ATƏT öz fəaliyyətini müvafiq orqanların vasitəsi ilə həyata keçirir. Həmin orqanların gördüyü işlər ATƏT-in fəaliyyətini ifadə edir. ATƏT- in təşkilatıstrukturu da məhz bu orqanlardan ibarətdir. Qeyd etmək lazımdır ki, ATƏT-in təşkilati strukturu kifayət dərəcədə mürəkkəbdir.
ATƏT-in orqanlarını iki yerə bölmək olar:
əsas orqanlar;
funksional orqanlar.
ATƏT-inəsasorqanları ATƏT-in prioritetlərini müəyyənləşdirir, icra- sərəncam fəaliyyətini həyata keçirir, mühüm və vacib məsələləri həll edirlər. ATƏT çərçivəsində bu və ya digər konkret məsul funksiya yerinə yetirən orqanlar isə ATƏT-in funksionalorqanları adlanır.
DövlətvəHökumətBaşçılarınınMüşavirəsi (ali orqan) ATƏT-in əsas orqanlarından biridir; ona yüksək səviyyədə keçirilən görüş və ya ATƏT-in sammiti deyilir. Dövlət və Hökumət Başçılarının Müşavirəsi ATƏT üzvü olan ölkələrin dövlət və hökumət başçılarının vaxtaşırı keçirdikləri görüşdür. Bu kimi görüşlər ATƏT-in ali siyasi orqanı funksiyasını yerinə yetirir. Başqa sözlə, Dövlət və Hökumət Başçılarının Müşavirəsi ATƏT-in ali siyasi orqanı hesab edilir. Dövlət və Hökumət Başçılarının Müşavirəsi, bir qayda olaraq, iki ildən bir keçirilir. 1999- cu ildə İstanbul şəhərində keçirilmiş müşavirə İstanbul Sammiti kimi tanınır. Həmin Sammit «Avropa Təhlükəsizliyi Xartiyası» adlı vacib sənədin imzalanması ilə başa çatmışdır.
Dövlət və Hökumət Başçılarının Müşavirəsi ATƏT-in ali siyasi orqanı kimi aşağıdakıları müəyyənləşdirir:
ATƏT-in siyasi oriyentirləri (istiqamətləri);
ATƏT-in inkişaf prioritetləri;
ATƏT-in əsas fəaliyyət istiqamətləri.
Dövlət və Hökumət Başçılarının Müşavirəsində ən vacib Ümumavropa problemləri müzakirə olunur, habelə mühüm məsələlər haqqında müvafiq qərarlar qəbul edilir. Müşavirəyə kimi hazırlıq konfransı keçirilir; hazırlıq konfransında iştirakçılar arasında razılıq əldə olunur, onların mövqelərində olan ziddiyyətlər aradan qaldırılır. Konfransda həmçinin Dövlət və Hökumət Başçılarının Müşavirəsində təsdiq olunacaq müvafiq sənədlər hazırlanır və nəzərdən keçirilir. Konfransın keçirilməsi YüksəkVəzifəliŞəxslərKomitəsi tərəfindən hazırlanır.