1828-ci il Türkmənçay müqaviləsi ilə bir zaman bütöv bir ölkə olan Azərbaycanın iki imperiya arasında «parçala hökm et» prinsipi əsasında sərhəd xətti etnikmilli əsaslar üzrə deyil, siyasi mülahizələrə görə təyin edilməsi nəticəsində Azərbaycan xalqı öz tarixi boyunca ən ciddi siyasi, iqtisadi və mənəvi zərbə aldı, torpaqlarımızın sonrakı bölunmələrinin əsası qoyuldu. Müqavilənin şərtlərinə görə Arazdan şimaldakı Azərbaycan torpaqları Rusiya çarının, indi Cənubi Azərbaycan adlandırılan ərazilərimiz isə Qacar xanədanının hakimiyyəti altına düşdü.
İrana qatıldıqdan sonra ölkənin dörd əyalətindən birini təşkil edən Azərbaycan əyalətinin ərazisinə ilk dövrlərdə cənubda Həmədan, cənub-şərqdə Zəncan və Qəzvin mahalları daxil idi. Sonralar Azərbaycan əyalətinin inzibati sərhədləri daraldılmış və 1906-cı ildə qəbul olunmuş seçki nizamnaməsində bu əyalətə Təbriz, Urmiya, Xoy, Deyləmqan, Maku, Marağa, Binab, Miyandoab, Soucbulaq, Dehxarqan, Mərənd, Əhər, Ərdəbil, Meşkin, Astara, Xalxal, Sərab, Miyanə,Sainqala mahalları daxil edilmişdi.
Gülüstan müqaviləsindən sonra İran hökuməti Azərbaycan əyalətində Maku, Urmiya, Nəmin və Gərgər kimi güclü xanlıqları istisna etməklə, qalanlarını tamamilə ləğv etdi. Əyalətdə vali vəzifəsindən tutmuş vilayət hakimlərinədək şəxslər mərkəzdən göndərilməyə başladı.
Fətəli şah zamanından başlayaraq Cənubi Azərbaycan «vəliəhdneşin» (vəliəhd əyləşən yer), Təbriz isə «da-rüssəltənə» (səltənət evi) əhəmiyyəti daşıdığından bir növ ikinci paytaxt rolu oynayır və xarici diplomatik nüma-yəndələrin iqamətgahı burada yerləşirdi. Əyalətin idarə olunmasına rəhbərlik rəsmən vəliəhdin ixtiyarında idi. Adətən şahzadələr içərisindən təyin olunan valinin(qaimməqam) sərəncamında olan böyük idarəçilik aparatına Təbriz şəhəri bəylərbəyi, əyalətdə yerləşən nizami qoşun hissələrinin başçısı-əmir nizam, əyalətin maliyyə işlərinə nəzarət edən mustofı və digər dövlət məmurları, fərraşlar daxil idi. Yerlərdə bu idarəçilik aparatı nisbətən kiçik miqyasda təkrar edilirdi. Şahzadə və onun ətrafında toplaşan dövlət məmurları öz vəzifələrindən suiistifadə edərək xalqı soyurdular. Yarımmüstəqil Maku xanlığında isə bu zülm ikiqat ağır idi. Xanlıqda hərbi-siyasi və inzibati-maliyyə işlərini öz əllərində cəmləşdirən yarımköçəri tayfa başçıları iri silahlı dəstələrlə xalqı qorxu içərisində saxlayır, əsl soyğunçuluqla məşğul olurdular.