Elmi–tədqiqat üsullarının strukturu və mərhələləri Elmi bilik elmi–tədqiqat prosesi sayəsində qazanılır. Tədqiqat işləri bilik istehsalının əsas hərəkətverici qüvvəsidir. Bu baxımdan elmi–tədqiqat fəaliyyəti strukturunun yaxından öyrənilməsi önəmlidir. Elmi–tədqiqat fəaliyyətinin əsas təşkiledicisinə subyekt, obyekt və vasitə daxildir. Bu halda “subyekt–obyekt” adlanan qnoseoloji sistem konkretləşərək bu formanı alır: “tədqiqatçı–tədqiqat vasitəsi–tədqiqat obyekti”. Müasir cəmiyyətdə subyekt bir–bir ilə qarşılıqlı əlaqədə olan üç müstəvidə mövcuddur. Birinci müstəvidə subyekt kimi, elmi işi kollektiv işin tərkib hissəsi olmayan fərd (tədqiqatçı, alim) fəaliyyət göstərir. İkinci müstəvidə elmi idrakın subyekti kimi kollektiv çıxış edir. Burada fərdi biliklərin inteqrasiyası “yığcam alim” (laboraoriya, institut, akademiya və s.) rolunu oynayır. Sonuncu, üçüncü mərhələdə elmi idrakın subyekti kimi bütöv bir cəmiyyət çıxış edir. Bu halda ön plana elmin sosial təşkili və onun müxtəlif sosial–iqtisadi strukturlardakı xüsusiyyətləri üzə çıxarılır. Beləliklə, qeyd olunan müstəvilər fərdi və kollektiv dialektikanı elmi idrakın subyektində göstərməyə imkan verir. Bu hər üç müstəvi elmdə təqdim olunur və hər birinin öz əhəmiyyəti var.
Elmi fəaliyyətin obyekti tədqiqatçının aktiv maddi–praktiki və nəzəri fəaliyyəti zamanı meydana gəlir. Reallığın bir parçasının elmin obyektinə çevrilməsi üçün ona fiziki təsir göstərilir, məsələn, fiziki–praktiki sınaq zamanı. Reallığın nəzəri təfəkkürün obyektinə çevrilməsi üçün isə onu elmi abstraksiya üsullarının köməyi ilə ideal obyektə “çevirirlər”. Buradan “elmin predmeti” anlayışının yaradılması zərurəti meydana gəlib. Eyni bir obyekt bir çox elm sahələrinin predmetinə çevrilə bilər, məsələn insan onlarca elm sahələrində (təbiət elmləri, sosial–humanitar elmlər) tədqiqat obyekti kimi öyrənilmişdir. Eyni misalı dil, texnika üçün də çəkmək olar. Gələcəkdə verilən obyekt haqqında, müxtəlif elm sahələrindən əldə edilən biliklərin sistemli yanaşma üsulunun köməyi ilə birləşdirilməsi sayəsində ümumi nəzəriyyənin və eyni zamanda yeni fənnin yaradılmasına ehtiyac duyula bilər. Başqa bir hal da mümkündür: elmin predmeti mövcud bir çox obyektlərin məlum parametrlərini müəyyən münasibətdə əks etdirir. Məsələn, kimya elminin predmeti – müxtəlif maddələrin tərkibinin və quruluşunun dəyişilməsi ilə müşaiyət olunan çevrilməni əhatə edir; fiziologiyanın predmeti – müxtəlif canlı orqanizmlərin funksiyalarını (boyu, çoxalması, nəfəsalması və s.), onların ətraf mühitə uyğunlaşmasını, mənşəyini və evolyusiya ərəfəsində inkişafını öyrənir. Elmi fəaliyyətin vasitələrinə material–texniki cihazlar, alətlər, avadanlıqlar və s., həmçinin dil vasitələri – ümumi və elmi dil daxildir. Onu da qeyd etmək lazımdır ki, son zamanlar texniki inkişaf sayəsində elmi–tədqiqatın bütün vasitələrinin yeniləşməsi nəzərə çarpır. Prinsipial məqam kimi, kompyüter və elmi işçilərin təkcə verilənlər bazalarına daxil olmaq imkanı yox, həmçinin ekspert dairələrində nəticələrin müzakirəsinə imkan verən və beynəlxalq məlumat məkanında yerləşdirilməsinə şərait yaradan internetin tədqiqat işlərinin tərkib hissəsi olması danılmazdır. Elmi fəaliyyətin araşdırılan komponentləri onun strukturunu açdığı halda, fəaliyyətin struktur analizi elmi–tədqiqatın mərhələlərini aydınlaşdırmağa xidmət edir. Ümumi şəkildə aşağıdakı mərhələləri qeyd etmək olar:
- Problemin qoyuluşu;
- Tədqiqat obyektinin seçilməsi;
- Eksperiment;
- Eksperimentdə alınan faktlarn təsviri və izahı;
- Hipotezin (nəzəriyyənin) yaradılması;
- Əldə olunan biliyin yoxlanılması.
O da aydındr ki, tədqiqat işlərinin mərhələləri tətbiq olunan təbiət, riyaziyyat və ya sosial–humanitar elmlərin xüsusiyyətlərindən asılı olaraq dəyişilir.
Metodologiyada elmi bilik və öyrədici fəaliyyətdən ibarət ümumi sistemi struktur baxımından məhdudlaşdırmaq üçün empirik və nəzəri səviyyələr mövcuddur. Bu anlayışlara yaxından baxaq. Empirik gündəlik praktiki biliklərə aid edilmir. Çünki o, gündəlik biliklərdən fərqli olaraq məqsədyönlü, sistemli şəkildə xüsusi metodlarla işləyən xüsusi elmi dərketmə səviyyəsi hesab olunur. Bu səbəbdən də, istənilən əqli fəaliyyəti nəzəri hesab emək olmaz. Nəzəri və empirik bilikləri həmçinin hissi və ya məntiqi olaraq müqayisə etmək də düzgün deyil. Ümumi prosesin tərkibi kimi hissiyyat və məntiq istənilən idrakı səciyyələndirir. Hiss etmək və düşünməyə parçalama beyin fəaliyyətinin yüksək fizioloji parametrlərinə söykəndiyi halda, empirik və nəzəriyyəyə bölmə fərqli olaraq elmi idraka aid edilir və biliyin forma və metodlarını, tədqiqatın növünü sinifləşdirir. Empirik və nəzəri səviyyələr ilkin olaraq fəaliyyətin üsulu və metodlarına görə fərqlənirlər. Empirik mərhələnin kökündə predmet – silah (vasitə) və elmi–praktiki fəaliyyət durur. Bunun köməyi ilə ilkin məlumatların toplanması və ümumiləşdirilməsi mümkünləşir. Nəzəri mərhələdə isə abstrakt–nəzəri fəaliyyət sayəsində ideal modellər və biliklər sistemi əldə olunur. Digər tərəfdən elmi biliyin səviyyəsi onun forma və xarakterinə görə bölünür: empirik səviyyədə heç də həmişə obyektin xassələri və yaranma səbəbləri göstərilmir və yalnız fakta söykənən biliklər formalaşır;nəzəri səviyyədə nəzəri biliyin məntiqi təşkil olunmuş formada tətbiqi sayəsində hadisələrin xarakteri və qanunauyğunluqları yaradılır. Hər bir səviyyənin xüsusiyyətləri növbəti bölmədə ayrıca izah edilir.
Elmi dərketmənin səviyyələrə bölünməsi onunla bağlıdır ki, onlar bir-biri ilə qarşlıqlı əlaqədədirlər. Heç bir empirik araşdırma “karkas” rolunu oynayan nəzəri əsas olmadan aparıla bilmir. Bu anlayışlar və prinsiplər sistemi empirik tədqiqat üçün ilkin şərt sayılır. Başqa tərəfdən məlumdur ki, nəzəriyyə nə qədər abstrakt olsa da, sonda o da praktikaya, empirik verilənlərə söykənir. Empirik və nəzəri tədqiqatları qarşı–qarşıya qoymaq metodoloji konstruksiyaetmə fəaliyyətinin nəticəsi olan abstrakisya növü sayılır. Bu zaman fərdi ilə ümumi, hadisə ilə mahiyyət, empirik faktlar və onların nəzəri izahı arasında dərin daxili əlaqənin mövcudluğu nəzərdə tutulur. Onu da qeyd etmək lazımdır ki, empirik və nəzəri səviyyələrin abstraktlaşdırılması nisbidir və real biliyin struktur təşkiledicilərini tam əks etdirmir.
Hər bir tədqiqat səviyyəsi öz bilik metod və formaları ilə səciyyələnir. Amma elə elmlər də vardır ki, orada biliyin nəzəri və empirik səviyyələrə bölünməsi mümkün deyil. Məsələn, məntiqi-riyaziyyat fənləri nəzəri səviyəyə aid edilsə də, onlara oxşar olan təbiət-tarixi fənləri geologiya, paleontologiya və bir çox başqaları əsasən empirik səviyyədə mövcuddurlar. Humanitar sahələrdə də, empirik və nəzəriyyə səviyyələrində də biliyin abstraktlaşdırılması müəyyən çətinliklər yaradır. İş ondan ibarətdir ki, bu halda yalnız biliyin formallaşdırılması və riyaziləşdirilməsi çətinlik yaratmır, həmçinin obyektlərin özləri dil fenomeni baxımından ikili xarakter daşıyır və material və şərti göstəricilərin ayrılmasını çətinləşdirirlər.