Windowsəməliyyat sistemində EFS (Encrypting File System – Şifrələmə Fayl Sistemi) fayl sistemindən də istifadə olunur. Bu fayl sistemi NTFS fayl sisteminin bölməsində yerləşməklə fayl və qovluqları şifrələyir.
EFS fayl sistemi avtomatik olaraq işin sonunda faylı şifrələyir və faylın açılması zamanı onun şifrini açır. Sistem faylları şifrələnmir.
Fayl və qovluqların şifrələnməsi açıq açarla yerinə yetirilir. DES (Data Encryption Standart) alqoritmi və onun olduqca etibarlı modifikasiyası olan Tiple DES 56 bit uzunluqlu simmetrik açardan istifadə etməklə blokları 64 bit üzrə emal edir.
EFS ilə işdə hər bir istifadəçinin iki açarı olur: açıq (public key) və bağlı açar (private key). Birincidən məlumatı göndərən istifadə edir, bağlı açar isə yalnız məlumat sahibinə məlumdur. Açıq açarla şifrələnmədə şifrələnən və şifrədən açılan açarlar üst-üstə düşür.
Diskdə hansı fayl sisteminin olduğunu bilmək üçün diskin (və ya disk bölmələrindən birinin) kontekst menyusundan Properties (Свойства/Xüsusiyyətlər)əmrini seçmək və bundan sonra General (Общие/Ümumi) pəncərə əlavəsinə baxmaq lazımdır.