Bioinformatika fanining rivojlanish tarixi

Oqsil ketma-ketliklari bazalari (SWISS-PROT).
Genom loyihalaridan ketma-ket ma‘lumotlar bazalariga suiis^jrot ma‘lumotlar oqimi oshib borishi sababli ma‘lumotlar bazasini izohlashda bir qator qiyinchiliklarga duch kelinmoqda. SWISS-PROTda yuqori sifatli ketma-ketlik va izohlarning saqlanishi bu kabi muammolarning yechimini topish imkonini beradi.
SWISS-PROT - 1987 yilda Jeneva Universitetining Tibbiy biokimyo bo‘limida yaratilgan. U Yevropa molekulyar biologiya laboratoriyasi (EMBL) va Shveytsariya Bioinformatika Instituti (SIB) o‘rtasida teng huquqli sheriklik asosida birgalikdagi sa‘y-harakatlari bilan ish yuritadi. Hozirgi vaqtda SWISSPROT 31 ta turli xil ma‘lumotlar bazalari bilan bog‘langan va bio-molekulyar ma‘lumotlar almashinib turadi. Hozirgi vaqtda (1999 yil oktyabr holatiga ko‘ra)
SWISS-PROT ~ 81 000 ketma-ket yozuvlarni o‘z ichiga oladi, bunda ~ 65 000 ta ma‘lumotlardan olingan 30 million aminokislotalar haqida ma‘lumotlar mavjud.
SWISS-PROT ma‘lumotlar bazasidagi oqsillar ketma-ketligi boshqa ma‘lumotlar bazasidan uchta aniq mezon bilan ajratib turadi: (I) aniq izohlar,(II) minimal ma‘lumotlar va (III) boshqa ma‘lumotlar bazalari bilan to‘laqonli integratsiya. SWISS-PROT-da ma‘lumotlarning ikki sinfini ajratish mumkin:
asosiy ma‘lumotlar va izohlar. Har bir ketma-ketlik uchun asosiy ma‘lumotlar
ketma-ketlik ma‘lumotlaridan iborat; iqtibos ma‘lumotlari (bibliografik
havolalar) va taksonomik ma‘lumotlar (oqsilning biologik manbasi tavsifi), izoh
esa quyidagi elementlarning tavsifidan iborat:
• Oqsilning funktsiyalari
Post-translational modifikatsiyalar, masalan, uglevodlar, fosforillanish,
atsetilatsiya, GPI-langar va boshqalar.
• Domenlar va saytlar. Masalan, kaltsiyni bog‘laydigan mintaqalar, ATPulanish joylari, sink barmoqlari, gomeobokslar, CH2 va CH3 domenlari va boshqalar.
• Ikkilamchi tuzilish. Masalan, alfa spiral, beta zanjir va boshqalar.
To‘rtlamchi tuzilish. Masalan, homodimer, heterotrimer va boshqalar.
• Boshqa oqsillarga o‘xshashliklar
• Oqsil yetishmovchiligi bilan bog‘liq kasalliklar
• Tarkibiy nizolar, variantlar va boshqalar.
Odam proteomikasi bo’yicha loyiha (HPI)-Bir necha oy ichida bir qator
sekvens markazlari va kompaniyalarining birgalikdagi sa‘y-harakatlari inson
genomlari ketma-ketligining birinchi loyihasini ishlab chiqishdi. Bunday urinish
insonning biologik jarayonlarini tushunishda juda muhim qadamdir. Bu loyihani
amalga oshirishda ko‘pgina muammolar mavjud. Jumladan, barcha kodlash
hududlarini genom ketma-ketligi bo‘yicha aniqlash murakkabdir. Hozirgi
algoritmlar juda kuchli bo‘lishiga qaramay, barcha ekzonlarni aniq aniqlashga
qodir emas, turli xil variantlarni ajratish uchun yaxshi jihozlanmagan va mayda
oqsillarni aniqlay olmaydilar va bunday oqsillar ko‘pgina biologik jarayonlar
uchun hal qiluvchi rol o‘ynaydi. Bir marta ribosomalarda sintez qilingan oqsillar
ko‘p sonli o‘zgartirish bosqichlariga duchor bo‘ladi. Ushbu barcha
modifikatsiyalar tufayli xilma-xillik yuqori daraja bilan murakkablashmoqda.