro biotexnologik ma’lumotlar markazi ba’zasidan (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) olingan DNK ketma-ketliklaridan foydalanildi va bu ketma-ketliklar Genius prime dasturi vositasida qo’lda tahrir qilindi, konsensus ketma-ketliklari Mega X hisoblash dasturi yordamida hisoblab chiqildi. Ushbu dasturdan olingan dastlabki ma’lumotlar va GenBank ma’lumotlar ba’zasidan olingan qo’shimcha ketma-ketliklar standart sozlamalardan foydalangan holda MAFFT v.7 onlayn dasturida va Clustal Omega 1.2.2 dasturi yordamida taqqoslandi va Genius prime dasturida tahrir qilindi. Olingan ITS sohasiga mansub nukleotidlar ketma-ketliklari maksimal (maximum likelihood-ML) filogenetik daraxti 1000 ta takrorlash bilan amalga oshirilgan ultra tez yuklash orqali IQ-TREE 1.6.12 versiyasida aniqlanib, tahlillar CIPRES Science Gateway V 3.3 da bajarildi. Olingan filogenetik daraxt iTOL v6.6 dasturida tahlil qilindi va tahrirlandi.


Yüklə 8,4 Mb.

Dostları ilə paylaş:
1   ...   7   8   9   10   11   12   13   14   ...   48




Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©azkurs.org 2024
rəhbərliyinə müraciət

gir | qeydiyyatdan keç
    Ana səhifə


yükləyin