Qeydlər, verilmiş sözlərin və ya yeni terminləri izah etmək məqsədilə işlədilir. Bu izahatı müəllifin özü tərtib edir. Qeydlər bütün elmi işlər üçün xarakterik olub, mətndəki arqumentasiya axıcılığını pozmamaq üçün onlar sətiraltında, yaxud da işin sonunda verilərək nömrələnirlər. Qaydaya görə qeydlər aidiyyatı olduğu mətnin, şəklin və ya cədvəlin altında göstərilir. Bu zaman 1,5 intervalında məsafədə yeni abzas yaradaraq orada “Qeyd” sözü yazılır. İzahat ondan sağ tərəfdə yerləşdirilir və tire ile ayrılır. Mətndə cəmi bir qeyd olanda nömrələnmə aparılmır. Çoxlu sayda qeydlər olduqda isə onlar ardıcıl nömrələnirlər. Burada qeyd sözü yalnız bir dəfə yazılır. Məsələn: “Azərbaycanda 2015-ci ildə pul axınını öyrəndikdə iqtisadçılar bu period üçün bazar iqtisadiyyatının prioritet sahələrini təyin ediblər”. Qeyd: 1. Verilən qrafik Azərbaycanın sənaye şəhərlərindəki maliyyə axınını göstərir. 2. Qrafik 1 yanvar 2015 il ilə 1 iyun 2015-cü ildəki zaman kəsiyini əhatə edir”.
Qeydləri mətndə haşiyə kimi də göstərmək mümkündür. Belə qeydlərə sətiraltı qeydlər deyilir. İzah edilən söz, rəqəm, mətndən sonra haşiyə üçün işarə qoyulur. İşarələr ərəb rəqəmləri ilə sətirin üstündə yerləşdirilir. Sətiraltı qeydləri göstərmək üçün həmin səhifənin aşağı hissəsinin sol tərəfində uzunluğu 4–5 sm olan xətt çəkilir. Xətt ilə mətnin sonuncu cümləsi arasındakə məsafə 4–5 sətirə bərabər olmalıdır. Bu xəttin altında qeydlər yazılır və hər növbəti qeyd yeni sətirdən başlanır. Sətiraltı qeydlər mətndəki şriftin ölçüsündən kiçik olur və hər qeydin sonunda nöqtə qoyulur.
Əlyazmanın müxtəlif hissələrində yerləşən, amma bir-biri ilə məzmunca bağlı olan mətnləri əlaqələndirmək üçün göstəricilərdən istifadə edilir. Burada uyğun səhifənin nömrəsini vermək lazımdır ki, oxucunun axtarışa çox vaxtı getməsin. Onu da qeyd etmək vacibdir ki, əlyazmada belə göstəricilərdən imkan daxilində az istifadə etmək məsləhətdir. Ümumiy- yətlə göstəricilərdən yalnız istisna hallarda istifadə etmək məqsədə- uyğundur. Çünki, mətnin oxunulmamış hissələri arasında ora-bura keçmək oxucunun fikrini dağıda bilər.
Qeydlərin daxil edilməsi zamanı diqqət yetirilməli məqalardan biri də əlyazmanın bu qeydlərsiz də oxunula bilməsi və anlaşıqlı olmasıdır. Buna riayət etmədikdə verilmiş qeyd əlyazmanın bir hissəsinə çevrilir.