Buxoro bilan Boburiylar munosabatlari o`rnatilishi Bobur va Ko`chkinchixonlar nomi bilan bog`liq. Ko`chkinchixon davrida Buxoro xonligi Boburiylar davlatini tan oldi va savdo-elchilik munosabatlprini o`rnatdi. Ko`chkinchixon o`z elchisi orqali Boburga Movarounnahr mayizi, o`rigi va boshqa ne`matlardan 7 tuyada sovg`a va 200 ta ot tortiq qilgan. Bobur ham Buxoroga elchilar yuborgan. Humoyun davrida ham savdo-elchilik davom etgan
Abdullaxon II Safaviylarga qarshi kurashda boburiylar bilan birga harakat qilishga intiladi. U 1572 yil Akbarshoh huzuriga o`z elchilarini yubordi, elchilar sovg`a va maktub olib bordi. Abdullaxon o`z maktubida 2 davlat o`rtasida do`stlik munosabatlarini mustahkamlashni bayon qilgan edi; bundan maqsad boshqa davlatlar hujumiga qarshi ittifoq tuzish edi. Abdullaxon II Hindistonga 2-marta 1577 yil elchi yuborgan, bu elchilikdan siyosiy maqsad ko`zlangan edi: Abdullaxon II Eronni o`zaro taqsimlab olishni taklif qildi. Akbarshoh bunga rozi bo`lmadi, chunki u turli dinga etiqod qiluvchilar tarafdori bo`lib, diniy bag`rikenglikni davlat siyosati darajasiga ko`targan edi, Eron bilan ham yaxshi munosabatda edi.
Akbarshoh Hindiston shimolidagi Sind va Kashmirni bosib oldi, Buxoro xonligi bu hodisani shayboniylar davlatining janubiy chegaralariga yaqinlashuvi deb hisobladi, chunki Hindistonda ham Movarounnahrda ham Akbarshohni Movarounnahrni bosib olishga undovchi kuchlar bor edi. Abdullaxon II esa 1584 yil Badaxshonni egalladi. Abdullaxon 1585 yil Akbarshoh huzuriga 3-marta elchi yuborib, Badaxshon orqali Makka va Madinaga boradigan yo`lni g`ayridinlardan tozalash maqsadida Badaxshonni bosib olish sababini izohlaydi.
Akbarshoh 1586 yil o`z elchilarini Abdullaxon huzuriga yuborib Turkiya Eronning bir qismini bosib olganini, Buxoro va Hindiston Eronga yordam berish zarurligini ma`lum qiladi. Eron shayboniylarni o`zining asosiy raqibi deb hisoblagani uchun Abdullaxon Akbarshohning taklifiga rozi bo`lmaydi. Bu davrda Abbos I Eronni birlashtirib, mustahkamladi. Shunday sharoitda Badaxshonda Abdullaxonga qarshi isyon ko`tarildi, Buxoroda bu isyonda Akbarshohning qo`li bor degan gumon paydo bo`ldi. Badaxshon hukmdori Abdullaxonning o`g`li Abdulmo`min Akbarshohdan boshpana berilgan badaxshonlik isyonchilarni Buxoroga yuborishni talab qildi. Shu tufayli Buxoro va Hindiston o`rtasidagi munosabatlarga sovuqchilik tushadi. Abdullaxon Akbarshoh huzuriga o`z elchisini yuborib, o`g`lining xatti-harakati uchun Akbarshohdan uzr so`ragan.