Bioinformatika fanining rivojlanish tarixi

Oqsil ketma-ketliklari bazalari (UniProt).
UniProt - bu oqsillar ketma-ketligi va funktsional ma‘lumotlarning erkin kirishi
mumkin bo‘lgan ma‘lumotlar bazasi bo‘lib, ularning ko‘plari genomni tartiblash
loyihalaridan olinadi Unda tadqiqotlar natijasida olingan oqsillarning
biologik funktsiyasi haqida juda ko‘p ma‘lumotlar mavjud. Uni bir nechta
Yevropa bioinformatika tashkilotlari va Vashington, Kolumbiya okrugi (AQSh)
dan tashkil topgan UniProt konsorsiumi qo‘llab- quvvatlaydi. UniProt keng
doirada boshqa bazalar bilan hamkorlikda ish olib boradi. Saytning yaratilishi Shveytsariya-PROT tomonidan 1986 yilga borib taqaladi.
Uning UniProt tarzida to‘liq ishga tushirilishi 2003 yil dekabr oyida sodir
bo‘lgan. UniProt Inson Genomini o‘rganish Milliy Instituti, Milliy Sog‘liqni
Saqlash Institutlari (NIH), Yevropa Komissiyasi, Shveytsariya Federal
Hukumati Ta‘lim va Ilmiy Federal Xizmati, NCI-caBIG va AQSh Mudofaa
Vazirligi tomonidan moliyalashtiriladi. UniProt to‘rtta asosiy ma‘lumotlar
bazasini taqdim etadi:
1. UniProtKB (Swiss-Prot qismlari bilan)
2. UniProtKB (TrEMBL-qismlari bilan)
3. UniParc
4. UniRef.
UniProt bilimlar bazasi (UniProtKB) - bu proteinlar bazasi bo‘lib, ikki
qismdan iborat: UniProtKB / Swiss-Prot (ko‘rib chiqilgan, qo‘lda izohlangan
ma‘lumotlarni o‘z ichiga olgan) va UniProtKB / TrEMBL (ko‘rib chiqilmagan,
avtomatik izohlangan ma‘lumotlarni o‘z ichiga olgan). 2014 yil 19 mart holatiga
ko‘ra UniProtKB / Swiss-Protda 193,019,802 aminokislotalar va UniProtKB /
TrEMBLda 17,207,833 aminokislotalar ketma-ketligi ma‘lumoti mavjud.
UniProtKB / Swiss-Prot - bu qo‘lda izohlangan, ortiqcha bo‘lmagan
proteinlar ketma-ketligining ma‘lumotlar bazasi. Bu ilmiy adabiyotlar va
olingan ma‘lumotlarni birlashtiradi va tahlil qiladi. UniProtKB / Swiss-Protning
maqsadi ma‘lum bir protein haqida barcha ma‘lum ma‘lumotlarni taqdim etish
va oqsillar ketma-ketligi va ilmiy adabiyotlarning batafsil tahlilini o‘z ichiga
oladi.
UniProtKB / TrEMBL - avtomatik izoh bilan boyitilgan yuqori sifatli
hisoblash, tahlil ma‘lumotlarini o‘z ichiga oladi. U genom loyihalari natijasida
olingan ma‘lumotlar oqimining ko‘payishiga javoban joriy qilingan, chunki
UniProtKB / Shveytsariya-Protning vaqt va mehnat sarf qiladigan qo‘l
yozuvlaridan ko‘ra EMBL-Bank / GenBank / DDBJ nukleotidlar ketma-ketlik
ma‘lumotlar bazasidagi kodlangan ketma-ket tarjimalarini avtomatik ravishda
qayta ishlalaydi.
UniProt Archive (UniParc) - bu oqsillar ketma-ketligining asosiy,
hamma uchun ochiq bo‘lgan to‘liq ma‘lumotlar bazasi. Bazada proteinlarning
bir necha xil turini topish mumkin. Oqsilning har bir ketma-ketligiga barqaror
va noyob identifikator (UPI) va proteinni turli xil manbalar bazalarida aniqlash
imkonini beradi. Bundan tashqari ma‘lumotlar bazasidagi protein ketmaketliklari o‘zgarganda, bu o‘zgarishlar UniParc tomonidan kuzatiladi va barcha
o‘zgarishlar tarixi arxivlanadi.
UniProt Referents Klasterlari (UniRef) - yuqoridagi UniProtKB (SwissProt qismlari bilan), UniProtKB (TrEMBL-qismlari bilan) va UniParcda mavjud
xususiy va umumiy oqsillar ketma-ketligi yagona UniRef yozuviga birlashtiradi.