Səfəvi-Osmanlı müharibəsinin II mərhələsi 1590-cı il İstanbul sülh müqaviləsi ilə qurtardı. Sülh müqaviləsi Azərbaycanı Səfəvi və Osmanlı dövlətləri arasında böldü, Şirvan, Qarabağ, Təbriz, Sərab, Marağa və onların qərbində yerləşən digər torpaqlar Osmanlı hakimiyyəti altına düşdü. Xalxal, Ərdəbil, Qaracadağ və Lənkəran Səfəvilərin əlində qaldı. Azərbaycan torpaqları ilə yanaşı, Səfəvi imperatorluğuna daxil olan Şərqi Gürcüstan, habelə İranın qərb vilayətləri də Osmanlı imperatorluğunun tərkibinə qatıldı. Azərbaycanın cənub-şərq vilayətləri Qəzvinə tabe idi. Ərdəbil xüsusi idarəetmə hüququ daşıyırdı. 1593-cü ildən qızılbaşlara tabe edilən Azərbaycanın-Zəncan, Xalxal, Ərdəbil, Qaracadağ, Qızılağac, Lənkəran vilayətləri, Qızılüzən və Kür çayları arasında yerləşən geniş ərazi vahid Azərbaycan bəylərbəyiliyində birləşdirildi. 1595-ci ilə qədər bəylərbəyiliyin qoşunu 10 min idi və Azərbaycan qoşunu adlanırdı. XVI əsrin sonuna yaxın Səfəvi dövlətinin qarşısında 3 vacib məsələ dururdu: 1) şimal-şərq sərhədlərinin təhlükəsizliyini təmin etmək üçün Şeybanilər dövlətini əzmək və Xorasanı geri almaq; 2) 1578-1590-cı illərin müharibələrində Osmanlılar tərəfindən işğal olunmuş Azərbaycan torpaqlarını geri qaytarmaq; 3) İran körfəzində Portuqaliyanın hegemonluğuna son qoymaq və Hind okeanına çıxış əldə etmək. I Şah Abbas 1599-cu ildə Şeybaniləri məğlub etdi və Xorasanı yenidən Səfəvi dövlətinin tərkibinə qaytardı, öz təsirini Mavəraənnəhrə yaydı. Avropa dövlətləri Səfəvilərin Osmanlı imperatoluğu ilə toqquşmasına maraq göstərirdilər. Osmanlıların Azərbaycandan çıxarılmasında Rusiya da maraqlı idi. Çünki Osmanlılar Azərbaycanın Xəzəryanı bölgələrini əldə saxlayır, bu da Volqa-Xəzər yolu ilə ticarətdə müəyyən əngəl törədirdi. 1603-cü il sentyabrın 14-də I Şah Abas Azərbaycana yürüşə başladı. 1603-cü il oktyabrın 21-də Təbriz tutuldu. Səfəvi ordusu Azərbaycanın şimalına irəlilədi. Ordubad əhalisi üsyan qaldırmışdı. Ordubadlı Hacı Qəssab şahın göstərişi ilə, əhalinin köməyi ilə Ordubad qalasını tutdu. Culfa və Naxçıvan tutulduqdan sonra 1603-cü ilin noyabrında İrəvan qalası mühasirəyə alındı və 1604-cü ilin avqustunda tutuldu. İrəvanın idarə edilməsi Əmirgünə xan Qacara, Naxçıvan isə Maqsud Sultan Kəngərliyə tapşırıldı. I Şah Abbas Osmanlı qoşununa qarşı ənənəvi “yandırılmış torpaq” taktikasını tətbiq etdi: Arazın sol sahili dağıdıldı, əhali köçürüldü, daşınması mümkün olmayan hər şey məhv edildi. Bununla da Cənubi Qafqazda yaşayan əhalinin köçürülməsinə başlandı. Əhali zorla İsfahana, Mazandarana və b. vilayətlərə köçürüldü. Bu köçürmə “böyük sürgün” adını aldı. Şahın əmri ilə yaşayış məntəqələri dağıdıldı. Culfa tranzit ticarət yolundan Avropaya gedən karvan yolu Osmanlı imperatorluğundan keçirdi. Ona görə də I Şah Abbas Avropa-Asiya ipək ticarəti yolunu cənuba, İran körfəzi limanlarına köçürmək və qızılbaş ipəyini Afrika ətrafından dənizlə Avropaya daşımağı qərara aldı. Məhz İran-ingilis tacirlərinin mənafeyi üçün Culfanın əhalsini İsfahana, Naxçıvan əhalisi isə Dizağa (Qarabağa) köçürüldü. Naxçıvan və İrəvan talan edildiyindən, Osmanlı qoşunu qışlamaq üçün Vana qayıtmağa məcbur oldu. 1605-ci ilin yazında Şirvanın xeyli hissəsini Səfəvi və gürcü birləşmiş qüvvələri tutdu. I Şah Abbas Vanda olan türk qüvvələrini dəf etmək üçün Təbrizdə yeni qala tikdirdi. 1605-ci ildə Allahverdi xanın başçılığı ilə Vana 30 minlik qoşun göndərdi. Osmanlılar darmadağın edildilər. I Şah Abbas yeni hücumlarını dəf etmək üçün onların yolu üzərindəki bütün yaşayış məntəqələrinin dağıdılmasını, sakinlərinin uzağa köçürülməsini, ərzağın, alafın, yanacağın yandırılmasını əmr etdi. Osmanlı paşası Ciqaloğlu II dəfə Azərbaycana daxil oldu. 1605-ci ilin noyabrındakı döyüşdə sayca üstün olan Osmanlılar məğlub oldular. I Şah Abbas 1605-1606-cı ilin sərt qışında Gəncəni 4 ay mühasirədə saxladıqdan sonra 1606-cı ilin iyununda Gəncə tutuldu. Müharibələr nəticəsində əkib-becərmək mümkün deyildi və I Şah Abbas qoşunu ərzaqla təmin etmək üçün Qarabağa başqa yerlərdən 20 min xalvar (7 min ton) taxıl gətirilməsi barədə fərman verdi. I Şah Abbas sülh yolu ilə Şamaxını təhvil verməyi təklif etdi, lakin rədd edildi. 1607-ci ilin iyununda Şirvan azad edildi, Zülfüqar xan Şirvana, Çıraq Sultan Ustaclı isə Dərbənd və Şabrana hakim təyin edildi.
