Fayl və kataloqların adlarının dəyişdirilməsi. Bir çox hallarda faylvəkataloqlarınadlarınındəyişdirilməsi lazım olur. Bu əməliyyatların komanda əməliyyat sistemlərində yerinə yetirilməsi üçün əmrlər sətrinə müvafiq əmr daxil edilir. Məsələn, MS DOS əməliyyat sistemində bu əməliyyatları yerinə yetirmək üçün ren (Rename) əmrlərindən lazımi qaydada istifadə olunur.
Faylvəkataloqlarınkopyalanmasıvəyerdəyişmələri. Qrafiki olmayan əməliyyat sistemlərində fayl və kataloqların kopyalanması və yerdəyişmələrinin yerinə yetirilməsi üçün əmrlər sətrinə əmr daxil edilir. Bu zaman əmrin adı və fayl–kataloqa müraciətin yolu göstərilir. Məsələn, MS DOS əməliyyat sistemində bu əməliyyatları yerinə yetirmək üçün uyğun olaraq, COPY və MOVE əmrlərindən istifadə olunur.
Qrafiki əməliyyat sistemlərində isə bu əməliyyatları yerinə yetirmək üçün bir çox üsullar və vizual iş prinsipləri mövcuddur.
Fayl və kataloqların silinməsi. Hər bir disk daşıyıcısı sonsuz ölçüyə malik olmadığından, verilənlərin silinməsi vasitələrinin rolu böyükdür. Verilənlərin silinməsinin üç rejimi mövcuddur: çıxartmaq, ləğvetməkvəsilmək. Birinci iki rejim əməliyyatsistemlərivasitəsiilə yerinə yetirilir. Verilənlərin silinməsi isə xüsusiproqramvasitələriilə həyata keçirilir.
Fayllarınsilinməsi müvəqqəti xarakter daşıyır. Windows əməliyyat sistemlərində bu xüsusi qovluğun köməyi ilə həyata keçirilir ki, bu da “Səbət” adlandırılır. Fayl və qovluqlar silindikdə yerini dəyişərək bir növ “Səbət”–ə düşür. Bu əməliyyatsistemininfaylstrukturusəviyyəsində baş verir. Sərtdiskinfaylsistemisəviyyəsində isə heç bir şey baş vermir. Yəni, prinsipcə faylhansısektorayazılıbsa, oradaqalır.