Organizing co mmittee

SCREENING OF NATURAL COMPOUNDS OF Peganum harmala 
AND Glycyrrhiza glabra AGAINST THE MAIN PROTEASE OF 
SARS COV-2 BY AUTODOCK PROGRAM 
J. Joldasov
1
, A. Eshimbetov
2 
 
1) Karakalpak State University, Nukus, Uzbekistan 
2) Institute of Bioorganic Chemistry, Academy of Sciences of Uzbekistan 
 
In Silico
methods are widely used to predict new biologically active compounds [1]. 
Molecular docking plays important role among 
in Silico
methods [1]. This method has 
been used to investigate the binding of many compounds to the main protease (Mpro) of 
SARS COV-2 [2]. On this basis, and in order to search for new antiviral compounds, a 
screening of natural compounds of plants 
Peganum harmala L
. and 
Glycyrrhiza glabra 
L
. was carried out. These plants are widely distributed in the territory of Karakalpakstan 
republic and they are used in folk medicine for many years.
For this purpose, firstly the binding energies (BE, kcal/mol) of danoprevir, 
ivermectin, lopinavir, oseltamivir, remdesivir and ritonavir with the main protease were 
studied by AutoDock molecular docking program [3]. For these compounds, the binding 
energy range has been determined as BE = -9 ‒ -10 kcal/mol. The alkaloids of 
Peganum 
harmala L
. and the steroid compounds of 
Glycyrrhiza glabra L
. were then screened. 
The binding energies of the studied compounds were weaker than the above mentioned 
compounds and their BE values not entered the BE range. 
After that, hypothetical structures involving the alkaloids garmalol and peganine, and 
also glycyrrhetinic acid were designed to study their binding energies with the Mpro. As 
a result, on the basis of aminoglycoside, garmalol and peganine moieties, and also 
glycyrrhetinic acid three new structures (G2G, G2P and G2GA) were proposed, which 
have a stronger interaction (BE=-11.68, -11.35, -13.04 kcal/mol) with the main protease 
of SARS CoV-2. The studies carried out may encourage chemists to synthesize the 
designed structures and can serve as a basis for targeted synthesis.